当前蛋白身份：P32639
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3HIB Crystal structure of the second Sec63 domain of yeast Brr2 提交 2009-05-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1851–2163（313 aa）
片段：Second Sec63 domain: UNP residues 1851-2163
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非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M Sodium citrate, 17% PEG 8000, 0.2M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
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分辨率 2.00 Å R-free 0.257 |
| 3IM1 Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P212121 Form 提交 2009-08-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1839–2163（325 aa）
片段：Sec63 unit (UNP residues 1839-2163)
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM sodium cacodylate, pH 6.0, 100mM Li2SO4, 15% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 1.65 Å R-free 0.232 |
| 3IM2 Structure of the C-terminal Sec63 unit of yeast Brr2, P41212 Form 提交 2009-08-09 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1839–2163（325 aa）
片段：Sec63 unit (UNP residues 1839-2163)
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未记录 | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100mM sodium cacodylate, pH 6.0, 100mM Li2SO4, 15 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
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分辨率 1.99 Å R-free 0.237 |
| 3JCM Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–2163（2163 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 4BGD Crystal structure of Brr2 in complex with the Jab1/MPN domain of Prp8 提交 2013-03-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
442–2163（1722 aa）
片段：RESIDUES 442-2163
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未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PE5 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；100 MM HEPESNA PH 7.5, 200 MM MGCL2, 32-40% PEG400
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分辨率 3.10 Å R-free 0.270 |
| 5DCA Crystal structure of yeast full length Brr2 in complex with Prp8 Jab1 domain 提交 2015-08-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
113–2163（2051 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES-NaOH, pH 6.5, 9 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2
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分辨率 2.80 Å R-free 0.255 |
| 5GAN The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
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分辨率 3.70 Å |
| 5GAO Head region of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
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分辨率 4.20 Å |
| 5GAP Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging.
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分辨率 3.60 Å |
| 5GM6 Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution 提交 2016-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 13 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 5LJ5 Overall structure of the yeast spliceosome immediately after branching. 提交 2016-07-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：45-meric（45） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 microlitres sample were applied to the grid, left for 30 seconds and then blotted for 2.5-3.0 seconds before plunging.
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分辨率 10.00 Å |
| 5LQW yeast activated spliceosome 提交 2016-08-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric（31） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–2163（2163 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 5.80 Å |
| 5M52 Crystal structure of yeast Brr2 full-lenght in complex with Prp8 Jab1 domain 提交 2016-10-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–2163（2163 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5,
10.5 % (w/v) PEG 3350,
0.2 M MgCl
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.296 |
| 5M52 Crystal structure of yeast Brr2 full-lenght in complex with Prp8 Jab1 domain 提交 2016-10-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5,
10.5 % (w/v) PEG 3350,
0.2 M MgCl
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.296 |
| 5M5P S. cerevisiae spliceosomal helicase Brr2 (271-end) in complex with the Jab/MPN domain of S. cerevisiae Prp8 提交 2016-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
271–2163（1893 aa）
片段：UNP residues 271-2163
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES pH 6.5
9.2% (w/v) PEG 4000
0.4 M MgCl2
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分辨率 4.20 Å R-free 0.335 |
| 5M5P S. cerevisiae spliceosomal helicase Brr2 (271-end) in complex with the Jab/MPN domain of S. cerevisiae Prp8 提交 2016-10-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
271–2163（1893 aa）
片段：UNP residues 271-2163
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M MES pH 6.5
9.2% (w/v) PEG 4000
0.4 M MgCl2
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.335 |
| 5NRL Structure of a pre-catalytic spliceosome 提交 2017-04-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.
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分辨率 7.20 Å |
| 5ZWM Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–2163（2163 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.40 Å |
| 5ZWO Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–2163（2163 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 7B9V Yeast C complex spliceosome at 2.8 Angstrom resolution with Prp18/Slu7 bound 提交 2020-12-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：50-meric（50） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–2163（2163 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 KGN D-chiro inositol hexakisphosphate × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |