当前蛋白身份:P62807 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

差异标签只比较当前检索结果;所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。

相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
10XZ Non-damaged nucleosome 提交 2026-02-12 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
10YA Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
10YB Nucleosome containing a nick at SHL-2 提交 2026-02-12 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
10YC Nucleosome containing a nick at SHL-4 提交 2026-02-12 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
10YD Nucleosome containing a nick at SHL-6 提交 2026-02-12 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
5GT0 Crystal structure of nucleosome complex with human testis-specific histone variants, Th2a 提交 2016-08-18 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;60-70mM KCl, 70-90mM MnCl2, 24% MPD
分辨率 2.82 Å R-free 0.280
5KGF Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution 提交 2016-06-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:tetradecameric(14) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE;Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
分辨率 4.54 Å
6C0W Cryo-EM structure of human kinetochore protein CENP-N with the centromeric nucleosome containing CENP-A 提交 2018-01-02 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6FML CryoEM Structure INO80core Nucleosome complex 提交 2018-01-31 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:eicosameric(20) 与全部聚合物一致
链 P 2–126(125 aa)
链 T 2–126(125 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;20 mM HEPES pH 8, 60 mM KCl, 0.5% glycerol, 0.25 mM CaCl2, 20 uM ZnCl2, 0.25 mM DTT, 0.05% Octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.34 Å
6R0C Human-D02 Nucleosome Core Particle with biotin-streptavidin label 提交 2019-03-12 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6RNY PFV intasome - nucleosome strand transfer complex 提交 2019-05-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:octadecameric(18) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;1 min incubation 3.5s blot
分辨率 3.90 Å
6SE0 Class 1 : CENP-A nucleosome 提交 2019-07-29 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6SE6 Class2 : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region 提交 2019-07-29 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6SEE Class2A : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region 提交 2019-07-29 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6SEF Class2C : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region 提交 2019-07-29 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6SEG Class1: CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region 提交 2019-07-30 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6UPK Structure of FACT_subnucleosome complex 1 提交 2019-10-17 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
6UPL Structure of FACT_subnucleosome complex 2 提交 2019-10-17 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 L 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.40 Å
6X59 The mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-05-25 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 3–126(124 aa)
链 H 3–126(124 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
6X5A The mouse cGAS catalytic domain binding to human nucleosome that purified from HEK293T cells 提交 2020-05-25 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 3–126(124 aa)
链 H 3–126(124 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
6XJD Two mouse cGAS catalytic domain binding to human assembled nucleosome 提交 2020-06-23 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 3–126(124 aa)
链 H 3–126(124 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
7A08 CryoEM Structure of cGAS Nucleosome complex 提交 2020-08-07 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 c 2–126(125 aa)
链 g 2–126(125 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
7JO9 1:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7JOA 2:1 cGAS-nucleosome complex 提交 2020-08-06 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7PII Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex 提交 2021-08-19 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
7R5R Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex 提交 2022-02-11 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.44 Å
7TAN Structure of VRK1 C-terminal tail bound to nucleosome core particle 提交 2021-12-21 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.00 Å
7TRF Human telomerase catalytic core RNP with H2A/H2B 提交 2022-01-28 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物一致
链 F 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7U46 Cryo-EM structure of CENP-A nucleosome (palindromic alpha satellite DNA) in complex with CENP-N 提交 2022-02-28 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
7U47 CryoEM structure of CENP-N promoted nucleosome stacks with CENP-A and palindromic alpha satellite DNA sequence 提交 2022-02-28 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:22-meric(22) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
链 O 1–126(126 aa)
链 S 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
7U4D CryoEM structure of CENP-N promoted nucleosome stacks with CENP-A and 601 DNA sequence 提交 2022-02-28 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:22-meric(22) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
链 O 1–126(126 aa)
链 S 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.10 Å
7U50 APE1 bound to a nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7U51 Nucleosome core particle with AP-site at SHL-6 提交 2022-03-01 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7U52 nucleosome core particle with AP-site at SHL-6.5 提交 2022-03-01 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7U53 Nucleosome core particle with AP-site at SHL0 提交 2022-03-01 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7UV9 KDM2A-nucleosome structure stabilized by H3K36C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2022-04-29 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 FE FE (III) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.20 Å
7YWX Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex 提交 2022-02-14 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 25 PDB 声明:27-meric(27) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 V 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
7YYH Structure of the human CCANdeltaT CENP-A alpha-satellite complex 提交 2022-02-17 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:23-meric(23) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 h 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.90 Å
8ATF Nucleosome-bound Ino80 ATPase 提交 2022-08-23 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 P 2–126(125 aa)
链 T 2–126(125 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
8AV6 CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation 提交 2022-08-26 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:eicosameric(20) 与全部聚合物一致
链 P 2–126(125 aa)
链 T 2–126(125 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.68 Å
8JBX Human canonical 601 DNA nucleosome 提交 2023-05-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
8OFF Structure of BARD1 ARD-BRCTs in complex with H2AKc15ub nucleosomes (Map1) 提交 2023-03-15 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物一致
链 Ba 1–126(126 aa)
链 Bb 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;blot force = 0 N blot time = 8 s
分辨率 3.40 Å
8OO7 CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state1 提交 2023-04-04 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:18-meric(18) 与全部聚合物一致
链 P 2–126(125 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
分辨率 2.80 Å
8OOA CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Hexasome refinement state1 提交 2023-04-04 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:octameric(8) 与全部聚合物一致
链 P 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
分辨率 3.18 Å
8OOP CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state2 提交 2023-04-05 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:18-meric(18) 与全部聚合物一致
链 P 2–126(125 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
分辨率 2.70 Å
8OOS CryoEM Structure INO80core Hexasome complex ATPase-hexasome refinement state 2 提交 2023-04-05 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:nonameric(9) 与全部聚合物一致
链 P 2–126(125 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)
分辨率 3.29 Å
8OX0 Structure of apo telomeric nucleosome 提交 2023-04-28 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;25 mM HEPES-KOH pH 8.0, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.01% Igepal CA-630,1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Blot Force: -15 Blot Time: 2.5 s
分辨率 2.52 Å
8OX1 Structure of TRF1core in complex with telomeric nucleosome 提交 2023-04-28 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8;25 mM HEPES-KOH pH 8.0, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.01% Igepal CA-630, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Blot Force: -15 Blot Time: 2.5 s
分辨率 2.70 Å
8QZM Structure of DNMT3A1 UDR region bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2023-10-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5;15 mM HEPES pH 7.5, 65 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.1 mM S-Adenosyl methionine
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TXV Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 1) 提交 2023-08-24 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–124(124 aa)
链 H 1–124(124 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TXW Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 2) 提交 2023-08-24 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–124(124 aa)
链 H 1–124(124 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TXX Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A K15 in complex with RNF168 (Class 3) 提交 2023-08-24 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–124(124 aa)
链 H 1–124(124 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8U13 Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A lysine 15 in complex with RNF168-UbcH5c (class 1) 提交 2023-08-30 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 1–124(124 aa)
链 H 1–124(124 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8VWS Nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 提交 2024-02-02 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VWT OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (composite map) 提交 2024-02-02 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VWU Nucleosome containing 8oxoG at SHL4 提交 2024-02-02 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8VWV OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (composite map) 提交 2024-02-02 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;50 mM HEPES (pH-7.1), 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, and 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8X15 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the apo state 提交 2023-11-06 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 23 PDB 声明:25-meric(25) 与全部聚合物一致
链 B 1–126(126 aa)
链 F 1–126(126 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8X19 Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-BeFx-bound state 提交 2023-11-06 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 23 PDB 声明:25-meric(25) 与全部聚合物一致
链 B 1–126(126 aa)
链 F 1–126(126 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8X1C Structure of nucleosome-bound SRCAP-C in the ADP-bound state 提交 2023-11-06 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 23 PDB 声明:25-meric(25) 与全部聚合物一致
链 B 1–126(126 aa)
链 F 1–126(126 aa)
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9DWF Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9DWG DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 1, composite) 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:12-meric(12) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9DWH DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 2, composite) 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:12-meric(12) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9DWI DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-4.5 (State 3, composite) 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:12-meric(12) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9DWJ Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9DWK DNA Polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-3.5 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50 mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9DWL Nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:undecameric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9DWM DNA polymerase Beta bound to a nucleosome containing a 1-nt gap at SHL-5.5 提交 2024-10-09 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.1;25mM HEPES (pH-7.1), 50mM NaCl, 1mM TCEP, and 5mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9EOZ Human OGG1 bound to a nucleosome core particle with 8-oxodGuo lesion at SHL6.0 提交 2024-03-16 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 H 2–126(125 aa)
链 M 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9NQU KDM6B-nucleosome structure stabilized by H3K27C-UNC8015 covalent conjugate 提交 2025-03-13 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 FE FE (III) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OH0 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.16 Å
9TAX Structure of the human inner kinetochore CCAN bound to a mono-CENP-A nucleosome 提交 2025-11-18 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 25 PDB 声明:27-meric(27) 与全部聚合物一致
链 f 1–126(126 aa)
链 j 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
9TAY Structure of the human inner kinetochore CCAN bound to a di-CENP-A nucleosome 提交 2025-11-18 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 35 PDB 声明:37-meric(37) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 J 1–126(126 aa)
链 f 1–126(126 aa)
链 j 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.50 Å
9V6Q Cryo-EM structure of two cPRC1 complexes bound to opposite faces of an endogenous 147-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 12 PDB 声明:tetradecameric(14) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.60 Å
9V6S Cryo-EM structure of a single cPRC1 complex engaged on one face of an endogenous 147-bp mononucleosome 提交 2025-05-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V6X Cryo-EM structure of the cPRC1 complex bound to an endogenous 184-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric(12) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.00 Å
9V8L Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (loose) complex 提交 2025-05-29 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:eicosameric(20) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
链 P 1–126(126 aa)
链 R 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 6.60 Å
9V9H Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex 提交 2025-05-30 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 20 PDB 声明:22-meric(22) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
链 N 1–126(126 aa)
链 P 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 4.50 Å
9V9P Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex 提交 2025-06-01 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 22 PDB 声明:24-meric(24) 与全部聚合物一致
链 D 1–126(126 aa)
链 H 1–126(126 aa)
链 N 1–126(126 aa)
链 P 1–126(126 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.40 Å
9Y46 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C2 refinement) 提交 2025-09-02 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.59 Å
9Y47 Human nucleosome structure on Nickel-NTA lipid affinity grid (C1 refinement) 提交 2025-09-02 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric(10) 与全部聚合物一致
链 D 2–126(125 aa)
链 H 2–126(125 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.74 Å