SAXSdb — 1h89

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h89
沉积日期 deposition_date	2001-01-30
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX2
关键词 keywords	;TRANSCRIPTION/DNA, PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION REGULATION, BZIP, PROTO-ONCOGENE, MYB, C-MYB, C/EBP, TRANSCRIPTION-DNA complex ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.21 Å
零角强度 I(0) i0	51665800.00
分子量 molecular_weight	45626.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52496 Å³
包络体积 envelope_volume	78331 Å³
水化壳体积 shell_volume	22438 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.03 Å
包络 Rg envelope_rg	32.59 Å
形状 Rg shape_rg	32.24 Å
总 Rg total_rg	32.36 Å
总原子数 total_atoms	3142
残基数 n_residues	295
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7504
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.531
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.339
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3082000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.527; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.206; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CAAT/ENHANCER BINDING PROTEIN BETA
分子量 formula_weight	7823.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3265

EYKIRRERNNIAVRKSRDKAKMRNLETQHKVLELTAENERLQKKVEQLSRELSTLRNLFKQLPE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	MYB PROTO-ONCOGENE PROTEIN
分子量 formula_weight	19173.1 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGHLGKTRWTREEDEKLKKLVEQNGTDDWKVIANYLPNRTDVQCQHRWQKVLNPELIKGPWTKEEDQRVIKLVQKYGPKRWSVIAKHLKGRIGKQCRERWHNHLNPEVKKTSWTEEEDRIIYQAHKRLGNRWAEIAKLLPGRTDNAIKNHWNSTMRRKV

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA(5'-(GPAPTPGPTPGPGPCPGPCPAP APTPCPCPTPTPAPAPCPGPGPAPCPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	8028.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GATGTGGCGCAATCCTTAACGGACTG

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA(5'-(CPCPAPGPTPCPCPGPTPTPAP APGPGPAPTPTPGPCPGPCPCPAPCPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	7948.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CCAGTCCGTTAAGGATTGCGCCACAT

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1h89a_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1h89b_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1h89c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.3 — Myb/SANT domain

结构域编号 domain_id	d1h89c2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.3 — Myb/SANT domain

结构域编号 domain_id	d1h89c3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.3 — Myb/SANT domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1h89A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1h89B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1h89C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1h89C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	62.684 Å
晶胞边长 b length_b	73.383 Å
晶胞边长 c length_c	161.699 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2670

fit	/app/data/saxs_computation/h8/1h89/1h89.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h8/1h89/1h89.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h8/1h89/1h89.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (4)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)