MHC CLASS II-ASSOCIATED P41 INVARIANT CHAIN FRAGMENT (P41icf)
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 210–274 | 片段:THYROGLOBULIN-LIKE DOMAIN | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5.7;288 K;压力 ambient NMR样品组成:1mM P41icf; 20mM phosphate buffer, 0.01mM NaN3 | 85% H20, 15% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1L3H | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A6A THE STRUCTURE OF AN INTERMEDIATE IN CLASS II MHC MATURATION: CLIP BOUND TO HLA-DR3 提交 1998-02-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
103–117(15 aa)
片段:CLIP FRAGMENT 87 - 101 OF INVARIANT CHAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.5;12% PEG 4K, 100 MM MGCL2, 100 MM ACETATE BUFFER, PH 4.5
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.325 |
| 1A6A THE STRUCTURE OF AN INTERMEDIATE IN CLASS II MHC MATURATION: CLIP BOUND TO HLA-DR3 提交 1998-02-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 C
103–117(15 aa)
片段:CLIP FRAGMENT 87 - 101 OF INVARIANT CHAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4.5;12% PEG 4K, 100 MM MGCL2, 100 MM ACETATE BUFFER, PH 4.5
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.325 |
| 1ICF CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L 提交 1999-01-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 I
210–274(65 aa)
片段:THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.1;SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR CONTAINED 1ML OF 0.2 M NA-
ACETATE TRIHYDRATE, 30% W/V PEG 8K AND 0.1M MES, PH 6.1. DROP WAS COMPOSED OF
2 MICRO L OF RESERVOIR SOLUTION AND 2 MICRO L OF THE COMPLEX (10 MG/ML) IN
20MM NA-ACETATE AND 1MM EDTA, PH 5.0.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 1ICF CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L 提交 1999-01-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 J
210–274(65 aa)
片段:THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.1;SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR CONTAINED 1ML OF 0.2 M NA-
ACETATE TRIHYDRATE, 30% W/V PEG 8K AND 0.1M MES, PH 6.1. DROP WAS COMPOSED OF
2 MICRO L OF RESERVOIR SOLUTION AND 2 MICRO L OF THE COMPLEX (10 MG/ML) IN
20MM NA-ACETATE AND 1MM EDTA, PH 5.0.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 1ICF CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L 提交 1999-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 I
210–274(65 aa)
片段:THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
链 J
210–274(65 aa)
片段:THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.1;SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR CONTAINED 1ML OF 0.2 M NA-
ACETATE TRIHYDRATE, 30% W/V PEG 8K AND 0.1M MES, PH 6.1. DROP WAS COMPOSED OF
2 MICRO L OF RESERVOIR SOLUTION AND 2 MICRO L OF THE COMPLEX (10 MG/ML) IN
20MM NA-ACETATE AND 1MM EDTA, PH 5.0.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.213 |
| 1IIE HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN 提交 1999-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
118–192(75 aa)
片段:ECTOPLASMIC TRIMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 118-192)
链 B
118–192(75 aa)
片段:ECTOPLASMIC TRIMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 118-192)
链 C
118–192(75 aa)
片段:ECTOPLASMIC TRIMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 118-192)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.7;298 K;压力 1
|
分辨率未提供 |
| 3PDO Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP102-120 提交 2010-10-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
102–120(19 aa)
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;PEG 3350, NaCitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.240 |
| 3PGC Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, flipped peptide orientation 提交 2010-11-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
106–120(15 aa)
片段:UNP residues 106-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;298 K;PEG 1500, MIB buffer, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.250 |
| 3PGC Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, flipped peptide orientation 提交 2010-11-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 F
106–120(15 aa)
片段:UNP residues 106-120
|
未记录 | PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6;298 K;PEG 1500, MIB buffer, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
|
分辨率 2.66 Å R-free 0.250 |
| 3PGD Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, canonical peptide orientation 提交 2010-11-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
106–120(15 aa)
片段:UNP residues 106-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;PEG 3350, NaCitrate, BisTris propane, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.242 |
| 3PGD Crystal Structure of HLA-DR1 with CLIP106-120, canonical peptide orientation 提交 2010-11-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 F
106–120(15 aa)
片段:UNP residues 106-120
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;PEG 3350, NaCitrate, BisTris propane, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K
|
分辨率 2.72 Å R-free 0.242 |
| 3QXA HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
103–117(15 aa)
片段:CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.235 |
| 3QXA HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 F
103–117(15 aa)
片段:CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.71 Å R-free 0.235 |
| 3QXD F54C HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
103–117(15 aa)
片段:CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 3QXD F54C HLA-DR1 bound with CLIP peptide 提交 2011-03-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 F
103–117(15 aa)
片段:CLIP region
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;277 K;PEG 4000, 10% Glycerol, 100mM Sodium Acetate pH 5.6, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 4AEN HLA-DR1 with covalently linked CLIP106-120 in reversed orientation 提交 2012-01-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
106–120(15 aa)
片段:RESIDUES 106-120
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
2 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS, PH 8.0
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.221 |
| 4AH2 HLA-DR1 with covalently linked CLIP106-120 in canonical orientation 提交 2012-02-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
106–120(15 aa)
片段:EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 106-120,30-227
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;0.2 M LICL, 20% (W/V) PEG6000, 0.1 M HEPES, PH 7.0
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.240 |
| 4X5W HLA-DR1 with CLIP102-120(M107W) 提交 2014-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
102–120(19 aa)
片段:extracellular, UNP residues 102-120
|
突变:M107W | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;298 K;0.2 M K/Na-tartrate, 20% (w/v) PEG3350, 0.1M BisTrisPropane, pH 8.5
|
分辨率 1.34 Å R-free 0.170 |
| 8VRW Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DR15 提交 2024-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 C
2–296(295 aa)
链 F
2–296(295 aa)
链 I
2–296(295 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å |
| 8VSJ Engineered peptide-specific binder in complex with HLA-DR1/CLIP 提交 2024-01-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric |
链 P
103–117(15 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.28 Å |
| 8VSP Cryo-EM structure of human invariant chain in complex with HLA-DQ 提交 2024-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 C
2–296(295 aa)
链 F
2–296(295 aa)
链 I
2–296(295 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9CYL Structure of LAG3 loop1 deletion bound to the MHC class II molecule I-A(b) 提交 2024-08-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 P
103–117(15 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.2;293.15 K;1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350
|
分辨率 4.66 Å R-free 0.326 |
| 9CYM Structure of LAG3 bound to the MHC class II molecule I-A(b) 提交 2024-08-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 P
103–117(15 aa)
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;293.15 K;0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris 8.0 and 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 3.84 Å R-free 0.307 |
| 9EJH Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 提交 2024-11-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric |
链 C
110–122(13 aa)
片段:UNP residues 110-122
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.232 |
共 17 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | HG2A_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–65; UniProt 210–274 |