当前蛋白身份：P61077
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1X23 Crystal structure of ubch5c 提交 2005-04-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES-Na, 10% iso-propanol, 20% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.282 |
| 1X23 Crystal structure of ubch5c 提交 2005-04-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES-Na, 10% iso-propanol, 20% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.282 |
| 1X23 Crystal structure of ubch5c 提交 2005-04-19 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES-Na, 10% iso-propanol, 20% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.282 |
| 1X23 Crystal structure of ubch5c 提交 2005-04-19 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1M HEPES-Na, 10% iso-propanol, 20% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.282 |
| 2FUH Solution Structure of the UbcH5c/Ub Non-covalent Complex 提交 2006-01-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
片段：UbcH5c
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
1mM UbcH5c U-15N,13C
25mM sodium phosphate
150mM NaCl | 90% H20
10% D20
NMR样品组成
1mM Ubiquitin U-15N,13C
25mM sodium phosphate
150mM NaCl | 90% H20
10% D20
NMR样品组成
1mM UbcH5c U-15N,13C
1mM Ubiquitin
25mM sodium phosphate
150mM NaCl | 90% H20
10% D20
NMR样品组成
1mM Ubiquitin U-15N,13C
1mM UbcH5c
25mM sodium phosphate
150mM NaCl | 90% H20
10% D20
NMR样品组成
1mM UbcH5c U-15N,13C
1mM Ubiquitin
25mM sodium phosphate
150mM NaCl | 100% D20
NMR样品组成
1mM Ubiquitin U-15N,13C
1mM UbcH5c
25mM sodium phosphate
150mM NaCl | 100% D20
|
分辨率未提供 |
| 3L1Z Crystal structure of the U-BOX domain of human E4B ubiquitin ligase in complex with UBCH5C E2 ubiquitin conjugating enzyme 提交 2009-12-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；4M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.17 Å R-free 0.279 |
| 3L1Z Crystal structure of the U-BOX domain of human E4B ubiquitin ligase in complex with UBCH5C E2 ubiquitin conjugating enzyme 提交 2009-12-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；4M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.17 Å R-free 0.279 |
| 3RPG Bmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure 提交 2011-04-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；40% MPD, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.243 |
| 3RPG Bmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure 提交 2011-04-26 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；40% MPD, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.243 |
| 3UGB UbcH5c~Ubiquitin Conjugate 提交 2011-11-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
片段：unp residues 1-147
|
突变：C85S | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.2M tri-potassium citrate, 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.252 |
| 4BVU Structure of Shigella effector OspG in complex with host UbcH5c- Ubiquitin conjugate 提交 2013-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–147（147 aa）
|
突变：YES | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；0.1 M TRIS PH 8.5, 20% ETOH
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.291 |
| 4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
2–147（146 aa）
片段：Residues 2-116 of Ring1B and Residues 2-148 of UbcH5c
链 N
2–147（146 aa）
片段：Residues 2-116 of Ring1B and Residues 2-148 of UbcH5c
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.245 |
| 4S3O PCGF5-RING1B-UbcH5c complex 提交 2015-03-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
2–147（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；13.5% PEG 550 MME, 10 mM TCEP, 0.1 M MES pH 6.5, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 4S3O PCGF5-RING1B-UbcH5c complex 提交 2015-03-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；13.5% PEG 550 MME, 10 mM TCEP, 0.1 M MES pH 6.5, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 5EGG Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UBCH5C 提交 2015-10-27 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 4.0, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16% w/v Polyethylene glycol 3350
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.253 |
| 5IFR Structure of the stable UBE2D3-UbDha conjugate 提交 2016-02-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；200mM tripotassium citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.243 |
| 6CP0 SdcA in complex with the E2, UbcH5C 提交 2018-03-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–147（147 aa）
|
突变：C85S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.5 M ammonium sulfate, 3% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.261 |
| 6T7F RCR E3 ligase E2-Ubiquitin transthiolation intermediate 提交 2019-10-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
2–147（146 aa）
|
突变：C21S, S22R, C107S, C111S | ZN ZINC ION × 6 LWZ 3,3-bis(sulfanyl)-~{N}-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-ylmethyl)propanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；0.85 M sodium citrate, 100 mM sodium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.0
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.256 |
| 7JZV Cryo-EM structure of the BRCA1-UbcH5c/BARD1 E3-E2 module bound to a nucleosome 提交 2020-09-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
突变：UbcH5c C85K | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7LYB Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c 提交 2021-03-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 P
2–147（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 8AMS Complex of human TRIM2 RING domain, UBCH5C, and Ubiquitin 提交 2022-08-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
1–147（147 aa）
链 B
1–147（147 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 9 ZN ZINC ION × 4 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.2 M sodium formate, 0.1 M bis-tris propane, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.233 |
| 8SMW Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 1) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8SMX Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 2) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SMY Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 3) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SMZ Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (Class 4) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SN0 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 5) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SN1 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A. No density for Ub.) (class 6) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8SN2 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8SN3 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8SN4 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN5 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 3) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SN6 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 4) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN7 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 5) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN8 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c~Ub (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 6) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8SN9 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 1) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8SNA Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168 and UbcH5c with backside ubiquitin (UbcH5c chemically conjugated to histone H2A) (class 2) 提交 2023-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–147（147 aa）
|
突变：C21I, C107A, C111D, L119K | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8U14 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A lysine 15 in complex with RNF168-UbcH5c (class 2) 提交 2023-08-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
2–147（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8UPF Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with RNF168-UbcH5c 提交 2023-10-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
2–147（146 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8UQ8 Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 2-residue linker 提交 2023-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 7 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (9.5 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.4 M NaCl
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.236 |
| 8UQ8 Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 2-residue linker 提交 2023-10-23 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 a
2–147（146 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 14 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (9.5 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.4 M NaCl
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.236 |
| 8UQ9 Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 4-residue linker 提交 2023-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 17 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (8.8 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.4 M NaCl
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.206 |
| 8UQ9 Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 4-residue linker 提交 2023-10-23 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 a
2–147（146 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 19 GOL GLYCEROL × 3 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (8.8 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.4 M NaCl
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.206 |
| 8UQA Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 12-residue linker 提交 2023-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 K
2–147（146 aa）
|
突变：C85K in UbcH5c | NA SODIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (8.0 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2.4 M NaCl
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.231 |
| 8UQB Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (crystallization condition 1) 提交 2023-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
突变：C85K in UbcH5c | ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (12 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 50 mM BIS-TRIS propane, pH 7.0, 1 M NaCl
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.260 |
| 8UQC Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (crystallization condition 2) 提交 2023-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
2–147（146 aa）
|
突变：C85K in UbcH5c | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (12 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 4% tacsimate, pH 6, 13.5% PEG3350
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.252 |
| 8UQD Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 20-residue linker (condition 2. RING not modeled in density) 提交 2023-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–147（146 aa）
|
突变：C85K in UbcH5c | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (12 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 4% tacsimate, pH 6, 13.5% PEG3350
|
分辨率 3.89 Å R-free 0.322 |
| 8UQE Crystal structure of RNF168 (RING)-UbcH5c fused to H2A-H2B via a 26-residue linker (RING not modeled in density) 提交 2023-10-23 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
2–147（146 aa）
|
突变：S22R,C85K in UbcH5c | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；Crystals were obtained by mixing 2 microliters of the protein fusion (10 mg/mL) in 10 mM HEPES, pH 7.5, 600 mM NaCl, 1 mM TCEP and 2 microliters of the reservoir solution containing 0.1 M imidazole, pH 6.5, 1.0 M sodium acetate
|
分辨率 3.56 Å R-free 0.268 |
| 8X7I Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub nucleosomes determined by intein-based E2-Ub-NCP conjugation strategy 提交 2023-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–147（147 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 8X7J Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub/nucleosomes complex determined by activity-based chemical trapping strategy 提交 2023-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–147（147 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.39 Å |
| 8X7K Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub nucleosomes determined by activity-based chemical trapping strategy (adjacent H2AK13/15 dual-monoubiquitination) 提交 2023-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–147（147 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 9IPU cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome 提交 2024-07-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–147（147 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9LPK Structure of human PADI6-UHRF1-UBE2D3 complex 提交 2025-01-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–147（147 aa）
链 E
1–147（147 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
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分辨率 3.03 Å |
| 9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–147（147 aa）
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突变：C85S, S22R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 P
1–147（147 aa）
|
突变：C85S, S22R | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |