当前蛋白身份：P48061
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A15 SDF-1ALPHA 提交 1997-12-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–88（67 aa）
链 B
22–88（67 aa）
|
突变：N33A 突变：N33A | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；PROTEIN CONCENTRATION 10MG/ML. WELL SOLUTION 1.9M AMMONIUM SULFATE 0.1M TRIS-HCL PH 8.5. CRYSTALLIZED USING VAPOR DIFFUSION., vapor diffusion
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.298 |
| 1QG7 STROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA) 提交 1999-04-21 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–88（67 aa）
链 B
22–88（67 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；pH 7.0
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.258 |
| 1SDF SOLUTION STRUCTURE OF STROMAL CELL-DERIVED FACTOR-1 (SDF-1), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-15 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–88（67 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.9；303 K
|
分辨率未提供 |
| 1VMC STROMA CELL-DERIVED FACTOR-1ALPHA (SDF-1ALPHA) 提交 2004-09-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：SDF-1ALPHA (residues 22-89)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE
|
分辨率未提供 |
| 2J7Z Crystal Structure of recombinant Human Stromal Cell-Derived Factor- 1alpha 提交 2006-10-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：RESIDUES 22-89
链 B
22–89（68 aa）
片段：RESIDUES 22-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.95 Å R-free 0.247 |
| 2K01 Structure of a locked SDF1 dimer 提交 2008-01-23 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
链 C
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
|
突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.620 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2K03 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing a sulfotyrosine at postition 21 提交 2008-01-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
链 C
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
|
突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成
.338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .970 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2K04 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing no sulfotyrosines 提交 2008-01-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
链 C
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
|
突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成
.31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .775 mM CXCR4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.625 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2K05 Structure of SDF1 in complex with the CXCR4 N-terminus containing sulfotyrosines at postitions 7, 12 and 21 提交 2008-01-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
链 C
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha(3-67) domain
|
突变：L36C,A65C 突变：L36C,A65C | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）21；压力 AMBIENT
NMR样品组成
.338 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, .97 mM CXCR4, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.07 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR4, 0.67 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KEC Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.56 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KED Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.001；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KEE Structure of SDF-1/CXCL12 提交 2009-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.001 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成
1.2 mM CXCL12/SDF1-alpha, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KOL Solution structure of human SDF1-alpha H25R 提交 2009-09-24 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：SDF-1-alpha, residues 22-89
|
突变：H25R | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT
NMR样品组成
3.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SDF1a H25R, 25 mM [U-99% 2H] MES, 0.02 % sodium azide, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2N55 Structure of constitutively monomeric CXCL12 in complex with the CXCR4 N-terminus 提交 2015-07-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
|
突变：L76C, I79C | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1, 25 mM [U-2H] MES, 10 % [U-99% 2H] D2O, 0.02 % sodium azide, 2 mM protein_2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_2, 25 mM [U-2H] MES, 0.02 % sodium azide, 10 % [U-99% 2H] D2O, 2 mM protein_1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2NWG Structure of CXCL12:heparin disaccharide complex 提交 2006-11-14 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–88（67 aa）
片段：residues 22-88
链 B
22–88（67 aa）
片段：residues 22-88
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Soaking；pH 8.5；298 K；Grown in 2M Ammonium Sulfate, 0.1M TrisHCl pH 8.50. Soaked in 20 mM PEG-8000, 1M TrisHCl pH 8.5, 16 mM disaccharide. , Soaking, temperature 298K
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.265 |
| 2SDF SOLUTION NMR STRUCTURE OF STROMAL CELL-DERIVED FACTOR-1 (SDF-1), 30 STRUCTURES 提交 1998-03-07 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
22–88（67 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 4.9；303 K
|
分辨率未提供 |
| 4LMQ Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12 提交 2013-07-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
29–89（61 aa）
片段：UNP RESIDUES 29-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2M NaF, 0.1M Bis-tris, propane, 23%w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.301 |
| 4LMQ Development and Preclinical Characterization of a Humanized Antibody Targeting CXCL12 提交 2013-07-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
29–89（61 aa）
片段：UNP RESIDUES 29-89
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.2M NaF, 0.1M Bis-tris, propane, 23%w/v PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.77 Å R-free 0.301 |
| 4UAI Crystal structure of CXCL12 in complex with inhibitor 提交 2014-08-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
22–89（68 aa）
片段：UNP residues 22-89
链 B
22–89（68 aa）
片段：UNP residues 22-89
|
未记录 | 3GG 1-phenyl-3-[4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]urea × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；2 M AmSO4, 2% MPD, 0.1 M MES Sodium Salt pH 6.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 6SHR X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS (CFPS) PRODUCED SDF1-A 提交 2019-08-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
26–89（64 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 20 % (v/v) isopropanol and 20 % (w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.239 |
| 7SK3 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12, an intracellular Fab, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
22–89（68 aa）
片段：UNP residues 22-89
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7SK4 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ, an intracellular Fab, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
22–89（68 aa）
|
突变：N-terminus of CXCL12 (KPV) substituted with LRHQ | CLR CHOLESTEROL × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SK5 Cryo-EM structure of ACKR3 in complex with CXCL12 and an intracellular Fab 提交 2021-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
22–89（68 aa）
片段：UNP residues 22-89
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7SK6 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with chemokine N-terminal mutant CXCL12_LRHQ and an intracellular Fab 提交 2021-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
22–89（68 aa）
|
突变：N-terminus of CXCL12 (KPV) substituted with LRHQ | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7SK7 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, and an extracellular Fab 提交 2021-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
22–89（68 aa）
片段：UNP residues 22-89
|
未记录 | GJ9 (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SK8 Cryo-EM structure of human ACKR3 in complex with CXCL12, a small molecule partial agonist CCX662, an extracellular Fab, and an intracellular Fab 提交 2021-10-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
22–89（68 aa）
片段：UNP residues 22-89
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 6 LMN Lauryl Maltose Neopentyl Glycol × 1 GJ9 (1R)-4-[7-(3-carboxypropoxy)-6-methylquinolin-8-yl]-1-{[2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}-1,4-diazepan-1-ium × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8K3Z Cryo-EM structure of CXCR4 in complex with CXCL12 提交 2023-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
22–83（62 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8U4O Structure of CXCL12-bound CXCR4/Gi complex 提交 2023-09-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 J
22–89（68 aa）
片段：UNP residues 22-89
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 9E82 ACKR3 phosphorylated by GRK5 in complex with arrestin2 and Fab7 提交 2024-11-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
25–89（65 aa）
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9ME1 hCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry 提交 2024-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 F
22–93（72 aa）
链 G
22–93（72 aa）
链 H
22–93（72 aa）
链 J
22–93（72 aa）
链 M
22–93（72 aa）
链 N
22–93（72 aa）
链 O
22–93（72 aa）
链 P
22–93（72 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 9MEU CXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers 提交 2024-12-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 F
22–93（72 aa）
链 G
22–93（72 aa）
链 H
22–93（72 aa）
链 J
22–93（72 aa）
链 M
22–93（72 aa）
链 N
22–93（72 aa）
链 O
22–93（72 aa）
链 P
22–93（72 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9UPU Cryo-EM strucutre of CXCR4 complexed with agonist SDV1a 提交 2025-04-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
22–29（8 aa）
片段：N-terminus
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9UPV Cryo-EM structure of CXCR4 complexed with agonist SDVX1 提交 2025-04-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 J
22–29（8 aa）
片段：N-terminus
|
未记录 | CLR CHOLESTEROL × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |