10yh

DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 3	Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 2 （Q96KK5） Histone H2B type 1-M × 2 （Q99879） 601 I strand (non-damaged strand) × 1 601 J strand (damaged strand 1) × 1 601 K strand (damaged strand 2) × 1 DNA ligase 3 × 1 （P49916） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 39–135 作者链 E； PDB构建体 1–97； UniProt 39–135

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 3	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H2A type 1-H × 2 （Q96KK5） Histone H2B type 1-M × 2 （Q99879） 601 I strand (non-damaged strand) × 1 601 J strand (damaged strand 1) × 1 601 K strand (damaged strand 2) × 1 DNA ligase 3 × 1 （P49916） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–80； UniProt 23–102 作者链 F； PDB构建体 1–80； UniProt 23–102

Histone H2A type 1-H

Homo sapiens

UniProt Q96KK5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 3	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2B type 1-M × 2 （Q99879） 601 I strand (non-damaged strand) × 1 601 J strand (damaged strand 1) × 1 601 K strand (damaged strand 2) × 1 DNA ligase 3 × 1 （P49916） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1H_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–107； UniProt 12–118 作者链 G； PDB构建体 1–107； UniProt 12–118

Histone H2B type 1-M

Homo sapiens

UniProt Q99879

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 3	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 2 （Q96KK5） 601 I strand (non-damaged strand) × 1 601 J strand (damaged strand 1) × 1 601 K strand (damaged strand 2) × 1 DNA ligase 3 × 1 （P49916） ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1M_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–93； UniProt 33–125 作者链 H； PDB构建体 1–93； UniProt 33–125

DNA ligase 3

Homo sapiens

UniProt P49916

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 9 DNA 3	Histone H3.2 × 2 （Q71DI3） Histone H4 × 2 （P62805） Histone H2A type 1-H × 2 （Q96KK5） Histone H2B type 1-M × 2 （Q99879） 601 I strand (non-damaged strand) × 1 601 J strand (damaged strand 1) × 1 601 K strand (damaged strand 2) × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNLI3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–208； UniProt 474–681

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	10yh
沉积日期 deposition_date	2026-02-12
结构标题 title	DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite)
关键词 keywords	Nucleosome, DNA Ligase IIIa, DNA Repair, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

10yh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

10yh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

10yh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.15 Å
Rg（电子密度）	41.80 Å
总 Rg	42.23 Å
原子数	13642
残基数	1250
排除体积	224260 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`10yh__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	11385.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	13642

PHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9123.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

LRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-H
分子量 formula_weight	11692.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

RAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-M
分子量 formula_weight	10336.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

SRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	601 I strand (non-damaged strand)
分子量 formula_weight	45138.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	601 J strand (damaged strand 1)
分子量 formula_weight	4623.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGGATGTATATAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	601 K strand (damaged strand 2)
分子量 formula_weight	40942.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

CTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA ligase 3
分子量 formula_weight	23847.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QASLMTPVQPMLAEACKSVEYAMKKCPNGMFSEIKYDGERVQVHKNGDHFSYFSRSLKPVLPHKVAHFKDYIPQAFPGGHSMILDSEVLLIDNKTGKPLPFGTLGVHKKAAFQDANVCLFVFDCIYFNDVSLMDRPLCERRKFLHDNMVEIPNRIMFSEMKRVTKALDLADMITRVIQEGLEGLVLKDVKGTYEPGKRHWLKVKKDYL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	74600

DNA Ligase IIIa bound to a nucleosome containing a nick at SHL-6 (composite)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA ligase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

10yh__assembly_1__model_1

10yh__assembly_1__model_1 | I(q)

10yh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)