当前蛋白身份：Q9BW61
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6DSZ Crystal structure of DDB1 in complex with DET1- and DDB1-associated protein 1 (DDA1) 提交 2018-06-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
1–19（19 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 20% (w/v) PEG4000, 180 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.307 |
| 6DSZ Crystal structure of DDB1 in complex with DET1- and DDB1-associated protein 1 (DDA1) 提交 2018-06-14 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
1–19（19 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 20% (w/v) PEG4000, 180 mM NaCl, 5 mM DTT
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.307 |
| 6PAI Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and sulfonamide E7820 提交 2019-06-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–102（102 aa）
|
未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 O6M 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M sodium HEPES, pH 7.0, 15% w/v PEG4000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.252 |
| 6Q0R Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to E7820 and RBM39 提交 2019-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–102（102 aa）
|
未记录 | OXM OXAMIC ACID × 1 O6M 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.251 |
| 6Q0V Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to tasisulam and RBM39 提交 2019-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–102（102 aa）
|
未记录 | P7M N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.242 |
| 6Q0W Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to Indisulam and RBM39 提交 2019-08-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 E
1–102（102 aa）
|
未记录 | EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 6SJ7 Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and Indisulam 提交 2019-08-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
2–102（101 aa）
|
未记录 | EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.54 Å |
| 6UD7 Crystal structure of full-length human DCAF15-DDB1(deltaBPB)-DDA1-RBM39 in complex with indisulam 提交 2019-09-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
2–102（101 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2% (v:v) TacsimateTM, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, and 10-20% (w:v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 6UE5 Crystal structure of full-length human DCAF15-DDB1-deltaPBP-DDA1-RBM39 in complex with 4-(aminomethyl)-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzenesulfonamide 提交 2019-09-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
2–102（101 aa）
|
未记录 | Q5J 4-(aminomethyl)-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.5 K；2% (v:v) TacsimateTM, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic
676 dihydrate, pH 5.6, and 10-20% (w:v) polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.61 Å R-free 0.266 |
| 8G46 Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF16-BRD4(BD2)-MMH2 提交 2023-02-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 E
1–102（102 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 YK3 tert-butyl [(6S,10P)-4-{4-[(ethanesulfonyl)amino]phenyl}-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]acetate × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 2 mM TCEP, 0.011% LMNG
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；detergent added directly before grid application
|
分辨率 2.20 Å |
| 8QH5 CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 提交 2023-09-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8ROX Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to compound furan 12 提交 2024-01-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–102（102 aa）
|
未记录 | A1H17 5-[[3,4-bis(chloranyl)-1~{H}-indol-7-yl]sulfamoyl]-~{N},~{N},3-trimethyl-furan-2-carboxamide;ethane × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8ROY Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to compound furan 24 提交 2024-01-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–102（102 aa）
|
未记录 | A1H18 1-[5-[[3,4-bis(chloranyl)-1~{H}-indol-7-yl]sulfamoyl]-3-methyl-furan-2-yl]carbonyl-~{N}-methyl-piperidine-4-carboxamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8TL6 Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5 提交 2023-07-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；25mM HEPES, pH 7.4, 200mM NaCl, 4mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.63 Å |
| 9BJZ Structure of the human DDD-Ube2e2 complex 提交 2024-04-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 9BZ0 Structure of an STK19-containing TC-NER complex 提交 2024-05-24 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 e
1–102（102 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.90 Å |
| 9C5U Cryo EM structure of DCAF2:Compound 1 complex 提交 2024-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–102（102 aa）
|
未记录 | A1AUM 1'-acetyl-1',4'-dihydro-3'H-spiro[cyclopentane-1,2'-quinoxalin]-3'-one × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9C5V Cryo EM structure of a DCAF2:degrader:BRD4 ternary complex 提交 2024-06-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
1–102（102 aa）
|
未记录 | A1AUO N-({4-[(4-{[1'-(chloroacetyl)-3'-oxo-3',4'-dihydro-1'H-spiro[cyclopentane-1,2'-quinoxalin]-6'-yl]oxy}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}methyl)-2-[(6S,10P)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]acetamide × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 9DHD The ternary complex of DDB1, DDA1, DET1 提交 2024-09-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9FD2 Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex 提交 2024-05-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 c
1–102（102 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9LTJ Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1 complex 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å |
| 9LTL Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1 complex 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 9LTO Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 complex 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 9LTR Cryo-EM structure of dimeric DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 I
1–102（102 aa）
链 P
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 9LTW protein structure of DDB1-DDA1-DET1 提交 2025-02-06 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9LTZ protein structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 complex 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 F
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 9LU1 protein structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 bound to COP1 dimer 提交 2025-02-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 9LUL Local refinement of stacked like DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex (layer 1) 提交 2025-02-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 L
2–67（66 aa）
链 h
2–67（66 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.99 Å |
| 9M0Y Local refinement of stacked like DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex (layer 2) 提交 2025-02-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16） 与蛋白数一致 |
链 j
1–102（102 aa）
链 n
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 9S3R Ternary complex structure of compound 1 bound to SMARCA2 bromodomain and DCAF16:DDB1deltaBPB 提交 2025-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
1–102（102 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1JLV 2-[6-azanyl-5-[(1~{S},5~{R})-8-[2-[(~{E})-3-(azepan-1-yl)prop-1-enyl]pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Applied 3.5 uL of sample to grid. wait = 10 sec, drain = 0 sec, blot = 4 sec, blotForce = 4
|
分辨率 3.30 Å |
| 9W90 DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1-c-Jun-STK40 complex 提交 2025-08-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 I
1–102（102 aa）
链 P
1–102（102 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |