当前蛋白身份：P48431
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1O4X TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT 提交 2003-07-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
39–121（83 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE
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分辨率未提供 |
| 2LE4 Solution structure of the HMG box DNA-binding domain of human stem cell transcription factor Sox2 提交 2011-06-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
39–118（80 aa）
片段：HMG box DNA binding residues 39-118
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sox2, 7 % DTT, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
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分辨率未提供 |
| 6T7B Structure of human Sox2 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 K
36–121（86 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.
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分辨率 5.10 Å |
| 6T90 OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2019-10-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
37–118（82 aa）
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未记录 | PTD PENTANEDIAL × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.05 Å |
| 6WX7 SOX2 bound to Importin-alpha 2 提交 2020-05-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
39–127（89 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；750mM sodium citrate (pH7), 10 mM DTT
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分辨率 2.70 Å R-free 0.227 |
| 6WX8 SOX2 bound to Importin-alpha 3 提交 2020-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
39–127（89 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5
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分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 6WX8 SOX2 bound to Importin-alpha 3 提交 2020-05-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
39–127（89 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5
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分辨率 2.30 Å R-free 0.245 |
| 6WX9 SOX2 bound to Importin-alpha 5 提交 2020-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
39–127（89 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2M sodium/potassium phosphate, 20% (w/v) PEG3350
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分辨率 2.80 Å R-free 0.251 |
| 6YOV OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 提交 2020-04-15 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
37–118（82 aa）
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未记录 | PTD PENTANEDIAL × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.42 Å |
| 9QPF Solution structure of Sox2 DBD 提交 2025-03-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
33–127（95 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.3；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 5 % v/v pentaethylene glycol monodecyl/n-Hexanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
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分辨率未提供 |
| 9RL4 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2025-06-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 W
37–118（82 aa）
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未记录 | PTD PENTANEDIAL × 16 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.50 Å |
| 9RMC Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 1 提交 2025-06-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 W
37–118（82 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.20 Å |
| 9RN1 Structure of BAF-nucleosome complex with OCT4-SOX2 at SHL+6 in ADP-bound state, BAF47 bound to ATPase lobe 2 提交 2025-06-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 W
37–118（82 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 9RN2 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 2 提交 2025-06-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 W
37–118（82 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |