1kuz

Solution Structure of the Membrane Proximal Regions of alpha-IIb and beta-3 Integrins

Method: SOLUTION NMR Dmax: 38.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

integrin alpha-IIb

物种未注明

UniProt P08514

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1018–1028 片段:Membrane proximal region integrin beta-3 × 1 (P05106) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5.2;298 K;压力 ambient NMR样品组成:2 mM aIIb/b3 peptides; pH 5.2 (unbuffered), 90% H2O 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:2 mM aIIb/b3 peptides; pH 5.2 (unbuffered), 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 76 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITA2B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–11; UniProt 1018–1028

integrin beta-3

物种未注明

UniProt P05106

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 742–766 片段:Membrane proximal region integrin alpha-IIb × 1 (P08514) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5.2;298 K;压力 ambient NMR样品组成:2 mM aIIb/b3 peptides; pH 5.2 (unbuffered), 90% H2O 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:2 mM aIIb/b3 peptides; pH 5.2 (unbuffered), 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–25; UniProt 742–766

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kuz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kuz
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kuz
沉积日期 deposition_date2002-01-22
结构标题 titleSolution Structure of the Membrane Proximal Regions of alpha-IIb and beta-3 Integrins
关键词 keywordscoiled-coil, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.70
零角强度 I(0) i0111220000.00
分子量 molecular_weight92089.0 kDa
排除体积 excluded_volume116880 ų
包络体积 envelope_volume12574 ų
水化壳体积 shell_volume8688 ų
包络直径 envelope_diameter42.5
壳层 Rg shell_rg17.84
包络 Rg envelope_rg13.85
形状 Rg shape_rg11.68
总 Rg total_rg11.96
总原子数 total_atoms13240
残基数 n_residues720
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax38.9
Rg (实空间) rg_real11.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real1.1120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal111200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7463
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary10.8
偏度 Skewness skewness0.507
峰度 Kurtosis kurtosis-0.404
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21160.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.510; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1kuza_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.60 — Integrin fragments
超家族 Superfamily superfamilyj.60.1 — Integrin fragments
家族 Family familyj.60.1.1 — Integrin fragments
结构域编号 domain_idd1kuzb_
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.60 — Integrin fragments
超家族 Superfamily superfamilyj.60.1 — Integrin fragments
家族 Family familyj.60.1.1 — Integrin fragments

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)