当前蛋白身份：Q04491
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2PM6 Crystal Structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, native version 提交 2007-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
链 D
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxanie, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.301 |
| 2PM7 Crystal structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, selenomethionine version 提交 2007-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
链 D
1–297（297 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxane, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.298 |
| 2PM9 Crystal structure of yeast Sec13/31 vertex element of the COPII vesicular coat 提交 2007-04-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；8% PEG 3350, 0.1M tri-sodium citrate, 10mM manganese chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.305 |
| 3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–297（297 aa）
片段：UNP residues 1-297
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.273 |
| 3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–297（297 aa）
片段：UNP residues 1-297
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.273 |
| 3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–297（297 aa）
片段：UNP residues 1-297
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.273 |
| 3JRO NUP84-NUP145C-SEC13 edge element of the NPC lattice 提交 2009-09-08 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–297（297 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；1.15M sodium malonate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.329 |
| 3JRP SEC13 with NUP145C (AA109-179) insertion blade 提交 2009-09-08 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；0.1M Tris, 22% PEG 4000, 0.25 M LiCl, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.254 |
| 3MZK Sec13/Sec16 complex, S.cerevisiae 提交 2010-05-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–297（297 aa）
链 D
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M NaBr, 12% polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.243 |
| 3MZL Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant 提交 2010-05-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–297（297 aa）
链 C
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.300 |
| 3MZL Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant 提交 2010-05-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–297（297 aa）
链 G
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.300 |
| 4BZJ The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
2–292（291 aa）
链 F
2–292（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER
|
分辨率 40.00 Å |
| 4BZK The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
链 F
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER
|
分辨率 40.00 Å |
| 4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 A
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
|
分辨率 7.38 Å R-free 0.353 |
| 4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白数一致 |
链 A
2–297（296 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
|
分辨率 7.60 Å R-free 0.347 |
| 6ZG5 COPII on membranes, outer coat right-handed rod, class1 提交 2020-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
链 F
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 40.00 Å |
| 6ZG6 COPII on membranes, outer coat vertex 提交 2020-06-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
链 D
1–297（297 aa）
链 F
1–297（297 aa）
链 H
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 12.00 Å |
| 6ZL0 COPII on membranes, outer coat left-handed rod 提交 2020-06-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–297（297 aa）
链 D
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 40.00 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric（136） 与蛋白数一致 |
链 d
1–297（297 aa）
链 o
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 d
1–297（297 aa）
链 o
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric（17） 与蛋白数一致 |
链 d
1–297（297 aa）
链 o
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 11.60 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric（448） 与蛋白数一致 |
链 d
1–297（297 aa）
链 k
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 d
1–297（297 aa）
链 k
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric（56） 与蛋白数一致 |
链 d
1–297（297 aa）
链 k
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
|
分辨率 37.00 Å |
| 8ADL Cryo-EM structure of the SEA complex 提交 2022-07-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric（22） 与蛋白数一致 |
链 H
1–297（297 aa）
链 P
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白数一致 |
链 d
1–297（297 aa）
链 o
1–297（297 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.10 Å |
| 9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric（32） 与蛋白数一致 |
链 H
1–297（297 aa）
链 P
1–297（297 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |