当前蛋白身份：Q13951
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CL3 MOLECULAR INSIGHTS INTO PEBP2/CBF-SMMHC ASSOCIATED ACUTE LEUKEMIA REVEALED FROM THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PEBP2/CBF BETA 提交 1999-05-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
4–141（138 aa）
片段：BETA SUBUNIT
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；303 K
NMR样品组成
96% WATER/4% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
2–135（134 aa）
片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.287 |
| 1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
2–135（134 aa）
片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.287 |
| 1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 F
2–135（134 aa）
片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.287 |
| 1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 H
2–135（134 aa）
片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.287 |
| 1H9D Aml1/cbf-beta/dna complex 提交 2001-03-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 B
2–135（134 aa）
片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.271 |
| 1H9D Aml1/cbf-beta/dna complex 提交 2001-03-07 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物一致 |
链 D
2–135（134 aa）
片段：HETERODIMERISATION DOMAIN RESIDUES 2-135
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.50
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.271 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 a
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 6
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 k
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 N
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 L
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 R
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 c
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 i
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 o
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 u
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 4N9F Crystal structure of the Vif-CBFbeta-CUL5-ElOB-ElOC pentameric complex 提交 2013-10-21 | Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 0
1–170（170 aa）
片段：UNP residues 1-170
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.22M potassium sulfate, 18% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 100mM Tris HCl, pH 8.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.324 |
| 6NIL cryoEM structure of the truncated HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex 提交 2018-12-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
1–151（151 aa）
链 E
1–151（151 aa）
链 H
1–151（151 aa）
链 K
1–151（151 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6P59 Crystal structure of SIVrcm Vif-CBFbeta-ELOB-ELOC complex 提交 2019-05-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–165（165 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；MES (pH 6), PEG 6000, Dichloromethane
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.268 |
| 6P59 Crystal structure of SIVrcm Vif-CBFbeta-ELOB-ELOC complex 提交 2019-05-29 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–165（165 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；MES (pH 6), PEG 6000, Dichloromethane
|
分辨率 2.94 Å R-free 0.268 |
| 6VGD Crystal structure of the DNA binding domain (DBD) of human FLI1 and the complex of the DBD of human Runx2 with core binding factor beta (Cbfb), in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–142（142 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.6 M K/Na Tartrate, 0.1 M Hepes, pH7.0
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.293 |
| 6VGE Crystal structure of the DNA binding domains of human transcription factor ERG, human Runx2 bound to core binding factor beta (Cbfb), in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–142（142 aa）
片段：DNA binding domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.6 M K/Na Tartrate, 0.1 M Hepes, pH7.0
|
分辨率 4.25 Å R-free 0.317 |
| 6VGG Crystal structure of the DNA binding domains of human transcription factor ERG, human Runx2 bound to core binding factor beta (Cbfb), and mithramycin, in complex with 16mer DNA CAGAGGATGTGGCTTC 提交 2020-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–142（142 aa）
|
未记录 | QWP mithramycin × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.3 M K/Na Tartrate, 50 mM Hepes, pH 7.0, soaked in 1 mM mithramycin-Mg
|
分辨率 4.31 Å R-free 0.285 |
| 8CX0 Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC monomeric complex 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–182（182 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8CX1 Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 1 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–182（182 aa）
链 H
1–182（182 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8CX2 Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 2 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–182（182 aa）
链 H
1–182（182 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8E40 Full-length APOBEC3G in complex with HIV-1 Vif, CBF-beta, and fork RNA 提交 2022-08-17 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–157（157 aa）
片段：UNP residues 1-157
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.57 Å |
| 8FVI Human APOBEC3H bound to HIV-1 Vif in complex with CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5 提交 2023-01-19 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 0
1–157（157 aa）
片段：UNP residues 1-157
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 8FVJ Dimeric form of HIV-1 Vif in complex with human CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5 提交 2023-01-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 0
1–157（157 aa）
片段：UNP residues 1-157
链 5
1–157（157 aa）
片段：UNP residues 1-157
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 8H0I Cryo-EM structure of APOBEC3G-Vif complex 提交 2022-09-29 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–156（156 aa）
链 F
1–156（156 aa）
链 H
1–156（156 aa）
链 J
1–156（156 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8J62 Cryo-EM structure of APOBEC3G-Vif complex 提交 2023-04-24 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–156（156 aa）
链 F
1–156（156 aa）
链 H
1–156（156 aa）
链 J
1–156（156 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8SZK The cryo-EM structure of PPP2R5A/HIV-1 Vif/CBFb/EloB/EloC complex 提交 2023-05-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 C
1–187（187 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 9E93 Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H 提交 2024-11-07 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–170（170 aa）
链 s
1–170（170 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 9E9V Structural Insights into HIV-1 Vif-Mediated Ubiquitination and Degradation of APOBEC3H 提交 2024-11-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 o
1–170（170 aa）
链 s
1–170（170 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |