当前蛋白身份：Q9BUH6
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3WTD Structure of PAXX 提交 2014-04-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–166（166 aa）
片段：N-terminal domain, UNP RESIDUES 1-166
链 B
1–166（166 aa）
片段：N-terminal domain, UNP RESIDUES 1-166
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；1.5M ammonium sulfate, 12%(v/v) glycerol, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.229 |
| 3WTF Structure of PAXX 提交 2014-04-09 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–204（204 aa）
链 B
1–204（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；1M sodium malonate, 1% (v/v) 1,4-Dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.268 |
| 4WJA Crystal Structure of PAXX 提交 2014-09-29 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–145（145 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-145
链 B
1–145（145 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-145
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；2.24M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.267 |
| 7ZWA CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX 提交 2022-05-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–204（204 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7ZYG CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA, PAXX and XLF 提交 2022-05-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–204（204 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8ASC Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX 提交 2022-08-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 J
177–204（28 aa）
链 T
177–204（28 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；12% PEG- 3350; 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5; 0.3 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.298 |
| 8BH3 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–204（204 aa）
链 M
1–204（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8BHV DNA-PK XLF mediated dimer bound to PAXX 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 c
1–204（204 aa）
链 i
1–204（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.51 Å |
| 8BHY DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to PAXX and XLF 提交 2022-11-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 D
1–204（204 aa）
链 M
1–204（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.33 Å |
| 8EZA NHEJ Long-range complex with PAXX 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–204（204 aa）
链 T
1–204（204 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.39 Å |
| 8EZB NHEJ Long-range complex with ATP 提交 2022-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 S
1–204（204 aa）
链 T
1–204（204 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 9CQ3 The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–204（204 aa）
链 H
1–204（204 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9CQ6 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–204（204 aa）
链 H
1–204（204 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9CQC The ligation complex like in the NHEJ pathway 提交 2024-07-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–204（204 aa）
链 H
1–204（204 aa）
|
未记录 | DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9G9L DNA-PK + Polymerase lambda 提交 2024-07-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric（7） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–204（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.63 Å |
| 9GD7 DNA-PK Ku80 mediated dimer bound to DNA polymerase Lambda and DNA ligase 4/XRCC4 提交 2024-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–204（204 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 9GYF Ku70/80 with PAXX peptide mutation K193R 提交 2024-10-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
180–202（23 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9N81 A gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ Pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–204（204 aa）
链 H
1–204（204 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 DZ4 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9N82 The ligation (AMP-Lys) complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–204（204 aa）
链 H
1–204（204 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9N83 The ligation complex in the NHEJ pathway 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–204（204 aa）
链 H
1–204（204 aa）
|
未记录 | AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |