当前蛋白身份：Q05127
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3FKE Structure of the Ebola VP35 Interferon Inhibitory Domain 提交 2008-12-16 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：UNP residues 215-340, interferon inhibitory domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；Well solution: 200 mM Sodium Citrate (pH 5.8),11% (W/V) PEG 4000; protein solution: 20 mM Tris-Cl (pH 7.0),50 mM NaCl, 5mM beta-mercaptoethanol, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.236 |
| 3FKE Structure of the Ebola VP35 Interferon Inhibitory Domain 提交 2008-12-16 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：UNP residues 215-340, interferon inhibitory domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；Well solution: 200 mM Sodium Citrate (pH 5.8),11% (W/V) PEG 4000; protein solution: 20 mM Tris-Cl (pH 7.0),50 mM NaCl, 5mM beta-mercaptoethanol, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.236 |
| 3L25 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA 提交 2009-12-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
链 B
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
链 D
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
链 E
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 FMT FORMIC ACID × 24 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；3M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, 5% GLYCEROL, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.207 |
| 3L26 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA 提交 2009-12-14 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
链 B
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 10 CL CHLORIDE ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；2.9M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.254 |
| 3L27 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain R312A mutant 提交 2009-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 B
215–340（126 aa）
片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 C
215–340（126 aa）
片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 D
215–340（126 aa）
片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
|
突变：R312A 突变：R312A 突变：R312A 突变：R312A | CL CHLORIDE ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 10 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.15；293 K；1.85 M SODIUM PHOSPHATE, 0.15 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 4.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.229 |
| 3L28 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K339A mutant 提交 2009-12-14 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 B
215–340（126 aa）
片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 C
215–340（126 aa）
片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 D
215–340（126 aa）
片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 E
215–340（126 aa）
片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
链 F
215–340（126 aa）
片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN
|
突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 10 CL CHLORIDE ION × 12 NA SODIUM ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.8；293 K；0.1M SODIUM CITRATE, 0.3M LITHIUM SULFATE, 13% PEG8000, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.269 |
| 3L29 Crystal Structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K319A/R322A mutant 提交 2009-12-14 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
|
突变：K319A, R322A | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；293 K；0.1M BIS-TRIS, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 28% PEG3350, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 3L29 Crystal Structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K319A/R322A mutant 提交 2009-12-14 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain
|
突变：K319A, R322A | CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；293 K；0.1M BIS-TRIS, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 28% PEG3350, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.232 |
| 4IBB Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1DK {4-[(5R)-3-hydroxy-2-oxo-4-(thiophen-2-ylcarbonyl)-5-(2,4,5-trimethylphenyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.226 |
| 4IBB Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1DK {4-[(5R)-3-hydroxy-2-oxo-4-(thiophen-2-ylcarbonyl)-5-(2,4,5-trimethylphenyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.226 |
| 4IBC Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 12G {4-[(2R)-3-(2-chlorobenzoyl)-2-(2-chlorophenyl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.250 |
| 4IBC Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 12G {4-[(2R)-3-(2-chlorobenzoyl)-2-(2-chlorophenyl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.250 |
| 4IBD Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1DL 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-methylbenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.233 |
| 4IBD Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1DL 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-methylbenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.233 |
| 4IBE Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 11Y 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-chlorobenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.233 |
| 4IBE Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 11Y 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-chlorobenzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.233 |
| 4IBF Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1D5 (4-{(2R)-2-(4-bromothiophen-2-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}phenyl)acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.260 |
| 4IBF Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1D5 (4-{(2R)-2-(4-bromothiophen-2-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}phenyl)acetic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.260 |
| 4IBG Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1D6 {4-[(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-3-(3-methylbenzoyl)-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.200 |
| 4IBI Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1D8 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-5-oxo-3-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.237 |
| 4IBI Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1D8 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-5-oxo-3-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.237 |
| 4IBJ Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1D9 3-{(5S)-3-hydroxy-2-oxo-4-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.229 |
| 4IBJ Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1D9 3-{(5S)-3-hydroxy-2-oxo-4-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.229 |
| 4IBK Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1DE 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.241 |
| 4IBK Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–340（126 aa）
片段：unp residues 215-340
|
未记录 | 1DE 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.241 |
| 4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
218–340（123 aa）
片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)
|
突变：R312A, K319A, R322A | NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
218–340（123 aa）
片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)
|
突变：R312A, K319A, R322A | NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
218–340（123 aa）
片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)
|
突变：R312A, K319A, R322A | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
218–340（123 aa）
片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)
|
突变：R312A, K319A, R322A | NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 4IJF Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain K222A/R225A/K248A/K251A mutant 提交 2012-12-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
218–340（123 aa）
片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)
|
突变：K222A, R225A, K248A, K251A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.254 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
20–47（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
20–47（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
20–47（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
20–47（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.285 |
| 4ZTA Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide I212121 提交 2015-05-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
15–59（45 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367,UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；2.2M Sodium formate, 100mM NaOAc pH 4.7
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.233 |
| 4ZTG Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P22121 提交 2015-05-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
15–59（45 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59, UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 6000, 100 mM MES pH 5.0
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.293 |
| 4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
15–59（45 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14 | Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
15–59（45 aa）
片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.247 |
| 6GBO Crystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebola virus 提交 2018-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 B
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 C
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 D
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 E
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 F
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.5 M Na-acetate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.242 |
| 6GBO Crystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebola virus 提交 2018-04-16 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 G
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 H
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 I
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 J
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 K
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 L
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.5 M Na-acetate
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.242 |
| 6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 B
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 C
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.281 |
| 6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 E
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 F
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.281 |
| 6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 H
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 I
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.281 |
| 6GBP Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative 提交 2018-04-16 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 K
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
链 L
82–145（64 aa）
片段：oligomerization domain
|
未记录 | HG MERCURY (II) ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.281 |
| 8USN Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom 提交 2023-10-27 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–340（340 aa）
链 K
1–340（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 8UST In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) 提交 2023-10-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric（9） 与全部聚合物一致 |
链 F
1–340（340 aa）
链 K
1–340（340 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 9IP3 Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex in a compact conformation from Ebola virus 提交 2024-07-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 B
80–340（261 aa）
链 C
80–340（261 aa）
链 D
80–340（261 aa）
链 E
80–340（261 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25 mM HEPES, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |