1at6

HEN EGG WHITE LYSOZYME WITH A ISOASPARTATE RESIDUE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 51.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSOZYME

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–147 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;277 K;CRYSTALS WERE PREPARED AT 277 K FROM THE DROPLET MIXTURE OF A 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION CONTAINING 7 MM TRI-N-ACETYLCHITOTRIOSE (NAG3) AND 50 MM ACETATE BUFFER PH 4.2 WITH EQUAL VOLUME OF A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 2.0 M AMMONIUM FORMATE AND 100 MM N-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZINE-N'-(2-ETHANESULFONIC ACID) (HEPES) BUFFER PH 7.5. PRIOR TO THE DIFFRACTION DATA COLLECTION, THE CRYSTAL WAS SOAKED IN A CRYOPROTECTANT SOLUTION CONTAINING 30 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 20,000, 2.2 M AMMONIUM FORMATE, 100 MM HEPES BUFFER PH 7.5, AND 7 MM NAG3 FOR 2 MINUTES AT 277 K. 分辨率 1.80 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1450 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYC_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1at6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1at6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1at6
沉积日期 deposition_date1997-08-19
结构标题 titleHEN EGG WHITE LYSOZYME WITH A ISOASPARTATE RESIDUE
关键词 keywordsISOASPARTATE, HYDROLASE, O-GLYCOSYL HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.89
零角强度 I(0) i05023310.00
分子量 molecular_weight14953.0 kDa
排除体积 excluded_volume18217 ų
包络体积 envelope_volume19850 ų
水化壳体积 shell_volume12203 ų
包络直径 envelope_diameter51.0
壳层 Rg shell_rg19.55
包络 Rg envelope_rg14.19
形状 Rg shape_rg13.87
总 Rg total_rg14.98
总原子数 total_atoms1044
残基数 n_residues128
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.3
Rg (实空间) rg_real15.07
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real5.0230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0350e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5023000.0000
解质量估计 total_estimate0.8661
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.5
偏度 Skewness skewness0.230
峰度 Kurtosis kurtosis-0.220
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1034000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.987

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1at6a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1at6A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)