当前蛋白身份：Q96EH3
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5OOL Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA 提交 2017-08-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.45；2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample incubated for 30 s prior to freezing.
|
分辨率 3.06 Å |
| 5OOM Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA 提交 2017-08-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.45；2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Sample incubated for 30 s prior to freezing.
|
分辨率 3.03 Å |
| 7A5H Structure of the split human mitoribosomal large subunit with rescue factors mtRF-R and MTRES1 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric（59） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7A5J Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs 提交 2020-08-21 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric（63） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7O9K Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-Tu 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：69-meric（69） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 93 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7O9M Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1 and the MALSU module 提交 2021-04-16 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 104 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7ODR State A of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 97 K POTASSIUM ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 2.90 Å |
| 7ODS State B of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 88 K POTASSIUM ION × 8 N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 3.10 Å |
| 7ODT State C of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 95 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging
|
分辨率 3.10 Å |
| 7OF0 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset1). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 61 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 7OF2 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with GTPBP6. 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 85 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7OF3 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset2). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 58 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 7OF5 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset2). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 70 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OF7 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset1). 提交 2021-05-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric（57） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 74 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7OI6 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 1 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric（52） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 48 ZN ZINC ION × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 7OI7 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 2 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 49 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7OI8 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3A 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7OI9 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3B 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7OIC Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 4 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 76 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7OID Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5A 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric（56） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7OIE Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5B 提交 2021-05-11 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7PD3 Structure of the human mitoribosomal large subunit in complex with NSUN4.MTERF4.GTPBP7 and MALSU1.L0R8F8.mt-ACP 提交 2021-08-04 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 91 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7PO4 Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome large subunit (largely unfolded rRNA with MALSU1, L0R8F8 and ACP) 提交 2021-09-08 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric（60） 与全部聚合物一致 |
链 za
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 35 K POTASSIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å |
| 7QH6 Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 1 提交 2021-12-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric（46） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å |
| 7QH7 Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4 提交 2021-12-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：49-meric（49） 与全部聚合物一致 |
链 u
91–201（111 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 50 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 8K2B Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline 提交 2023-07-12 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 95 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8PK0 human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 96 K POTASSIUM ION × 10 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8QSJ Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7 提交 2023-10-10 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric（58） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 38 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8QU5 mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2 提交 2023-10-13 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric（55） 与全部聚合物一致 |
链 u
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 48 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.42 Å |
| 9PRA In Situ Structure of the Human Mitoribosome Large Subunit 39S in Complex with EF-Tu 提交 2025-07-23 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric（66） 与全部聚合物一致 |
链 Ad
1–234（234 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 36 MG MAGNESIUM ION × 141 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SPD SPERMIDINE × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 VAL VALINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |