SAXSdb — 1doa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GTP-BINDING PROTEIN)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1) × 1 （P19803） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GERAN-8-YL GERAN × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PROTEIN (GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1) × 3 （P19803） MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 GERAN-8-YL GERAN × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC42_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–191； UniProt 1–188

PROTEIN (GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1)

Bos taurus

UniProt P19803

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (GTP-BINDING PROTEIN) × 1 （P60953） MAGNESIUM ION × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GERAN-8-YL GERAN × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PROTEIN (GTP-BINDING PROTEIN) × 3 （P60953） MAGNESIUM ION × 6 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 GERAN-8-YL GERAN × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDIR_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 16–219； UniProt 1–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1doa
沉积日期 deposition_date	1999-12-20
结构标题 title	Structure of the rho family gtp-binding protein cdc42 in complex with the multifunctional regulator rhogdi
关键词 keywords	GTP-binding protein, Cdc42, RhoGDI, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1doa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1doa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1doa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.72 Å
Rg（电子密度）	23.83 Å
总 Rg	24.81 Å
原子数	3151
残基数	390
排除体积	56301 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1doa__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1doa__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (GTP-BINDING PROTEIN)
分子量 formula_weight	21254.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3201

GSHMQTIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNKFPSEYVPTVFDNYAVTVMIGGEPYTLGLFDTAGQEDYDRLRPLSYPQTDVFLVCFSVVSPSSFENVKEKWVPEITHHCPKTPFLLVGTQIDLRDDPSTIEKLAKNKQKPITPETAEKLARDLKAVKYVECSALTQKGLKNVFDEAILAALEPPEPKKSRRC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1)
分子量 formula_weight	24633.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSPGISGGGGGILGLMAEQEPTAEQLAQIAAENEEDEHSVNYKPPAQKSIQEIQELDKDDESLRKYKEALLGRVAVSADPNVPNVVVTRLTLVCSTAPGPLELDLTGDLESFKKQSFVLKEGVEYRIKISFRVNREIVSGMKYIQHTYRKGVKIDKTDYMVGSYGPRAEEYEFLTPMEEAPKGMLARGSYNIKSRFTDDDRTDHLSWEWNLTIKKEWKD

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GERAN-8-YL GERAN
分子量 formula_weight	274.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1doaa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1doaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1doab_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.8 — RhoGDI-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1doaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1doaB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	83.940 Å
晶胞边长 b length_b	83.940 Å
晶胞边长 c length_c	191.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	39.900 Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.3200

Structure of the rho family gtp-binding protein cdc42 in complex with the multifunctional regulator rhogdi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GTP-BINDING PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1doa__assembly_1__model_1

1doa__assembly_1__model_1 | I(q)

1doa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the rho family gtp-binding protein cdc42 in complex with the multifunctional regulator rhogdi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GTP-BINDING PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1doa__assembly_1__model_1

1doa__assembly_1__model_1 | I(q)

1doa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)