当前蛋白身份：P68036
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1C4Z STRUCTURE OF AN E6AP-UBCH7 COMPLEX: INSIGHTS INTO THE UBIQUITINATION PATHWAY 提交 1999-10-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–154（154 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG1500, MAGNESIUM CHLORIDE, MES-NA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.290 |
| 1FBV STRUCTURE OF A CBL-UBCH7 COMPLEX: RING DOMAIN FUNCTION IN UBIQUITIN-PROTEIN LIGASES 提交 2000-07-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；Sodium Citrate, Ammonium Sulfate,, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.262 |
| 3SQV Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7 提交 2011-07-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5-1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.298 |
| 3SQV Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7 提交 2011-07-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–154（154 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5-1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.298 |
| 3SQV Crystal Structure of E. coli O157:H7 E3 ubiquitin ligase, NleL, with a human E2, UbcH7 提交 2011-07-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
链 D
1–154（154 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5-1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.298 |
| 3SY2 Crystal structure of the Salmonella E3 ubiquitin ligase SopA in complex with the human E2 UbcH7 提交 2011-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–154（154 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.275 |
| 3SY2 Crystal structure of the Salmonella E3 ubiquitin ligase SopA in complex with the human E2 UbcH7 提交 2011-07-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES, 1.6 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.275 |
| 4Q5E Shigella Effector Kinase OspG bound to E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate 提交 2014-04-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
突变：K48R, G76C | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.232 |
| 4Q5H Shigella Effector Kinase OspG bound to AMPPNP and E2-Ub UbcH7-Ub Conjugate 提交 2014-04-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
突变：K48R, G76C | MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Hepes 8.2, 15% PEG 4000, 100 mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.228 |
| 5HPT System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7 提交 2016-01-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
2–154（153 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；isopropanol 10%, PEG3350 8%, sodium citrate 0.1 M
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.237 |
| 5HPT System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7 提交 2016-01-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
2–154（153 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；isopropanol 10%, PEG3350 8%, sodium citrate 0.1 M
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.237 |
| 5TTE Crystal Structure of an RBR E3 ubiquitin ligase in complex with an E2-Ub thioester intermediate mimic 提交 2016-11-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–154（154 aa）
片段：unp residues 1-154
|
突变：C17S, C86K | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.17；291 K；0.1M Sodium Cacodylate pH6.17, 0.35M Sodium Acetate, 10% Glycerol
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.252 |
| 5UDH HHARI/ARIH1-UBCH7~Ubiquitin 提交 2016-12-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
片段：UNP residues 1-154
|
突变：C86K | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；1 ul protein mixture with 10-12 mg/ml protein in 25 mM Tris pH 7.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 1 ul well solution with 7-10% PEG 5000 MME, 0.1 M HP pH 7.0 and 5% Tascimate pH 7.0. Over 1 ml reservoir.
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.279 |
| 5UDH HHARI/ARIH1-UBCH7~Ubiquitin 提交 2016-12-27 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–154（154 aa）
片段：UNP residues 1-154
|
突变：C86K | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；1 ul protein mixture with 10-12 mg/ml protein in 25 mM Tris pH 7.0, 150 mM NaCl, 1 mM DTT and 1 ul well solution with 7-10% PEG 5000 MME, 0.1 M HP pH 7.0 and 5% Tascimate pH 7.0. Over 1 ml reservoir.
|
分辨率 3.24 Å R-free 0.279 |
| 6CP2 SidC in complex with UbcH7~Ub 提交 2018-03-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–154（154 aa）
|
突变：C86K | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；16% PEG 3000, 0.1 M Tris pH 9.0
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 6DJW Crystal Structure of pParkin (REP and RING2 deleted)-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
突变：C86K | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 15% w/v PEG2000 MME, 0.1 M potasssium chloride
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.297 |
| 6DJX Crystal Structure of pParkin-pUb-UbcH7 complex 提交 2018-05-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
突变：C86K | ZN ZINC ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 6% isopropanol, 50 mM magnesium chloride, 5% w/v PEG4000
|
分辨率 4.80 Å R-free 0.290 |
| 6N13 UbcH7-Ub Complex with R0RBR Parkin and phosphoubiquitin 提交 2018-11-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
突变：C17S, C86K, C137S | ZN ZINC ION × 8 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] UbcH7, 0.11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] ubiquitin, 0.11 mM [U-2H] Parkin -residues 144-465 comprising the RING0-RING1-IBR and RING2(Rcat) domains, 0.11 mM [U-2H] phosphorylated ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6XXU Solution NMR structure of the native form of UbcH7 (UBE2L3) 提交 2020-01-28 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–154（154 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
0.9 mM [U-99% 15N] UbcH7 E2 Enzyme, 50 mM potassium phosphate, 0.25 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UbcH7 E2 Enzyme, 50 mM potassium phosphate, 0.25 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7B5L Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 提交 2020-12-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 D
1–154（154 aa）
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突变：C17A, C137A | ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.80 Å |
| 7B5N Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-UBE2L3~Ub~ARIH1. 提交 2020-12-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
1–154（154 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7OIK Mouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stabilized 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–154（154 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7V8F Crystal structure of UBE2L3 bound to HOIP RING1 domain. 提交 2021-08-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–154（154 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；289 K；2%(v/v) 1,4-dioxane, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 15%(w/v) PEG 3,350.
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.198 |
| 8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–154（154 aa）
|
突变：C86K | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.266 |
| 8EAZ HOIL-1/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–154（154 aa）
|
突变：C86K | ZN ZINC ION × 7 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；28% PEG smear broad, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate, pH 6.2
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.266 |
| 8EB0 RNF216/E2-Ub/Ub transthiolation complex 提交 2022-08-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–154（154 aa）
|
突变：C86K | ZN ZINC ION × 7 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；293 K；2 M ammonium sulfate
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.339 |
| 9I1J Cryo-EM structure of mouse RNF213:UBE2L3 transthiolation intermediate, chemically stabilized, and ATPgS 提交 2025-01-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–154（154 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |