当前蛋白身份：P32563
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2NVJ NMR structures of transmembrane segment from subunit a from the yeast proton V-ATPase 提交 2006-11-13 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
720–744（25 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
303 K；压力 ambient
NMR样品组成
2mM sMTM7 peptide (natural abundance labeling); 100% d6-DMSO | 100% d6-DMSO
|
分辨率未提供 |
| 2RPW Structure of a peptide derived from H+-V-ATPase subunit a 提交 2008-11-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 X
728–748（21 aa）
片段：TM7, UNP residues 728-748
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
1mM KMTM7, 250mM [U-100% 2H] SDS, 10mM sodium phosphate, 0.3mM DSS, 10% D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3J9T Yeast V-ATPase state 1 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 b
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 6.90 Å |
| 3J9U Yeast V-ATPase state 2 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 b
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 7.60 Å |
| 3J9V Yeast V-ATPase state 3 提交 2015-02-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28） 与蛋白数一致 |
链 b
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside；pH 7.4；50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.02% w/v dodecylmaltoside
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 23 seconds before freezing；77 K；冷冻剂 OTHER；Blot for 23 seconds before freezing in ethane/propane mixture (FEI VITROBOT MARK III).
|
分辨率 8.30 Å |
| 5I1M Yeast V-ATPase average of densities, a subunit segment 提交 2016-02-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 V
383–840（458 aa）
片段：a subunit (UNP residues 383-840)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 5TJ5 Atomic model for the membrane-embedded motor of a eukaryotic V-ATPase 提交 2016-10-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 A
400–829（430 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 10 micro M Bafilomycin
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Modified for ethane/propane
|
分辨率 3.90 Å |
| 5VOX Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 b
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 5VOY Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 2) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 b
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 5VOZ Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 3) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 b
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 6C6L Yeast Vacuolar ATPase Vo in lipid nanodisc 提交 2018-01-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
突变：C-terminal calmodulin binding peptide | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6HH0 Yeast V-ATPase transmembrane helix 7 NMR structure in DPC micelles 提交 2018-08-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
728–748（21 aa）
片段：transmembrane helix 7
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
100 mM [U-99% 2H] Deuterated DPC, 50 mM potassium phosphate, 0.02 % sodium azide, 1 mM 13C and 15N labeled aminoacids 8 and 12 TM7 peptide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6M0R 2.7A Yeast Vo state3 提交 2020-02-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
3–827（825 aa）
|
未记录 | PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 30 PPV PYROPHOSPHATE × 1 EYR (6~{E},10~{E},14~{E},18~{E},22~{E},26~{E},30~{R})-2,6,10,14,18,22,26,30-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26-heptaene × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6M0S 3.6A Yeast Vo state3 prime 提交 2020-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
3–827（825 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6O7T Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Vph1-VO 提交 2019-03-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 a
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6PE4 Yeast Vo motor in complex with 1 VopQ molecule 提交 2019-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6PE5 Yeast Vo motor in complex with 2 VopQ molecules 提交 2019-06-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7FDA CryoEM Structure of Reconstituted V-ATPase, state1 提交 2021-07-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7FDB CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase,State2 提交 2021-07-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7FDC CryoEM Structures of Reconstituted V-ATPase, state3 提交 2021-07-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 7TAO Cryo-EM structure of bafilomycin A1 bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
未记录 | WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7TAP Cryo-EM structure of archazolid A bound to yeast VO V-ATPase 提交 2021-12-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
未记录 | KJL Archazolid A × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7TMR V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 1 提交 2022-01-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 a
1–840（840 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7TMS V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 2 提交 2022-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 a
1–840（840 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7TMT V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae, State 3 提交 2022-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：31-meric（31） 与蛋白数一致 |
链 a
1–840（840 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8EAS Yeast VO in complex with Vma12-22p 提交 2022-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 a
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8EAU Yeast VO in complex with Vma21p 提交 2022-08-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 a
1–840（840 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9E76 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 1WVA25 提交 2024-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric（19） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
突变：C-terminal calmodulin binding peptide | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
|
分辨率 3.40 Å |
| 9E7L Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7 提交 2024-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric（23） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
突变：C-terminal calmodulin binding peptide | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 9MJ4 Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA149 提交 2024-12-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16） 与蛋白数一致 |
链 A
1–840（840 aa）
|
突变：C-terminal calmodulin binding peptide | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LEICA EM GP2
|
分辨率 3.70 Å |
| 9MOY Reconstituted yeast V-ATPase bound to Rtc5p 提交 2024-12-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric（32） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–840（840 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Leica EM GP2
|
分辨率 3.60 Å |
| 9ODU Yeast V-ATPase bound to Rtc5p, rotary state 2 提交 2025-04-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric（32） 与蛋白数一致 |
链 Q
1–840（840 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |