当前蛋白身份：Q04062
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2MQW Solution structure of a proteasome related subunit N terminal domain 提交 2014-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–160（160 aa）
片段：N terminal domain, UNP RESIDUES 1-160
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）210；压力 AMBIENT
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 50 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 15N] Protein-4, 50 mM sodium phosphate-5, 100 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MR3 A subunit of 26S proteasome lid complex 提交 2014-06-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–393（393 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-393
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.21；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein-1, 100 mM sodium chloride-2, 50 mM sodium phosphate-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Protein-4, 100 mM sodium chloride-5, 50 mM sodium phosphate-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MRI Solution structure of a proteasome related subunit C terminal domain 提交 2014-07-06 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
181–356（176 aa）
片段：UNP RESIDUES 181-356
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.07；压力 ambient
NMR样品组成
0.5mM [U-100% 13C, U-100% 15N] Protein-1, 20mM TRIS-2, 50mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3J47 Formation of an intricate helical bundle dictates the assembly of the 26S proteasome lid 提交 2013-06-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 O
360–387（28 aa）
片段：C-terminal helix (UNP residues 360-387)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.40 Å |
| 3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 F
1–393（393 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.
|
分辨率 3.50 Å |
| 3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 7.70 Å |
| 4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 9.30 Å |
| 4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric（33） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.1
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 8.80 Å |
| 5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,
|
分辨率 9.50 Å |
| 5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric（48） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.70 Å |
| 5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric（13） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
6–393（388 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
6–393（388 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
6–393（388 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 5.40 Å |
| 6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
6–393（388 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
6–393（388 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
6–393（388 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.00 Å |
| 6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.50 Å |
| 6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric（41） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric（49） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 9CGC Yeast 26S proteasome non-substrate-engaged (S1 state) 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric（39） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；30 mM HEPES pH7.4, 25 mM NaCl, 25 mM KCl, 3% (v/v) glycerol, 5 mM MgCl2
2 mM ATP and 0.5 mM TCEP, 0.02% NP-40.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.61 Å |
| 9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric（47） 与蛋白数一致 |
链 O
1–393（393 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8；YPD buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 9.10 Å |