当前蛋白身份：Q99496
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2H0D Structure of a Bmi-1-Ring1B Polycomb group ubiquitin ligase complex 提交 2006-05-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
15–114（100 aa）
片段：residues 15-114
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；20 mM Tris, 500 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1.5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.244 |
| 3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
223–333（111 aa）
片段：C-terminal domain, residues 223-333
链 C
223–333（111 aa）
片段：C-terminal domain, residues 223-333
|
突变：N306D 突变：N306D | SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.243 |
| 3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
223–333（111 aa）
片段：C-terminal domain, residues 223-333
|
突变：N306D | SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.243 |
| 3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
223–333（111 aa）
片段：C-terminal domain, residues 223-333
|
突变：N306D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.243 |
| 3H8H Structure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B; 提交 2009-04-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
220–330（111 aa）
片段：RESIDUES 220-330
|
未记录 | 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；289 K；2 M AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.244 |
| 3H8H Structure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B; 提交 2009-04-29 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
220–330（111 aa）
片段：RESIDUES 220-330
|
未记录 | 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；289 K；2 M AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.244 |
| 3H8H Structure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B; 提交 2009-04-29 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
220–330（111 aa）
片段：RESIDUES 220-330
|
未记录 | 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；289 K；2 M AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.244 |
| 3H8H Structure of the C-terminal domain of human RNF2/RING1B; 提交 2009-04-29 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
220–330（111 aa）
片段：RESIDUES 220-330
|
未记录 | 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；289 K；2 M AMMONIUM SULPHATE, 2% PEG 400, 0.1 M HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.244 |
| 3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
223–333（111 aa）
片段：C-terminal Domain (UNP residues 223-333)
|
突变：N306D | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
223–333（111 aa）
片段：C-terminal Domain (UNP residues 223-333)
|
突变：N306D | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
223–333（111 aa）
片段：C-terminal Domain (UNP residues 223-333)
|
突变：N306D | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 G
223–333（111 aa）
片段：C-terminal Domain (UNP residues 223-333)
|
突变：N306D | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 I
223–333（111 aa）
片段：C-terminal Domain (UNP residues 223-333)
|
突变：N306D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 3IXS Ring1B C-terminal domain/RYBP C-terminal domain Complex 提交 2009-09-04 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 K
223–333（111 aa）
片段：C-terminal Domain (UNP residues 223-333)
|
突变：N306D | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；32% PEG 1750, 0.125 M lithium sulfate, 10% ethylene glycol, 50 mM CHES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.234 |
| 3RPG Bmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure 提交 2011-04-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–116（116 aa）
片段：UNP Residues 1-116
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；40% MPD, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.243 |
| 3RPG Bmi1/Ring1b-UbcH5c complex structure 提交 2011-04-26 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–116（116 aa）
片段：UNP Residues 1-116
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；40% MPD, 0.1 M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.243 |
| 4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
2–116（115 aa）
片段：Residues 2-116 of Ring1B and Residues 2-148 of UbcH5c
链 N
2–116（115 aa）
片段：Residues 2-116 of Ring1B and Residues 2-148 of UbcH5c
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.245 |
| 4S3O PCGF5-RING1B-UbcH5c complex 提交 2015-03-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–116（116 aa）
片段：RING domain, UNP residues 1-116
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；13.5% PEG 550 MME, 10 mM TCEP, 0.1 M MES pH 6.5, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 4S3O PCGF5-RING1B-UbcH5c complex 提交 2015-03-23 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–116（116 aa）
片段：RING domain, UNP residues 1-116
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；13.5% PEG 550 MME, 10 mM TCEP, 0.1 M MES pH 6.5, 100 mM KCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 7ND1 First-in-class small molecule inhibitors of Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) RING domain 提交 2021-01-29 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
10–116（107 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 U9E 3-(2-chlorophenyl)-4-ethyl-5-(1~{H}-indol-4-yl)-1~{H}-pyrrole-2-carboxylic acid × 1 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 6.8；303.3 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
0.12 mM [U-2H; U-13C; U-15N; CH3 ILV] Ring1B-BMI1, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 8GRM Cryo-EM structure of PRC1 bound to H2AK119-UbcH5b-Ub nucleosome 提交 2022-09-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 N
16–116（101 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–336（336 aa）
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–336（336 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–336（336 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9DGG ncPRC1RYBP bound to unmodified nucleosome 提交 2024-09-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–336（336 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9V6Q Cryo-EM structure of two cPRC1 complexes bound to opposite faces of an endogenous 147-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–336（336 aa）
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.60 Å |
| 9V6S Cryo-EM structure of a single cPRC1 complex engaged on one face of an endogenous 147-bp mononucleosome 提交 2025-05-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9V6X Cryo-EM structure of the cPRC1 complex bound to an endogenous 184-bp mono-nucleosome 提交 2025-05-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.00 Å |
| 9V8L Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (loose) complex 提交 2025-05-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 6.60 Å |
| 9V9H Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (tight) complex 提交 2025-05-30 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 T
1–336（336 aa）
链 V
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 4.50 Å |
| 9V9P Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex 提交 2025-06-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 U
1–336（336 aa）
链 W
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.40 Å |
| 9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–336（336 aa）
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.70 Å |
| 9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–336（336 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |