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1g6j

STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN UBIQUITIN IN AOT REVERSE MICELLES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 40.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUITIN

Homo sapiens

UniProt P62988

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–76 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：293 K；压力 ambient NMR测量条件：293 K；压力 50 NMR样品组成：4 mg c13/n15 ubiquitin in 13.5 ul of buffer (50mM Sodium acetate, 250mM Sodium Chloride, pH 5.0) and 1 ml D12-pentane | 75mM bis(2-ethyl hexyl) sulfosuccinate in d-pentane NMR样品组成：8 mg 13/n15 ubiquitin in 27 ul of buffer (50mM Sodium acetate, 250mM Sodium Chloride, pH 5.0) | 75mM bis(2-ethyl hexyl) sulfosuccinate in butane NMR样品组成：4 mg n15 ubiquitin in 13.5 ul of buffer (50mM Sodium acetate, 250mM Sodium Chloride, pH 5.0) | 75mM bis(2-ethyl hexyl) sulfosuccinate in d-pentane 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 1G6J Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C3T ROTAMER STRAIN AS A DETERMINANT OF PROTEIN STRUCTURAL SPECIFICITY 提交 1999-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–162（76 aa）
突变：I3L,I13L,L15V,V17L,I23V,V26L,I61L,L67I 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 1
NMR样品组成 2 MM 13C/15N 1D8 UBIQUITIN, 25 MM SODIUM PHOSPHATE, 25 MM SODIUM ACETATE (D3), 0.02% SODIUM AZIDE, PH 5.8
分辨率未提供
1D3Z UBIQUITIN NMR STRUCTURE 提交 1999-10-01 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 136–211（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 UBIQUITIN HUMAN SEQUENCE
分辨率未提供
1F9J STRUCTURE OF A NEW CRYSTAL FORM OF TETRAUBIQUITIN 提交 2000-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.292
1FXT STRUCTURE OF A CONJUGATING ENZYME-UBIQUITIN THIOLESTER COMPLEX 提交 2000-09-26 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；30 K；离子强度（mmCIF原始值）450mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 Yeast Ubc1 | 0.8 mM Ubc1 10uM E1 0.8 mM Ub 10mM ATP, 5 mM MgCl, 40 mM Hepes, 450 mM NaCl,, 1 mM EDTA in water
NMR样品组成 Human Ub | 0.8 mM Ubc1 10uM E1 0.8 mM Ub 10mM ATP, 5 mM MgCl, 40 mM Hepes, 450 mM NaCl,, 1 mM EDTA in water
分辨率未提供
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1Q5W Ubiquitin Recognition by Npl4 Zinc-Fingers 提交 2003-08-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR样品组成 1mM Npl4 NZF U-15N,13C; 2mM unlabeled-Ubiquitin; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C; 2mM unlabeled-Npl4 NZF; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N; 2mM unlabeled-Npl4 NZF; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM Npl4 NZF U-15N; 2mM unlabeled-Ubiquitin; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1S1Q TSG101(UEV) domain in complex with Ubiquitin 提交 2004-01-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.4M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1S1Q TSG101(UEV) domain in complex with Ubiquitin 提交 2004-01-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.4M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1SIF Crystal structure of a multiple hydrophobic core mutant of ubiquitin 提交 2004-02-29 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：M1L, I3L, V5I, I13F, L15V, V17M, V26L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；288 K；31% Peg 4K, 0.05M citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.18 Å R-free 0.248
1TBE STRUCTURE OF TETRAUBIQUITIN SHOWS HOW MULTIUBIQUITIN CHAINS CAN BE FORMED 提交 1993-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1UBI SYNTHETIC STRUCTURAL AND BIOLOGICAL STUDIES OF THE UBIQUITIN SYSTEM. PART 1 提交 1994-02-03 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1UBQ STRUCTURE OF UBIQUITIN REFINED AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1987-01-02 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1XD3 Crystal structure of UCHL3-UbVME complex 提交 2004-09-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 229–303（75 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.192
1XD3 Crystal structure of UCHL3-UbVME complex 提交 2004-09-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 229–303（75 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 7 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.192
1YX5 Solution Structure of S5a UIM-1/Ubiquitin Complex 提交 2005-02-19 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Sequence Database Residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H 2.0 mM ubiquitin U-13C | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-13C 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
分辨率未提供
1YX6 Solution Structure of S5a UIM-2/Ubiquitin Complex 提交 2005-02-19 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Sequence Database Residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H; 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H; 2.0 mM ubiquitin U-13C | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-13C; 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
分辨率未提供
2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 3.50 Å R-free 0.330
2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 3.50 Å R-free 0.330
2BGF NMR structure of Lys48-linked di-ubiquitin using chemical shift perturbation data together with RDCs and 15N-relaxation data 提交 2004-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1.0
NMR样品组成 90% WATER/10% D20
分辨率未提供
2FUH Solution Structure of the UbcH5c/Ub Non-covalent Complex 提交 2006-01-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1mM UbcH5c U-15N,13C 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM UbcH5c U-15N,13C 1mM Ubiquitin 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C 1mM UbcH5c 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM UbcH5c U-15N,13C 1mM Ubiquitin 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 100% D20
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C 1mM UbcH5c 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 100% D20
分辨率未提供
2G45 Co-crystal structure of znf ubp domain from the deubiquitinating enzyme isopeptidase T (isot) in complex with ubiquitin 提交 2006-02-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；300 K；16% polyethylene glycol 8000, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 160 mM magenesium or calcium acetate, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 6.50
分辨率 1.99 Å R-free 0.268
2G45 Co-crystal structure of znf ubp domain from the deubiquitinating enzyme isopeptidase T (isot) in complex with ubiquitin 提交 2006-02-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；300 K；16% polyethylene glycol 8000, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 160 mM magenesium or calcium acetate, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 6.50
分辨率 1.99 Å R-free 0.268
2GBJ Crystal Structure of the 9-10 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin. 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；279.15 K；27-32% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K
分辨率 1.35 Å R-free 0.226
2GBJ Crystal Structure of the 9-10 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin. 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；279.15 K；27-32% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K
分辨率 1.35 Å R-free 0.226
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ARS ARSENIC × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ARS ARSENIC × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ARS ARSENIC × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBN Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；279.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K
分辨率 1.60 Å R-free 0.265
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2HTH Structural basis for ubiquitin recognition by the human EAP45/ESCRT-II GLUE domain 提交 2006-07-25 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG8000; 10% Ethylene glycol; 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2IBI Covalent Ubiquitin-USP2 Complex 提交 2006-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；298 K；22% PEG1500, 0.1 M Bicine, 0.2 M NaCl, 1 mM DTT, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 9.00
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2J7Q Crystal structure of the ubiquitin-specific protease encoded by murine cytomegalovirus tegument protein M48 in complex with a ubquitin-based suicide substrate 提交 2006-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：UBIQUITIN FUSED TO VINYLMETHYLESTER, UBVME, RESIDUES 1-75
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；200 MM MAGNESIUM FORMATE, 14% PEG 3350, pH 7.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
2J7Q Crystal structure of the ubiquitin-specific protease encoded by murine cytomegalovirus tegument protein M48 in complex with a ubquitin-based suicide substrate 提交 2006-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa） 片段：UBIQUITIN FUSED TO VINYLMETHYLESTER, UBVME, RESIDUES 1-75
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；200 MM MAGNESIUM FORMATE, 14% PEG 3350, pH 7.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
2JF5 crystal structure of Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2007-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；12 % (W/V) PEG 3350, 5 MM NICKEL CHLORIDE, 5 MM COBALT CHLORIDE, 5 MM CADMIUM CHLORIDE, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES [PH 7.5]
分辨率 1.95 Å R-free 0.250
2JZZ Solid-State NMR Structure of Microcrystalline Ubiquitin 提交 2008-01-22 实验方法不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 270 K；压力 ambient
NMR样品组成 5.5 mg/mL [U-99% 13C; U-98% 15N] Ubiquitin, 20 mM ammonium acetate, 20 mM citric acid, 60 v/v 2-methyl-2,4-pentandiol, 0.05 % sodium azide, 100 % H2O | 100 % H2O
分辨率未提供
2K6D CIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin 提交 2008-07-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient
NMR样品组成 0.1 mM CIN85, 0.1 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1 mM [U-100% 15N] CIN85, 0.1 mM ubiquitiny, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CIN85, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K8B Solution structure of PLAA family ubiquitin binding domain (PFUC) cis isomer in complex with ubiquitin 提交 2008-09-04 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.2 mM Ubiquitin, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2 mM PFUC_cis, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K8C Solution structure of PLAA family ubiquitin binding domain (PFUC) trans isomer in complex with ubiquitin 提交 2008-09-04 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 15N] Ubiquitin, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 15N] PFUC_trans, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KDF NMR structure of minor S5a (196-306):K48 linked diubiquitin species 提交 2009-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM NaPO4; 100 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM NaPO4; 50 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 15N; U-50% 2H] S5a (196-306)-1, 1.2 mM K48 linked diubiquitin-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C] S5a (196-306)-3, 1.5 mM K48 linked diubiquitin-4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit] K48 linked diubiquitin-5, 1.0 mM S5a (196-306)-6, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C of the distal subunit; natural abundance of the proximal Ub] K48 linked diubiquitin-7, 1.0 mM S5a (196-306)-8, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C] S5a (196-306)-9, 1.2 mM [U-100% 2H of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit] K48 linked diubiquitin-10, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2KHW Solution Structure of the human Polymerase iota UBM2-Ubiquitin Complex 提交 2009-04-13 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] entity_1-1, 4 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 15N] entity_1-3, 3 mM [U-100% 15N] entity_2-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-5, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-6, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-7, 4 mM entity_2-8, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2KJH NMR based structural model of the UBCH8-UBIQUITIN complex 提交 2009-05-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成 0.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UbcH8-1, 0.35 mM Ubiquitin-2, 20 mM sodium phosphate-3, 1 mM EDTA-4, 250 mM sodium chloride-5, 50 mM Arginine-6, 50 mM Glutamic Acid-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM UbcH8-8, 0.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-9, 20 mM sodium phosphate-10, 1 mM EDTA-11, 250 mM sodium chloride-12, 50 mM Arginine-13, 50 mM Glutamic Acid-14, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] UbcH8-15, 0.35 mM Ubiquitin-16, 20 mM sodium phosphate-17, 1 mM EDTA-18, 250 mM sodium chloride-19, 50 mM Arginine-20, 50 mM Glutamic Acid-21, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM UbcH8-22, 0.35 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] Ubiquitin-23, 20 mM sodium phosphate-24, 1 mM EDTA-25, 250 mM sodium chloride-26, 50 mM Arginine-27, 50 mM Glutamic Acid-28, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KLG PERE NMR structure of ubiquitin 提交 2009-07-02 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 50mM potassium phosphate-1, 3mM sodium azide-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KN5 A Correspondence Between Solution-State Dynamics of an Individual Protein and the Sequence and Conformational Diversity of its Family 提交 2009-08-14 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] human ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6-0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] human ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KOX NMR residual dipolar couplings identify long range correlated motions in the backbone of the protein ubiquitin 提交 2009-10-02 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 压力 ambient
NMR样品组成 [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KTF Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 in complex with ubiquitin 提交 2010-02-01 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；301 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 3.5 mM peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.5 mM protein, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KWU Solution Structure of UBM2 of murine Polymerase iota in Complex with Ubiquitin 提交 2010-04-19 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.189；压力 ambient
NMR样品组成 1-2 mM [U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM2, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM2, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM2, 1-2 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM2, 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.7 mM DNA polymerase iota UBM2, 6.8 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2KWV Solution Structure of UBM1 of murine Polymerase iota in Complex with Ubiquitin 提交 2010-04-20 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.189；压力 ambient
NMR样品组成 1-2 mM [U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM1, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM1, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM1, 1-2 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM1, 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0 mM DNA polymerase iota UBM1, 4 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2L0F Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 (P692A mutant) in complex with ubiquitin 提交 2010-07-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：P692A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.18；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2L0T Solution structure of the complex of ubiquitin and the VHS domain of Stam2 提交 2010-07-15 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 250 uM [U-99% 15N] Ubiquitin protein, 250 uM [U-99% 15N] VHS domain of Stam2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NR2 The MUMO (minimal under-restraining minimal over-restraining) method for the determination of native states ensembles of proteins 提交 2006-11-01 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2O6V Crystal structure and solution NMR studies of Lys48-linked tetraubiquitin at neutral pH 提交 2006-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K63R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2O6V Crystal structure and solution NMR studies of Lys48-linked tetraubiquitin at neutral pH 提交 2006-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
突变：K63R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2O6V Crystal structure and solution NMR studies of Lys48-linked tetraubiquitin at neutral pH 提交 2006-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K63R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2OJR Structure of ubiquitin solved by SAD using the Lanthanide-Binding Tag 提交 2007-01-13 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 TB TERBIUM(III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.1M HEPES pH 7.5, 3.7 M NaCl, 33% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50
分辨率 2.60 Å R-free 0.254
2PE9 NMR Based Structure of the Open Conformation of LYS48-Linked Di-UBiquitin Using Experimental Global Rotational Diffusion Tensor from NMR Relaxation Measurements 提交 2007-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 DI-UBIQUITIN, 90% WATER/10% D20
分辨率未提供
2PEA NMR Based Structure of the Closed Conformation of LYS48-Linked Di-Ubiquitin Using Experimental Global Rotational Diffusion Tensor from NMR Relaxation Measurements 提交 2007-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 DI-UBIQUITIN, 90% WATER/10% D20
分辨率未提供
2W9N crystal structure of linear di-ubiquitin 提交 2009-01-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；22% PEG 3350 AND 200 MM ZNOAC, pH 7
分辨率 2.25 Å R-free 0.276
2WDT Crystal structure of Plasmodium falciparum UCHL3 in complex with the suicide inhibitor UbVME 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa） 片段：RESIDUES 1-75
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；100 MM BIS-TRIS PH 5.5, 200 MM NACL, 25 % PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
2WDT Crystal structure of Plasmodium falciparum UCHL3 in complex with the suicide inhibitor UbVME 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：RESIDUES 1-75
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；100 MM BIS-TRIS PH 5.5, 200 MM NACL, 25 % PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
2XEW Crystal structure of K11-linked diubiquitin 提交 2010-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；3M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2XEW Crystal structure of K11-linked diubiquitin 提交 2010-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；3M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2XEW Crystal structure of K11-linked diubiquitin 提交 2010-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；3M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2XK5 Crystal structure of K6-linked diubiquitin 提交 2010-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19-20 % PEG 3350, 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7
分辨率 3.00 Å R-free 0.248
2Z59 Complex Structures of Mouse Rpn13 (22-130aa) and ubiquitin 提交 2007-07-01 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.6mM MmRpn13 U-15N, 13C; U-70% 2H; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM MmRpn13 U-15N; U-50% 2H; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM MmRpn13 U-15N, 13C; U-70% 2H; 0.6mM ubiquitin; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4mM MmRpn13 U-15N; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4mM ubiquitin U-15N; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4mM MmRpn13 U-13C; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A 突变：P37A, P38A 突变：P37A, P38A ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
3A33 UbcH5b~Ubiquitin Conjugate 提交 2009-06-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；2.0M NaCl, 0.1M Potassium acetate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.280
3BY4 Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin 提交 2008-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Bis-Tris, Magnesium Chloride, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.55 Å R-free 0.211
3C0R Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin 提交 2008-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；MES, ammonium acetate, PEG3350, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.243
3C0R Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin 提交 2008-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；MES, ammonium acetate, PEG3350, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.243
3DVG Crystal structure of K63-specific fab Apu.3A8 bound to K63-linked di-ubiquitin 提交 2008-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1–76（76 aa）
链 Y 1–76（76 aa）
突变：D77 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；291 K；protein: 17.0 mg/mL in 20 mM Tris-HCl pH 7.3, 150 mM NaCl well solution: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1.6M LiS04 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.261
3DVN Crystal structure of K63-specific fab Apu2.16 bound to K63-linked di-ubiquitin 提交 2008-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1–76（76 aa）
链 Y 1–76（76 aa）
突变：D77 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；291 K；protein: 12.7 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 75 mM NaCl well: 0.2M Na Cl, 0.1 M Tris pH 8.2, 0.1 M citrate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3DVN Crystal structure of K63-specific fab Apu2.16 bound to K63-linked di-ubiquitin 提交 2008-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 1–76（76 aa）
链 V 1–76（76 aa）
突变：D77 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；291 K；protein: 12.7 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 75 mM NaCl well: 0.2M Na Cl, 0.1 M Tris pH 8.2, 0.1 M citrate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EFU X-ray structure of human ubiquitin-Hg(II) adduct 提交 2008-09-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% PEG 1450, 50mM HEPES, 2.92mM mercurium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.84 Å R-free 0.293
3EHV X-ray structure of human ubiquitin Zn(II) adduct 提交 2008-09-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 25mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.81 Å R-free 0.271
3EHV X-ray structure of human ubiquitin Zn(II) adduct 提交 2008-09-15 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 25mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.81 Å R-free 0.271
3EHV X-ray structure of human ubiquitin Zn(II) adduct 提交 2008-09-15 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 25mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.81 Å R-free 0.271
3H7P Crystal structure of K63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K63R CD CADMIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Cadmium sulfate, 5% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.236
3H7S Crystal structures of K63-linked di- and tri-ubiquitin reveal a highly extended chain architecture 提交 2009-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Zinc acetate, 6% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3H7S Crystal structures of K63-linked di- and tri-ubiquitin reveal a highly extended chain architecture 提交 2009-04-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Zinc acetate, 6% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3H7S Crystal structures of K63-linked di- and tri-ubiquitin reveal a highly extended chain architecture 提交 2009-04-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Zinc acetate, 6% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3IFW Crystal structure of the S18Y variant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester. 提交 2009-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M BICINE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
3IHP Covalent Ubiquitin-Usp5 Complex 提交 2009-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；Crystals of the covalent ubiquitin complex of Usp5 were grown at 298 K using the hanging drop method by mixing equal volumes of protein solution (25 mg/ml) and Crystallization Buffer (1.45 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M sodium acetate, 5% ethyleneglycol and 1 mM dithiothreitol). The crystals were cryoprotected by immersion in Paratone N in paraffin oil 30% (v/v) and placed in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
3IHP Covalent Ubiquitin-Usp5 Complex 提交 2009-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；Crystals of the covalent ubiquitin complex of Usp5 were grown at 298 K using the hanging drop method by mixing equal volumes of protein solution (25 mg/ml) and Crystallization Buffer (1.45 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M sodium acetate, 5% ethyleneglycol and 1 mM dithiothreitol). The crystals were cryoprotected by immersion in Paratone N in paraffin oil 30% (v/v) and placed in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
3JSV Crystal structure of mouse NEMO CoZi in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K63R 突变：X77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.294
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 1–76（76 aa）
突变：Ubiquitin G76 ester linked to UbcH5B S85 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–76（76 aa）
突变：Ubiquitin G76 ester linked to UbcH5B S85 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3K9P The crystal structure of E2-25K and ubiquitin complex 提交 2009-10-16 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350, 50mM Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3K9P The crystal structure of E2-25K and ubiquitin complex 提交 2009-10-16 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350, 50mM Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3KVF Crystal structure of the I93M mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
3KW5 Crystal structure of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.286
3LDZ Crystal structure of human STAM1 VHS domain in complex with ubiquitin 提交 2010-01-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Na thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1M imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3LDZ Crystal structure of human STAM1 VHS domain in complex with ubiquitin 提交 2010-01-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Na thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1M imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3LDZ Crystal structure of human STAM1 VHS domain in complex with ubiquitin 提交 2010-01-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Na thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1M imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3MHS Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module bound to ubiquitin aldehyde 提交 2010-04-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Hepes pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.89 Å R-free 0.208
3MTN Usp21 in complex with a ubiquitin-based, USP21-specific inhibitor 提交 2010-04-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；11% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 5 MM TCEP, PH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3MTN Usp21 in complex with a ubiquitin-based, USP21-specific inhibitor 提交 2010-04-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；11% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 5 MM TCEP, PH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3N30 Crystal Structure of cubic Zn3-hUb (human ubiquitin) adduct 提交 2010-05-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25 mg/ml milliQ water protein solution, 25% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 200 mM Zn acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3N30 Crystal Structure of cubic Zn3-hUb (human ubiquitin) adduct 提交 2010-05-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25 mg/ml milliQ water protein solution, 25% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 200 mM Zn acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3N32 The crystal structure of human Ubiquitin adduct with Zeise's salt 提交 2010-05-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 PT PLATINUM (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；30% PEG 1450, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.79 Å R-free 0.258
3N3K The catalytic domain of USP8 in complex with a USP8 specific inhibitor 提交 2010-05-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：Q2R, F4V, T9M, K11R, T14I, Q62H, K63N, E64H, T66A, H68Y, V70L, R72K ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；291 K；24% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1 MM DTT, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.242
3NHE High Resolution Structure (1.26A) of USP2a in Complex with Ubiquitin 提交 2010-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；5% PEG4000, 0.1M Hepes, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.26 Å R-free 0.189
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NS8 Crystal structure of an open conformation of Lys48-linked diubiquitin at pH 7.5 提交 2010-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 8000, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.71 Å R-free 0.237
3NS8 Crystal structure of an open conformation of Lys48-linked diubiquitin at pH 7.5 提交 2010-07-01 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 8000, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.71 Å R-free 0.237
3NS8 Crystal structure of an open conformation of Lys48-linked diubiquitin at pH 7.5 提交 2010-07-01 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 8000, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.71 Å R-free 0.237
3PHD Crystal structure of human HDAC6 in complex with ubiquitin 提交 2010-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；297 K；15% PEG 3350, 0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.6, temperature 297K
分辨率 3.00 Å R-free 0.265

共 83 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBIQ_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1g6j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1g6j
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1g6j
沉积日期 deposition_date2000-11-06
结构标题 titleSTRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN UBIQUITIN IN AOT REVERSE MICELLES
关键词 keywordsreverse micelle, AOT, encapsulation, gene regulation, cell cycle; gene regulation, cell cycle
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.64 Å
零角强度 I(0) i0992224000.00
分子量 molecular_weight273530.0 kDa
排除体积 excluded_volume345680 ų
包络体积 envelope_volume19063 ų
水化壳体积 shell_volume11912 ų
包络直径 envelope_diameter47.4 Å
壳层 Rg shell_rg19.52 Å
包络 Rg envelope_rg14.17 Å
形状 Rg shape_rg11.60 Å
总 Rg total_rg11.86 Å
总原子数 total_atoms39296
残基数 n_residues2432
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.8 Å
Rg (实空间) rg_real11.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real9.9220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal992200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8105
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary16.5 Å
偏度 Skewness skewness0.026
峰度 Kurtosis kurtosis-0.075
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha157300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.533; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.953
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1g6ja_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1g6jA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)