当前蛋白身份:Q99278 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

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相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 S 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 U 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 W 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 13 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 A 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 C 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 14 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 E 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 G 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 15 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 I 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 K 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 16 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 M 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 O 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 17 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 Q 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 S 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 18 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白数一致
链 U 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 W 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 19 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白数一致
链 A 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 C 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 E 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 G 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 I 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 K 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 M 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 O 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 Q 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 S 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 U 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
链 W 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 C 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 E 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 G 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 I 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 K 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 M 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 O 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3R84 Structure of the Mediator head subcomplex Med11/22 提交 2011-03-23 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 Q 21–105(85 aa) 片段:Residues 21-105
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;100 mM MES pH 6, 5.5% PEG 6000 and 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白数一致
链 A 1–131(131 aa)
突变:T16G, M17S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SE SELENIUM ATOM × 30 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白数一致
链 H 1–131(131 aa)
突变:T16G, M17S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SE SELENIUM ATOM × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.30 Å R-free 0.373
3RJ1 Architecture of the Mediator Head module 提交 2011-04-14 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白数一致
链 O 1–131(131 aa)
突变:T16G, M17S 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) SE SELENIUM ATOM × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;293 K;0.1 M Tris-HCl (pH 7.6) containing 10-12.5% (w/v) PEG-6K, and 0.4 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 4.30 Å R-free 0.373
4GWP Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae 提交 2012-09-03 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白数一致
链 A 1–115(115 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.2 K;275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K
分辨率 4.20 Å R-free 0.357
4GWQ Structure of the Mediator Head Module from S. cerevisiae in complex with the carboxy-terminal domain (CTD) of RNA Polymerase II Rpb1 subunit 提交 2012-09-03 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白数一致
链 A 1–115(115 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7;291.2 K;275mM ammonium citrate tribasic pH 7.0, 10% w/v PEG 3350, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K
分辨率 4.50 Å R-free 0.345
4H62 Structure of the Saccharomyces cerevisiae Mediator subcomplex Med17C/Med11C/Med22C 提交 2012-09-19 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 K 84–115(32 aa) 片段:C-terminal region (Unp residues 84-115)
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;100 mM MES, 4 M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 23 PDB 声明:26-meric(26) 与全部聚合物一致
链 V 1–115(115 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT;pH 7.5;25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 9.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 44 PDB 声明:46-meric(46) 与全部聚合物一致
链 c 1–115(115 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 38 PDB 声明:40-meric(40) 与全部聚合物一致
链 O 1–115(115 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.30 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白数一致
链 k 1–115(115 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白数一致
链 k 1–115(115 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7UIG Mediator-PIC Early (Mediator A) 提交 2022-03-29 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 17 PDB 声明:heptadecameric(17) 与蛋白数一致
链 k 1–115(115 aa)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 78 PDB 声明:80-meric(80) 与全部聚合物一致
链 Ak 1–115(115 aa)
链 Bk 1–115(115 aa)
未记录 ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å