当前蛋白身份：P53905
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JCM Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 g
1–115（115 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 4C8Q Crystal structure of the yeast Lsm1-7-Pat1 complex 提交 2013-10-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 G
1–115（115 aa）
片段：RESIDUES 1-115
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未记录 | CO COBALT (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
100 MM HEPES PH 7.0, 20% MPD, 10 MM HEXAMINE COBALT(III) CHLORIDE
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分辨率 3.70 Å R-free 0.295 |
| 4C92 Crystal structure of the yeast Lsm1-7 complex 提交 2013-10-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 G
1–115（115 aa）
片段：RESIDUES 1-115
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
100 MM MES PH 6.0, 40% MPD
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分辨率 2.30 Å R-free 0.259 |
| 4M75 Crystal structure of Lsm1-7 complex 提交 2013-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–115（115 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM MES 6.5, 25% PEG600, 20mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.291 |
| 4M75 Crystal structure of Lsm1-7 complex 提交 2013-08-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 M
1–115（115 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM MES 6.5, 25% PEG600, 20mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.291 |
| 4M77 Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group I212121 提交 2013-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–115（115 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；20% PEG2000MME, 100mM Sodium Citrate 5.2, 10% 2-propanol, 50mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.267 |
| 4M77 Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group I212121 提交 2013-08-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 M
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；291 K；20% PEG2000MME, 100mM Sodium Citrate 5.2, 10% 2-propanol, 50mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.11 Å R-free 0.267 |
| 4M78 Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group P21 提交 2013-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 F
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 20mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.294 |
| 4M78 Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group P21 提交 2013-08-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 M
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 20mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.294 |
| 4M7A Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the 3' end sequence of U6 snRNA 提交 2013-08-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.278 |
| 4M7A Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the 3' end sequence of U6 snRNA 提交 2013-08-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.278 |
| 4M7A Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the 3' end sequence of U6 snRNA 提交 2013-08-12 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–115（115 aa）
链 M
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.78 Å R-free 0.278 |
| 4M7D Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the RNA fragment CGUUU 提交 2013-08-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM Sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.283 |
| 4M7D Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the RNA fragment CGUUU 提交 2013-08-12 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–115（115 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；100mM Sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.283 |
| 5GAN The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom 提交 2015-12-15 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric（35） 与全部聚合物一致 |
链 7
1–115（115 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
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分辨率 3.70 Å |
| 5NRL Structure of a pre-catalytic spliceosome 提交 2017-04-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 7
1–115（115 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.
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分辨率 7.20 Å |
| 5VSU Structure of yeast U6 snRNP with 2'-phosphate terminated U6 RNA 提交 2017-05-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–115（115 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；289 K；0.2 M NH4F
0.1 M HEPES pH 7.4
0.01 M MgCl2
18 % PEG 3,350
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分辨率 3.10 Å R-free 0.298 |
| 5ZWM Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 y
1–115（115 aa）
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未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.40 Å |
| 5ZWO Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom 提交 2018-05-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 y
1–115（115 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.90 Å |
| 6ASO Structure of yeast U6 snRNP with 3'-phosphate terminated U6 RNA 提交 2017-08-25 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–115（115 aa）
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未记录 | K POTASSIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；280 mM sodium potassium tartrate
22.5 % glycerol
17.5 % PEG 3,350
1 mM manganese chloride
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分辨率 2.71 Å R-free 0.247 |