当前蛋白身份：P23025
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D4U INTERACTIONS OF HUMAN NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR PROTEIN XPA WITH RPA70 AND DNA: CHEMICAL SHIFT MAPPING AND 15N NMR RELAXATION STUDIES 提交 1999-10-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
40–150（111 aa）
片段：XPA-MBD
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1ATM.
NMR样品组成
50MM TRIS-HCL;PH7.3,150MM KCL, 25MM DTT
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分辨率未提供 |
| 1XPA SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA-AND RPA-BINDING DOMAIN OF THE HUMAN REPAIR FACTOR XPA, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-07-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
98–219（122 aa）
片段：MF122, RESIDUES 98-219
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM KCL；压力 1
NMR样品组成
50MM D-TRIS HCL
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分辨率未提供 |
| 28KE Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC-XPA complex bound to bulky lesion-mimic DNA 提交 2026-02-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–273（273 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
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分辨率 3.60 Å |
| 2JNW Solution structure of a ERCC1-XPA heterodimer 提交 2007-02-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
67–80（14 aa）
片段：ERCC1-binding region, residues 67-80
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.2；295 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ERCC1, 20 mM Tris-HCl pH 7.2, 50 mM NaCl, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM EDTA, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.25 mM [U-100% 15N, 100% 2H] ERCC1, 20 mM Tris-HCl pH 7.2, 50 mM NaCl, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM EDTA, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 6J44 Crystal structure of the redefined DNA-binding domain of human XPA 提交 2019-01-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
98–239（142 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；1.8 M Ammonium citrate tribasic
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分辨率 2.06 Å R-free 0.239 |
| 6LAE Crystal structure of the DNA-binding domain of human XPA in complex with DNA 提交 2019-11-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 A
98–239（142 aa）
链 B
98–239（142 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；20% PEG4000, 20% 2-propanol, 0.1 mM sodium citrate tribasic pH 5.6
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分辨率 2.81 Å R-free 0.237 |
| 6RO4 Structure of the core TFIIH-XPA-DNA complex 提交 2019-05-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–273（273 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4 ul of sample was applied to glow-discharged grids which were blotted for 5s and plunge-frozen in liquid ethane.
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分辨率 3.50 Å |
| 7AD8 Core TFIIH-XPA-DNA complex with modelled p62 subunit 提交 2020-09-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–273（273 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 8EBT XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (Cy5) 提交 2022-08-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
102–273（172 aa）
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未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 8EBU XPC release from Core7-XPA-DNA (Cy5) 提交 2022-08-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8EBX XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (AP) 提交 2022-08-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8EBY XPC release from Core7-XPA-DNA (AP) 提交 2022-08-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9PCP NER dual incision complex - NoG 提交 2025-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9PD3 NER dual incision complex - DuIS 提交 2025-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9PD4 NER dual incision complex - DuIM 提交 2025-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9PD5 NER dual incision complex - NoF 提交 2025-06-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 9QEC Cryo-EM structure of the XPF-ERCC1-XPA complex 提交 2025-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–273（273 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9XYU NER complex - C7CAD.ATP 提交 2025-08-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–273（273 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |