1ca6

INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 47.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D

物种未注明

UniProt P13123

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–65 未记录 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3' × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.20 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DN71_SULAC
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–66; UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ca6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ca6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ca6
沉积日期 deposition_date1999-02-23
结构标题 titleINTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA
关键词 keywordsHYPERTHERMOPHILE, CHROMOSOMAL PROTEIN, SSO7D, SAC7D, DNA BINDING, STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.48
零角强度 I(0) i04586020.00
分子量 molecular_weight12478.0 kDa
排除体积 excluded_volume14360 ų
包络体积 envelope_volume16697 ų
水化壳体积 shell_volume10828 ų
包络直径 envelope_diameter46.3
壳层 Rg shell_rg18.88
包络 Rg envelope_rg13.79
形状 Rg shape_rg13.40
总 Rg total_rg14.59
总原子数 total_atoms857
残基数 n_residues82
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.0
Rg (实空间) rg_real14.39
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real4.5860e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0240e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4586000.0000
解质量估计 total_estimate0.8891
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.4
偏度 Skewness skewness0.177
峰度 Kurtosis kurtosis-0.361
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha437800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.975

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ca6a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family familyb.34.13.1 — Histone-like proteins from archaea

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ca6A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)