当前蛋白身份：P07293
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1DU1 PEPTIDE FRAGMENT THR671-LEU690 OF THE RABBIT SKELETAL DIHYDROPYRIDINE RECEPTOR 提交 2000-01-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
671–690（20 aa）
片段：II-III LOOP REGION, FRAGMENT THR671-LEU690 A1
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成
4 mM peptide, no buffer | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 1T3L Structural Analysis of the Voltage-Dependent Calcium Channel Beta Subunit Functional Core in Complex with Alpha1 Interaction Domain 提交 2004-04-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
357–374（18 aa）
片段：AID
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 20K, Bicine, sodium chloride, beta-mercaptoethanol, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 2.20 Å R-free 0.282 |
| 3JBR Cryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at 4.2 angstrom 提交 2015-09-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1395（1395 aa）
链 A
1521–1873（353 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 BMA beta-D-mannopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin；pH 7.4；20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.20 Å |
| 5GJV Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at near atomic resolution 提交 2016-07-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
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分辨率 3.60 Å |
| 5GJW Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex for ClassII map 提交 2016-07-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
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分辨率 3.90 Å |
| 6BYO Residue assignment correction to the voltage gated calcium Cav1.1 rabbit alpha 1 subunit PDB entries 3JBR & 5GJV 提交 2017-12-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
32–1388（1357 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 3.60 Å |
| 6JP5 Rabbit Cav1.1-Nifedipine Complex 提交 2019-03-25 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 C5U dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.90 Å |
| 6JP8 Rabbit Cav1.1-Bay K8644 Complex 提交 2019-03-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
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未记录 | C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.70 Å |
| 6JPA Rabbit Cav1.1-Verapamil Complex 提交 2019-03-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1506（1506 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 4YH (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 6JPB Rabbit Cav1.1-Diltiazem Complex 提交 2019-03-26 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C9F Diltiazem × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7JPK Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.0 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
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分辨率 3.00 Å |
| 7JPL Rabbit Cav1.1 in the presence of 10 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
|
分辨率 3.40 Å |
| 7JPV Rabbit Cav1.1 in the presence of 1 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
|
分辨率 3.40 Å |
| 7JPW Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (R)-(+)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.2 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 VFY methyl (4R)-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
|
分辨率 3.20 Å |
| 7JPX Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar amlodipine in nanodiscs at 2.9 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 6UB amlodipine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
|
分辨率 2.90 Å |
| 7RXQ Crystal structure of junctophilin-2 in complex with a CaV1.1 peptide 提交 2021-08-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1594–1609（16 aa）
片段：EERIFRRTGGLFGQVD correspond to UNP residues 1594-1609
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未记录 | EOH ETHANOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG3350, potassium sulphate
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分辨率 2.03 Å R-free 0.252 |
| 8E56 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.80 Å |
| 8E57 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 100 microM MNI-1 at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8E58 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 1 mM MNI-1 at 3.0 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–1873（1873 aa）
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |