当前蛋白身份：Q8TDY2
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6DCE X-ray structure of FIP200 claw domain 提交 2018-05-05 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1494–1594（101 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M HEPES pH 7.4, 2 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.241 |
| 6GMA Crystal structure of the FIP200 C-terminal region 提交 2018-05-24 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1458–1594（137 aa）
链 B
1458–1594（137 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M LiCl, 14% PEG 6000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.295 |
| 6GMA Crystal structure of the FIP200 C-terminal region 提交 2018-05-24 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1458–1594（137 aa）
链 D
1458–1594（137 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M LiCl, 14% PEG 6000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.295 |
| 6GMA Crystal structure of the FIP200 C-terminal region 提交 2018-05-24 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1458–1594（137 aa）
链 F
1458–1594（137 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M LiCl, 14% PEG 6000
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.295 |
| 7CZG Crystal structure of FIP200 Claw domain apo form 提交 2020-09-08 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
链 C
1490–1594（105 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, Jeffamine ED-2001 pH 7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.230 |
| 7CZG Crystal structure of FIP200 Claw domain apo form 提交 2020-09-08 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1490–1594（105 aa）
链 D
1490–1594（105 aa）
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, Jeffamine ED-2001 pH 7.0
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.230 |
| 7CZM Crystal structure of FIP200 Claw/p-OPtineurin LIR complex 提交 2020-09-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
链 B
1490–1594（105 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Potassium iodide, MES pH 6.5, PEG 4000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 7D0E Crystal structure of FIP200 Claw/p-CCPG1 FIR2 提交 2020-09-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
|
未记录 | GO9 3-(2-hydroxyethyloxy)-2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxymethyl]-2-(2-hydroxyethyloxymethyl)propan-1-ol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；KCl, Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), MES
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.207 |
| 7EA2 crystal structure of NAP1 FIR in complex with RB1CC1 Claw domain 提交 2021-03-06 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
链 B
1490–1594（105 aa）
|
未记录 | P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 FLC CITRATE ANION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M phosphate/citrate pH 4.2, 40% PEG300
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.232 |
| 7EAA crystal structure of NDP52 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain 提交 2021-03-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1286–1395（110 aa）
链 D
1286–1395（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 8% PEG6000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.253 |
| 8SOI Structure of human ULK1 complex core (2:1:1 stoichiometry) 提交 2023-04-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–600（600 aa）
链 B
1–600（600 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8SQZ Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) in the PI3KC3-C1 mixture 提交 2023-05-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–640（640 aa）
链 B
1–640（640 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.85 Å |
| 8SRM Structure of human ULK1 complex core (2:2:2 stoichiometry) of the ATG13(450-517) mutant 提交 2023-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
1–640（640 aa）
链 B
1–640（640 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.46 Å |
| 8W6B crystal structure of TAX1BP1 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain 提交 2023-08-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 C
1343–1395（53 aa）
链 D
1343–1395（53 aa）
链 G
1343–1395（53 aa）
链 H
1343–1395（53 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；5% (w/v) PEG 4000, 50 mM Magnesium chloride, 100 mM MES at pH 6.5, 10% 2-propanol
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.234 |
| 8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 8YFK Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS123 提交 2024-02-24 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.018M magnesium chloride hexahydrate, 0.018M calcium chloride dehydrate, 0.1M imidazole, 0.1M MES, 0.1M monohydrate, 10% v/v MPD, 10% PEG 1000, 10% v/v PEG 3350, pH 6.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.220 |
| 8YFL crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122pS123 提交 2024-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 6000, 0.1M MES, 5% v/v MPD, pH 6.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.218 |
| 8YFL crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122pS123 提交 2024-02-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；15% w/v PEG 6000, 0.1M MES, 5% v/v MPD, pH 6.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.218 |
| 8YFM Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122 提交 2024-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；25% v/v PEG smear medium, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.209 |
| 8YFM Crystal structure of FIP200 claw/TNIP1_FIR_pS122 提交 2024-02-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；25% v/v PEG smear medium, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, pH 5.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.209 |
| 8YFN Crystal structure of FIP200 claw in complex with TNIP1_FIR_pS123 peptide with an elongated C terminus 提交 2024-02-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M imidazole malate, pH 5.5, 42% PEG 600
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.236 |
| 8YFN Crystal structure of FIP200 claw in complex with TNIP1_FIR_pS123 peptide with an elongated C terminus 提交 2024-02-24 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1490–1594（105 aa）
片段：claw domain
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2M imidazole malate, pH 5.5, 42% PEG 600
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.236 |
| 9C82 Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 提交 2024-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 F
1–640（640 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant
|
分辨率 6.84 Å |
| 9D34 FIP200 C-terminal CLAW domain (resid. 1490-1594) in complex with phosphorylated TNIP1 FIP200 interacting peptide 提交 2024-08-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Morpheus E4 (12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M of each ethylene glycol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5)
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.234 |
| 9J54 Crystal structure of FIP200 Claw in complex with ATG16L1 提交 2024-08-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1490–1594（105 aa）
链 C
1490–1594（105 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；10% v/v 2-Propanol, 0.1 M BICINE (pH 8.5), 30% w/v Polyethylene glycol 1500
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.216 |