1ko6

Crystal Structure of C-terminal Autoproteolytic Domain of Nucleoporin Nup98

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.1 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear Pore Complex Protein Nup98

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 678–863 链 B； UniProt 864–920 链 C； UniProt 678–863 链 D； UniProt 864–920	片段：C-terminal Autoproteolytic Domain (Sequence database residues 677-863) 片段：C-terminal Autoproteolytic Domain (Sequence database residues 864-920)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；300 K；MgCl, PEG8000, Tris, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 3.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KO6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Q5X Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98 提交 2007-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 733–887（155 aa）片段：C-terminal domain, residues 733-887	突变：S881A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；296 K；4.5M sodium formate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 1.90 Å R-free 0.229
2Q5Y Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98 提交 2007-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 729–880（152 aa）片段：C-terminal domain, residues 729-880 链 B 881–887（7 aa）片段：residues 881-887	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；296 K；0.1M Tris, 0.2M MgAc2, 22% PEG8000, microseeding, pH 8.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
2Q5Y Crystal Structure of the C-terminal domain of hNup98 提交 2007-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 729–880（152 aa）片段：C-terminal domain, residues 729-880 链 D 881–887（7 aa）片段：residues 881-887	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；296 K；0.1M Tris, 0.2M MgAc2, 22% PEG8000, microseeding, pH 8.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
3MMY Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1 提交 2010-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 158–213（56 aa）片段：UNP residues 158-213	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.237
4OWR Vesiculoviral matrix (M) protein occupies nucleic acid binding site at nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2014-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 157–213（57 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 11% PEG 10, 000, and 10% MPD	分辨率 3.15 Å R-free 0.289
5A9Q Human nuclear pore complex 提交 2015-07-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 304 PDB 声明：304-meric	链 5 881–1817（937 aa）链 E 881–1817（937 aa）链 N 881–1817（937 aa）链 W 881–1817（937 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE；pH 7.5；20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 23.00 Å
6BZM GFGNFGTS from low-complexity/FG repeat domain of Nup98, residues 116-123 提交 2017-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 116–123（8 aa）片段：UNP residues 116-123 链 B 116–123（8 aa）片段：UNP residues 116-123	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 9.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；0.1 M CHES, pH 9.5, 10% ethanol	分辨率 0.90 Å R-free 0.264
7F60 Crystal structure of auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.276
7F60 Crystal structure of auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-06-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.276
7F90 Crystal structure of SARS auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.39 Å R-free 0.258
7F90 Crystal structure of SARS auxiliary protein in complex with human nuclear protein 提交 2021-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–1817（1817 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.1m Bis-tris ph5.5,45%PEG4000	分辨率 2.39 Å R-free 0.258
7PEQ Model of the outer rings of the human nuclear pore complex 提交 2021-08-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 288 PDB 声明：288-meric	链 AE 881–1817（937 aa）链 BE 881–1817（937 aa）链 CE 881–1817（937 aa）链 DE 881–1817（937 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Cells were grown on holey carbon, Au-mesh supports. Grids were rinsed briefly with PBS and manually blotted before plunging into liquid ethane.	分辨率 35.00 Å
7Q64 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 1 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）链 L 85–124（40 aa）链 M 85–124（40 aa）链 N 85–124（40 aa）链 O 85–124（40 aa）链 P 85–124（40 aa）链 Q 85–124（40 aa）链 R 85–124（40 aa）链 S 85–124（40 aa）链 T 85–124（40 aa）链 U 85–124（40 aa）链 V 85–124（40 aa）链 W 85–124（40 aa）链 X 85–124（40 aa）链 Y 85–124（40 aa）链 Z 85–124（40 aa）链 a 85–124（40 aa）链 b 85–124（40 aa）链 c 85–124（40 aa）链 d 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
7Q65 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 2 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）链 L 85–124（40 aa）链 M 85–124（40 aa）链 N 85–124（40 aa）链 O 85–124（40 aa）链 P 85–124（40 aa）链 Q 85–124（40 aa）链 R 85–124（40 aa）链 S 85–124（40 aa）链 T 85–124（40 aa）链 U 85–124（40 aa）链 V 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
7Q66 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 3 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）链 L 85–124（40 aa）链 M 85–124（40 aa）链 N 85–124（40 aa）链 O 85–124（40 aa）链 P 85–124（40 aa）链 Q 85–124（40 aa）链 R 85–124（40 aa）链 S 85–124（40 aa）链 T 85–124（40 aa）链 U 85–124（40 aa）链 V 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å
7Q67 Cryo-em structure of the Nup98 fibril polymorph 4 提交 2021-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 85–124（40 aa）链 B 85–124（40 aa）链 C 85–124（40 aa）链 D 85–124（40 aa）链 E 85–124（40 aa）链 F 85–124（40 aa）链 G 85–124（40 aa）链 H 85–124（40 aa）链 I 85–124（40 aa）链 J 85–124（40 aa）链 K 85–124（40 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 M0 881–1817（937 aa）链 M1 881–1817（937 aa）链 M2 881–1817（937 aa）链 M3 881–1817（937 aa）链 U0 1–880（880 aa）链 U1 1–880（880 aa）链 U2 1–880（880 aa）链 U3 1–880（880 aa）链 U4 1–880（880 aa）链 U5 1–880（880 aa）链 U6 1–880（880 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric	链 M0 881–1817（937 aa）链 M1 881–1817（937 aa）链 M2 881–1817（937 aa）链 M3 881–1817（937 aa）链 U0 1–880（880 aa）链 U1 1–880（880 aa）链 U2 1–880（880 aa）链 U3 1–880（880 aa）链 U4 1–880（880 aa）链 U5 1–880（880 aa）链 U6 1–880（880 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.00 Å
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPG Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.231
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
7VPH Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 提交 2021-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 158–213（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
8CI8 Cryo-EM structure of the Nup98(298-327) fibril 提交 2023-02-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 A 298–327（30 aa）链 B 298–327（30 aa）链 C 298–327（30 aa）链 D 298–327（30 aa）链 E 298–327（30 aa）链 F 298–327（30 aa）链 G 298–327（30 aa）链 H 298–327（30 aa）链 I 298–327（30 aa）链 J 298–327（30 aa）链 K 298–327（30 aa）链 L 298–327（30 aa）链 M 298–327（30 aa）链 N 298–327（30 aa）链 O 298–327（30 aa）链 P 298–327（30 aa）链 Q 298–327（30 aa）链 R 298–327（30 aa）链 S 298–327（30 aa）链 T 298–327（30 aa）链 U 298–327（30 aa）链 V 298–327（30 aa）链 W 298–327（30 aa）链 X 298–327（30 aa）链 Y 298–327（30 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；In water. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9PLL TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-056) 提交 2025-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 712–863（152 aa）	未记录	A1BLD (3P)-3-(4-chloro-2-ethoxyphenyl)-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.60 Å R-free 0.214
9PLM TRIM21-NUP98 Molecular Glue Complex (MAN-021) 提交 2025-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 712–863（152 aa）	未记录	A1CI1 (3P)-3-{4-chloro-2-[2-(dimethylamino)ethoxy]phenyl}-6-fluoro-2-[(piperazin-1-yl)methyl]quinazolin-4(3H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；100 mM NaCl, 100 mM HEPES, pH 7.5, 12 % polyethylene glycol 20,000	分辨率 1.32 Å R-free 0.178

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP98_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–187； UniProt 678–863 作者链 C； PDB构建体 2–187； UniProt 678–863 作者链 B； PDB构建体 1–57； UniProt 864–920 作者链 D； PDB构建体 1–57； UniProt 864–920

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ko6
沉积日期 deposition_date	2001-12-20
结构标题 title	Crystal Structure of C-terminal Autoproteolytic Domain of Nucleoporin Nup98
关键词 keywords	nucleoporin, autoproteolysis, nuclear pore, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.04 Å
零角强度 I(0) i0	21133400.00
分子量 molecular_weight	35129.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44065 Å³
包络体积 envelope_volume	52353 Å³
水化壳体积 shell_volume	21009 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.26 Å
包络 Rg envelope_rg	21.20 Å
形状 Rg shape_rg	21.00 Å
总 Rg total_rg	22.00 Å
总原子数 total_atoms	2480
残基数 n_residues	312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.566
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4457000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear Pore Complex Protein Nup98
分子量 formula_weight	21201.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2480

MAALRNGLEGSSEETSFHDESLQDDREEIENNSYHMHPAGIILTKVGYYTIPSMDDLAKITNEKGECIVSDFTIGRKGYGSIYFEGDVNLTNLNLDDIVHIRRKEVVVYLDDNQKPPVGEGLNRKAEVTLDGVWPTDKTSRCLIKSPDRLADINYEGRLEAVSRKQGAQFKEYRPETGSWVFKVSHF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear Pore Complex Protein Nup98
分子量 formula_weight	7111.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SKYGLQDSDEEEEEHPSKTSTKKLKTAPLPPASQTTPLQMALNGKPAPPPQVEKKGQLEHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ko6.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.119 — C-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
超家族 Superfamily superfamily	b.119.1 — C-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
家族 Family family	b.119.1.1 — C-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98

结构域编号 domain_id	d1ko6.2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.119 — C-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
超家族 Superfamily superfamily	b.119.1 — C-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
家族 Family family	b.119.1.1 — C-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ko6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

结构域编号 domain_id	1ko6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.900 Å
晶胞边长 b length_b	89.900 Å
晶胞边长 c length_c	203.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/ko/1ko6/1ko6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ko/1ko6/1ko6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ko/1ko6/1ko6.dat

Crystal Structure of C-terminal Autoproteolytic Domain of Nucleoporin Nup98

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear Pore Complex Protein Nup98

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)