1kk8

SCALLOP MYOSIN (S1-ADP-BeFx) IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 165.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin Heavy Chain, Striated muscle

物种未注明

UniProt P24733

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–837 片段:MYOSIN HEAVY CHAIN 突变:FRAGMENT: PAPAIN DIGESTED, SUBFRAGMENT 1 (S1) Myosin Regulatory Light Chain, Striated adductor muscle × 1 (P13543) Myosin Essential Light Chain,Striated adductor muscle × 1 (P07291) MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ADP-berillium floride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MYS_AEQIR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–837; UniProt 1–837

Myosin Regulatory Light Chain, Striated adductor muscle

物种未注明

UniProt P13543

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 13–151 片段:MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN Myosin Heavy Chain, Striated muscle × 1 (P24733) Myosin Essential Light Chain,Striated adductor muscle × 1 (P07291) MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ADP-berillium floride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MLR_AEQIR
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–139; UniProt 13–151

Myosin Essential Light Chain,Striated adductor muscle

物种未注明

UniProt P07291

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–154 片段:MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN Myosin Heavy Chain, Striated muscle × 1 (P24733) Myosin Regulatory Light Chain, Striated adductor muscle × 1 (P13543) MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;PEG 20000, magnesium chloride, ethylene glycol, Tris HCl, ADP-berillium floride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MLE_AEQIR
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kk8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kk8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kk8
沉积日期 deposition_date2001-12-06
结构标题 titleSCALLOP MYOSIN (S1-ADP-BeFx) IN THE ACTIN-DETACHED CONFORMATION
关键词 keywordsactin-detached, Myosin, Mechanics of MOTOR, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.79
零角强度 I(0) i0217601000.00
分子量 molecular_weight121180.0 kDa
排除体积 excluded_volume151690 ų
包络体积 envelope_volume222720 ų
水化壳体积 shell_volume42978 ų
包络直径 envelope_diameter175.7
壳层 Rg shell_rg45.73
包络 Rg envelope_rg48.79
形状 Rg shape_rg48.76
总 Rg total_rg48.73
总原子数 total_atoms8517
残基数 n_residues1086
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax165.8
Rg (实空间) rg_real48.23
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.25
I(0) (实空间) i0_real2.1760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal217300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6796
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.735
峰度 Kurtosis kurtosis-0.208
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19180000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.398; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.458; Smooth: 0.180

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1kk8a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.3 — Myosin S1 fragment, N-terminal domain
家族 Family familyb.34.3.1 — Myosin S1 fragment, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1kk8a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.9 — Motor proteins
结构域编号 domain_idd1kk8b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd1kk8c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1kk8A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily360 — Myosin S1 fragment, N-terminal
结构域编号 domain_id1kk8A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily530
结构域编号 domain_id1kk8B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1kk8B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1kk8C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1kk8C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)