当前蛋白身份：P08621
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2L5I structure of the spliceosomal phosphopeptide P140 (non-phosphorylated form) 提交 2010-11-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–151（21 aa）
片段：UNP residues 131-151
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM entity_1-1, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2L5J structure of the spliceosomal phosphopeptide P140 (phosphorylated form) 提交 2010-11-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
131–151（21 aa）
片段：UNP residues 131-151
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM entity-1, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3CW1 Crystal Structure of Human Spliceosomal U1 snRNP 提交 2008-04-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–216（216 aa）
片段：residues 1-215
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；38-40% MPD, 0.3M KCl, 0.1M MES.KOH, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 5.49 Å |
| 3CW1 Crystal Structure of Human Spliceosomal U1 snRNP 提交 2008-04-21 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 6
1–216（216 aa）
片段：residues 1-215
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；38-40% MPD, 0.3M KCl, 0.1M MES.KOH, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 5.49 Å |
| 3CW1 Crystal Structure of Human Spliceosomal U1 snRNP 提交 2008-04-21 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 7
1–216（216 aa）
片段：residues 1-215
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；38-40% MPD, 0.3M KCl, 0.1M MES.KOH, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 5.49 Å |
| 3CW1 Crystal Structure of Human Spliceosomal U1 snRNP 提交 2008-04-21 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 8
1–216（216 aa）
片段：residues 1-215
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；38-40% MPD, 0.3M KCl, 0.1M MES.KOH, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 5.49 Å |
| 3PGW Crystal structure of human U1 snRNP 提交 2010-11-02 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–437（437 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；8-10% PEG 4000, 0.1 M Trisodium citrate, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1-2% Anapoe X-305, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.348 |
| 3PGW Crystal structure of human U1 snRNP 提交 2010-11-02 | Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–437（437 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；8-10% PEG 4000, 0.1 M Trisodium citrate, 2 mM EDTA, 100 mM NaCl, 1-2% Anapoe X-305, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.348 |
| 4PJO Minimal U1 snRNP 提交 2014-05-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–60（59 aa）
|
突变：M1G | ZN ZINC ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；Minimal U1 snRNP at 4 mg/ml in 300mM KCl, 20mM KHepes, pH 7.5, 5mM MgCl2, 1mM DTT, 0.15 mM polyamine-9 mixed 1:1 with 7% MPD, 180mM KCl, 5mM MgSO4, 50mM NaHepes pH 6.4. Streak seeded.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4PJO Minimal U1 snRNP 提交 2014-05-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 k
2–60（59 aa）
|
突变：M1G | ZN ZINC ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；Minimal U1 snRNP at 4 mg/ml in 300mM KCl, 20mM KHepes, pH 7.5, 5mM MgCl2, 1mM DTT, 0.15 mM polyamine-9 mixed 1:1 with 7% MPD, 180mM KCl, 5mM MgSO4, 50mM NaHepes pH 6.4. Streak seeded.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4PJO Minimal U1 snRNP 提交 2014-05-12 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 N
2–60（59 aa）
|
突变：M1G | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；Minimal U1 snRNP at 4 mg/ml in 300mM KCl, 20mM KHepes, pH 7.5, 5mM MgCl2, 1mM DTT, 0.15 mM polyamine-9 mixed 1:1 with 7% MPD, 180mM KCl, 5mM MgSO4, 50mM NaHepes pH 6.4. Streak seeded.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4PJO Minimal U1 snRNP 提交 2014-05-12 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 n
2–60（59 aa）
|
突变：M1G | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 EOH ETHANOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277 K；Minimal U1 snRNP at 4 mg/ml in 300mM KCl, 20mM KHepes, pH 7.5, 5mM MgCl2, 1mM DTT, 0.15 mM polyamine-9 mixed 1:1 with 7% MPD, 180mM KCl, 5mM MgSO4, 50mM NaHepes pH 6.4. Streak seeded.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4PKD U1-70k in complex with U1 snRNA stem-loops 1 and U1-A RRM in complex with stem-loop 2 提交 2014-05-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Dimeric（2） 与全部聚合物一致 |
链 B
60–215（156 aa）
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突变：A2G | MG MAGNESIUM ION × 3 IMD IMIDAZOLE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293 K；40% MPD, 0.15 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.2
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.258 |
| 6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 1K
1–437（437 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 7B0Y Structure of a transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex 提交 2020-11-23 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：25-meric（25） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–437（437 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7VPX The cryo-EM structure of the human pre-A complex 提交 2021-10-18 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–437（437 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 SJT spliceostatin A (form II) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å |
| 8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric（71） 与全部聚合物一致 |
链 1K
1–437（437 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 9QEQ Structure of the transcribing Pol II-DSIF-SPT6-U1 snRNP complex 提交 2025-03-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 b
1–437（437 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |