1go4

Crystal structure of Mad1-Mad2 reveals a conserved Mad2 binding motif in Mad1 and Cdc20.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 180.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

Homo sapiens

UniProt Q13257

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–205 链 B; UniProt 1–205 链 C; UniProt 1–205 链 D; UniProt 1–205 突变:R133A Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1 × 4 (Q9Y6D9) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.2;PROTEIN CONCENTRATION 7.5 MG/ML HANGING DROP METHOD, WELL=100 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM AMMONIUM CITRATE PH 5.2, 10 MM DTT 分辨率 2.05 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MD2L1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205 作者链 B; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205 作者链 D; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD1

Homo sapiens

UniProt Q9Y6D9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 393–492 链 F; UniProt 393–492 链 G; UniProt 393–492 链 H; UniProt 393–492 片段:RESIDUES 485-584 Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A × 4 (Q13257) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.2;PROTEIN CONCENTRATION 7.5 MG/ML HANGING DROP METHOD, WELL=100 MM AMMONIUM SULPHATE, 100 MM AMMONIUM CITRATE PH 5.2, 10 MM DTT 分辨率 2.05 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MD1L1_HUMAN
Isoform Q9Y6D9-3
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–100; UniProt 393–492 作者链 F; PDB构建体 1–100; UniProt 393–492 作者链 G; PDB构建体 1–100; UniProt 393–492 作者链 H; PDB构建体 1–100; UniProt 393–492

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1go4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1go4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1go4
沉积日期 deposition_date2001-10-17
结构标题 titleCrystal structure of Mad1-Mad2 reveals a conserved Mad2 binding motif in Mad1 and Cdc20.
关键词 keywordsMITOTIC SPINDLE CHECKPOINT, CELL CYCLE, MITOSIS, NUCLEAR PRO; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.89
零角强度 I(0) i0259647000.00
分子量 molecular_weight132240.0 kDa
排除体积 excluded_volume165820 ų
包络体积 envelope_volume257210 ų
水化壳体积 shell_volume48363 ų
包络直径 envelope_diameter190.6
壳层 Rg shell_rg47.61
包络 Rg envelope_rg46.36
形状 Rg shape_rg46.85
总 Rg total_rg47.06
总原子数 total_atoms9300
残基数 n_residues1146
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax180.2
Rg (实空间) rg_real46.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.54
I(0) (实空间) i0_real2.5960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal259500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7785
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.1
偏度 Skewness skewness0.497
峰度 Kurtosis kurtosis-0.324
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31290000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.508; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.613; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1go4a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd1go4b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd1go4c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd1go4d_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
结构域编号 domain_idd1go4e_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.22 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1
家族 Family familyh.1.22.1 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1
结构域编号 domain_idd1go4f_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.22 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1
家族 Family familyh.1.22.1 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1
结构域编号 domain_idd1go4g_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.22 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1
家族 Family familyh.1.22.1 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1
结构域编号 domain_idd1go4h_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.22 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1
家族 Family familyh.1.22.1 — Mitotic arrest deficient-like 1, Mad1

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1go4A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id1go4B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id1go4C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id1go4D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain
结构域编号 domain_id1go4E00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90
结构域编号 domain_id1go4F00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90
结构域编号 domain_id1go4G00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90
结构域编号 domain_id1go4H00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)