SAXSdb — 1dtu

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE)

Bacillus circulans

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 5 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–713	突变：Y89D, S146P	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 alpha-D-quinovopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 2 ;alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 ADH 1-AMINO-2,3-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL CYCLOHEX-5-ENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；298 K；60 % MPD, 100 MM TRIS PH 7.1, 5% (w/v) maltose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DTU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CDG NUCLEOTIDE SEQUENCE AND X-RAY STRUCTURE OF CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 IN A MALTOSE-DEPENDENT CRYSTAL FORM 提交 1993-08-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1CGV SITE DIRECTED MUTATIONS OF THE ACTIVE SITE RESIDUE TYROSINE 195 OF CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 AFFECTING ACTIVITY AND PRODUCT SPECIFICITY 提交 1994-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：Y195F	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1CGW SITE DIRECTED MUTATIONS OF THE ACTIVE SITE RESIDUE TYROSINE 195 OF CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 AFFECTING ACTIVITY AND PRODUCT SPECIFICITY 提交 1994-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：Y195G	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1CGX SITE DIRECTED MUTATIONS OF THE ACTIVE SITE RESIDUE TYROSINE 195 OF CYCLODEXTRIN GLYXOSYLTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 AFFECTING ACTIVITY AND PRODUCT SPECIFICITY 提交 1994-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1CGY SITE DIRECTED MUTATIONS OF THE ACTIVE SITE RESIDUE TYROSINE 195 OF CYCLODEXTRIN GLYXOSYLTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 AFFECTING ACTIVITY AND PRODUCT SPECIFICITY 提交 1994-08-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1CXE COMPLEX OF CGTASE WITH MALTOTETRAOSE AT ROOM TEMPERATURE AND PH 9.1 BASED ON DIFFRACTION DATA OF A CRYSTAL SOAKED WITH ALPHA-CYCLODEXTRIN 提交 1995-07-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.1；pH 9.1	分辨率 2.10 Å R-free 0.100
1CXF COMPLEX OF A (D229N/E257Q) DOUBLE MUTANT CGTASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 WITH MALTOTETRAOSE AT 120 K AND PH 9.1 OBTAINED AFTER SOAKING THE CRYSTAL WITH ALPHA-CYCLODEXTRIN 提交 1995-07-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：D229N, E257Q	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.1；pH 9.1	分辨率 2.10 Å R-free 0.200
1CXH COMPLEX OF CGTASE WITH MALTOTETRAOSE AT ROOM TEMPERATURE AND PH 9.6 BASED ON DIFFRACTION DATA OF A CRYSTAL SOAKED WITH MALTOHEPTAOSE 提交 1995-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.6；pH 9.6	分辨率 2.41 Å R-free 0.200
1CXI WILD-TYPE CGTASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 AT 120 K AND PH 7.55 提交 1995-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.55；pH 7.55	分辨率 2.20 Å R-free 0.200
1CXK COMPLEX BETWEEN A MALTONONAOSE SUBSTRATE AND BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 CGTASE E257Q/D229N 提交 1999-02-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：E257Q, D229N	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.3；pH 10.30	分辨率 2.09 Å R-free 0.210
1D3C MICHAELIS COMPLEX OF BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE WITH GAMMA-CYCLODEXTRIN 提交 1999-09-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：D229N, E257Q	CA CALCIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；60 % MPD, 100 MM TRIS PH 8.1, pH 10.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.78 Å R-free 0.258
1EO5 Bacillus circulans strain 251 cyclodextrin glycosyltransferase in complex with maltoheptaose 提交 2000-03-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：E257A,D229A	CA CALCIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；60% MPD, 100 mM Tris, 5% maltose, pH 6.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1EO7 BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH MALTOHEXAOSE 提交 2000-03-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：E257A/D229A	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；60% MPD, 100 mM Tris, 5% w/v maltose, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.48 Å R-free 0.296
1KCK Bacillus circulans strain 251 Cyclodextrin glycosyl transferase mutant N193G 提交 2001-11-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：N193G	ADH 1-AMINO-2,3-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL CYCLOHEX-5-ENE × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；MPD. Ca, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.43 Å R-free 0.205
1OT1 Bacillus circulans strain 251 Cyclodextrin glycosyl transferase mutant D135A 提交 2003-03-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：D135A	CA CALCIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ACY ACETIC ACID × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；MPD, Ca, HEPES, maltose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.181
1OT2 Bacillus circulans strain 251 Cyclodextrin glycosyl transferase mutant D135N 提交 2003-03-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：D135N	CA CALCIUM ION × 3 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ACY ACETIC ACID × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；MPD, Ca, HEPES, maltose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.184
1PEZ Bacillus circulans strain 251 mutant A230V 提交 2003-05-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：A230V	CA CALCIUM ION × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 8 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；MPD, Ca, HEPES, maltose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.32 Å R-free 0.199
1PJ9 Bacillus circulans strain 251 loop mutant 183-195 提交 2003-06-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：T185S, T186Y, N188D, K192R	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；MPD, Ca, HEPES, maltose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.176
1TCM CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE W616A MUTANT FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 提交 1996-10-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：W616A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
1TCM CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE W616A MUTANT FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 提交 1996-10-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–713（686 aa）	突变：W616A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2CXG CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE COMPLEXED TO THE INHIBITOR ACARBOSE 提交 1998-05-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	未记录	ACI 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.55；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM OTHER LIQUOR CONTAINING 60% V/V METHYL-PENTANEDIOL (MPD) 100 MM SODIUM-HEPES PH 7.55 AND 0.5% W/V MALTOSE THEN SOAKED IN MOTHER LIQUOR WITH 0.1 % ACARBOSE AND 0.5 % MALTOSE FOR 5 DAYS	分辨率 2.50 Å R-free 0.230
2DIJ COMPLEX OF A Y195F MUTANT CGTASE FROM B. CIRCULANS STRAIN 251 COMPLEXED WITH A MALTONONAOSE INHIBITOR AT PH 9.8 OBTAINED AFTER SOAKING THE CRYSTAL WITH ACARBOSE AND MALTOHEXAOSE 提交 1998-05-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–713（686 aa）	突变：Y195F	CA CALCIUM ION × 2 ADH 1-AMINO-2,3-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL CYCLOHEX-5-ENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9.8；SOAKED WITH ACARBOSE AND MALTOHEXAOSE, pH 9.8	分辨率 2.60 Å

共 21 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDGU_BACCI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–686； UniProt 28–713

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dtu
沉积日期 deposition_date	2000-01-13
结构标题 title	BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE: A MUTANT Y89D/S146P COMPLEXED TO AN HEXASACCHARIDE INHIBITOR
关键词 keywords	ALPHA-AMYLASE, ACARBOSE, INHIBITOR COMPLEX, FAMILY 13 GLYCOSYL HYDROLASE, MUTANT, PRODUCT SPECIFICITY, CYCLODEXTRIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.49 Å
零角强度 I(0) i0	99871500.00
分子量 molecular_weight	77206.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95829 Å³
包络体积 envelope_volume	109630 Å³
水化壳体积 shell_volume	34864 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.85 Å
包络 Rg envelope_rg	25.61 Å
形状 Rg shape_rg	25.48 Å
总 Rg total_rg	26.35 Å
总原子数 total_atoms	5442
残基数 n_residues	686
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	99870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7270
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.147
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.199; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.981

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE)
分子量 formula_weight	74537.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.19
突变 mutation	Y89D, S146P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5722

APDTSVSNKQNFSTDVIYQIFTDRFSDGNPANNPTGAAFDGTCTNLRLYCGGDWQGIINKINDGYLTGMGVTAIWISQPVENIYSIINDSGVNNTAYHGYWARDFKKTNPAYGTIADFQNLIAAAHAKNIKVIIDFAPNHTSPASPDQPSFAENGRLYDNGTLLGGYTNDTQNLFHHNGGTDFSTTENGIYKNLYDLADLNHNNSTVDVYLKDAIKMWLDLGIDGIRMDAVKHMPFGWQKSFMAAVNNYKPVFTFGEWFLGVNEVSPENHKFANESGMSLLDFRFAQKVRQVFRDNTDNMYGLKAMLEGSAADYAQVDDQVTFIDNHDMERFHASNANRRKLEQALAFTLTSRGVPAIYYGTEQYMSGGTDPDNRARIPSFSTSTTAYQVIQKLAPLRKCNPAIAYGSTQERWINNDVLIYERKFGSNVAVVAVNRNLNAPASISGLVTSLPQGSYNDVLGGLLNGNTLSVGSGGAASNFTLAAGGTAVWQYTAATATPTIGHVGPMMAKPGVTITIDGRGFGSSKGTVYFGTTAVSGADITSWEDTQIKVKIPAVAGGNYNIKVANAAGTASNVYDNFEVLSGDQVSVRFVVNNATTALGQNVYLTGSVSELGNWDPAKAIGPMYNQVVYQYPNWYYDVSVPAGKTIEFKFLKKQGSTVTWEGGSNHTFTAPSSGTATINVNWQP

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus circulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1397
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-quinovopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	326.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	828.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1-AMINO-2,3-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL CYCLOHEX-5-ENE
分子量 formula_weight	159.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	273

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1dtua1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.2 — E-set domains of sugar-utilizing enzymes

结构域编号 domain_id	d1dtua2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family family	b.3.1.1 — Starch-binding domain

结构域编号 domain_id	d1dtua3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1dtua4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1dtuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1dtuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	1dtuA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1dtuA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	120.445 Å
晶胞边长 b length_b	111.160 Å
晶胞边长 c length_c	65.758 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/dt/1dtu/1dtu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dt/1dtu/1dtu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dt/1dtu/1dtu.dat

BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE: A MUTANT Y89D/S146P COMPLEXED TO AN HEXASACCHARIDE INHIBITOR