1ntk

Crystal Structure of Mitochondrial Cytochrome bc1 in Complex with Antimycin A1

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UQCR1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–446； UniProt 35–480

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial

物种未注明

UniProt P23004

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UQCR2_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–439； UniProt 15–453

Cytochrome b

物种未注明

UniProt P00157

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–379； UniProt 1–379

cytochrome c1

物种未注明

UniProt P00125

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241

UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P13272

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCRI_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	5, 9
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–196； UniProt 79–274 作者链 I； PDB构建体 1–57； UniProt 1–57

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein

物种未注明

UniProt P00129

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCR6_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C

物种未注明

UniProt P13271

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCRQ_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein

物种未注明

UniProt P00126

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCRH_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein

物种未注明

UniProt P00130

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein × 2 （P07552） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCR10_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein

物种未注明

UniProt P07552

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 22	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial × 2 （P31800） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial × 2 （P23004） Cytochrome b × 2 （P00157） cytochrome c1 × 2 （P00125） UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein × 2 （P00129） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C × 2 （P13271） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein × 2 （P00126） Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein × 2 （P13272） Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein × 2 （P00130） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 ;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ; × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 20	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCR11_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ntk
沉积日期 deposition_date	2003-01-30
结构标题 title	Crystal Structure of Mitochondrial Cytochrome bc1 in Complex with Antimycin A1
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ntk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ntk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ntk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	55.17 Å
Rg（电子密度）	54.28 Å
总 Rg	54.45 Å
原子数	33552
残基数	4228
排除体积	598720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ntk__assembly_1__model_1`	22-meric （22）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial
分子量 formula_weight	49266.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17118

TATYAQALQSVPETQVSQLDNGLRVASEQSSQPTCTVGVWIDAGSRYESEKNNGAGYFVEHLAFKGTKNRPGNALEKEVESMGAHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLADIVQNCSLEDSQIEKERDVILQELQENDTSMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQSVEGPSENVRKLSRADLTEYLSRHYKAPRMVLAAAGGLEHRQLLDLAQKHFSGLSGTYDEDAVPTLSPCRFTGSQICHREDGLPLAHVAIAVEGPGWAHPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGAHLSSPLASIAATNKLCQSFQTFNICYADTGLLGAHFVCDHMSIDDMMFVLQGQWMRLCTSATESEVLRGKNLLRNALVSHLDGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDARVVREVCSKYFYDQCPAVAGFGPIEQLPDYNRIRSGMFWLRF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	46575.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SLKVAPKVKATEAPAGVPPHPQDLEFTRLPNGLVIASLENYAPASRIGLFIKAGSRYENSNNLGTSHLLRLASSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTSTRENMAYTVECLRDDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVAALQPQLRIDKAVALQNPQAHVIENLHAAAYRNALANSLYCPDYRIGKVTPVELHDYVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNIRGGLGLSGAKAKYHGGEIREQNGDSLVHAALVAESAAIGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGSNATSSLYQAVAKGVHQPFDVSAFNASYSDSGLFGFYTISQAASAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNPDVQAAKNKLKAGYLMSVESSEGFLDEVGSQALAAGSYTPPSTVLQQIDAVADADVINAAKKFVSGRKSMAASGNLGHTPFIDEL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	42620.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTNIRKSHPLMKIVNNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQILTGLFLAMHYTSDTTTAFSSVTHICRDVNYGWIIRYMHANGASMFFICLYMHVGRGLYYGSYTFLETWNIGVILLLTVMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTNLVEWIWGGFSVDKATLTRFFAFHFILPFIIMAIAMVHLLFLHETGSNNPTGISSDVDKIPFHPYYTIKDILGALLLILALMLLVLFAPDLLGDPDNYTPANPLNTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALAFSILILALIPLLHTSKQRSMMFRPLSQCLFWALVADLLTLTWIGGQPVEHPYITIGQLASVLYFLLILVLMPTAGTIENKLLKW

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	cytochrome c1
分子量 formula_weight	27323.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SDLELHPPSYPWSHRGLLSSLDHTSIRRGFQVYKQVCSSCHSMDYVAYRHLVGVCYTEDEAKALAEEVEVQDGPNEDGEMFMRPGKLSDYFPKPYPNPEAARAANNGALPPDLSYIVRARHGGEDYVFSLLTGYCEPPTGVSLREGLYFNPYFPGQAIGMAPPIYNEVLEFDDGTPATMSQVAKDVCTFLRWAAEPEHDHRKRMGLKMLLMMGLLLPLVYAMKRHKWSVLKSRKLAYRPPK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	21640.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SHTDIKVPDFSDYRRPEVLDSTKSSKESSEARKGFSYLVTATTTVGVAYAAKNVVSQFVSSMSASADVLAMSKIEIKLSDIPEGKNMAFKWRGKPLFVRHRTKKEIDQEAAVEVSQLRDPQHDLERVKKPEWVILIGVCTHLGCVPIANAGDFGGYYCPCHGSHYDASGRIRKGPAPLNLEVPSYEFTSDDMVIVG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein
分子量 formula_weight	13371.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AGRPAVSASSRWLEGIRKWYYNAAGFNKLGLMRDDTIHENDDVKEAIRRLPENLYDDRVFRIKRALDLSMRQQILPKEQWTKYEEDKSYLEPYLKEVIRERKEREEWAKK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
分子量 formula_weight	9606.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GRQFGHLTRVRHVITYSLSPFEQRAFPHYFSKGIPNVLRRTRACILRVAPPFVAFYLVYTWGTQEFEKSKRKNPAAYENDR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein
分子量 formula_weight	9189.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

GDPKEEEEEEEELVDPLTTVREQCEQLEKCVKARERLELCDERVSSRSQTEEDCTEELLDFLHARDHCVAHKLFNSLK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase 8 kDa protein
分子量 formula_weight	5824.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLSVAARSGPFAPVLSATSRGVAGALRPLVQAAVPATSESPVLDLKRSVLCRESLRG

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein
分子量 formula_weight	7209.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

VAPTLTARLYSLLFRRTSTFALTIVVGALFFERAFDQGADAIYEHINEGKLWKHIKHKYENK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein
分子量 formula_weight	6568.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MLTRFLGPRYRQLARNWVPTAQLWGAVGAVGLVWATDWRLILDWVPYINGKFKKDD

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,6S,7R,8R)-3-[(3-formamido-2-oxidanyl-phenyl)carbonylamino]-8-hexyl-2,6-dimethyl-4,9-bis(oxidanylidene)-1,5-dioxonan-7-yl] 2-methylpropanoate ;
分子量 formula_weight	534.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	342

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 31 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1ntka1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d1ntka2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d1ntkb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d1ntkb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamily	d.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family family	d.185.1.1 — MPP-like

结构域编号 domain_id	d1ntkc1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.32 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.32.1 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.32.1.1 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d1ntkc2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.1 — Transmembrane di-heme cytochromes
家族 Family family	f.21.1.2 — Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d1ntkd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamily	a.3.1 — Cytochrome c
家族 Family family	a.3.1.3 — Cytochrome bc1 domain

结构域编号 domain_id	d1ntkd2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.11 — Cytochrome c1 subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase), transmembrane anchor
家族 Family family	f.23.11.1 — Cytochrome c1 subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase), transmembrane anchor

结构域编号 domain_id	d1ntke1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.33 — ISP domain
超家族 Superfamily superfamily	b.33.1 — ISP domain
家族 Family family	b.33.1.1 — Rieske iron-sulfur protein (ISP)

结构域编号 domain_id	d1ntke2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.12 — ISP transmembrane anchor
家族 Family family	f.23.12.1 — ISP transmembrane anchor

结构域编号 domain_id	d1ntkf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.27 — 14 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.27.1 — 14 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.27.1.1 — 14 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d1ntkg_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.13 — Ubiquinone-binding protein QP-C of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.23.13.1 — Ubiquinone-binding protein QP-C of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d1ntkh_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.28 — Non-heme 11 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.28.1 — Non-heme 11 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.28.1.1 — Non-heme 11 kDa protein of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d1ntki_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.184 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.184.1 — Non-globular alpha+beta subunits of globular proteins
家族 Family family	d.184.1.3 — Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein

结构域编号 domain_id	d1ntkj_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.14 — Subunit X (non-heme 7 kDa protein) of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.23.14.1 — Subunit X (non-heme 7 kDa protein) of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d1ntkk_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.15 — Subunit XI (6.4 kDa protein) of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.23.15.1 — Subunit XI (6.4 kDa protein) of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	1ntkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	1ntkA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	1ntkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	1ntkB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like

结构域编号 domain_id	1ntkC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	1ntkD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal

结构域编号 domain_id	1ntkD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c-like domain

结构域编号 domain_id	1ntkE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	1ntkE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

结构域编号 domain_id	1ntkF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1090 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain F
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome b-c1 complex subunit 7

结构域编号 domain_id	1ntkG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Cytochrome b-c1 complex subunit 8

结构域编号 domain_id	1ntkH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain

结构域编号 domain_id	1ntkI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain I

结构域编号 domain_id	1ntkJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Cytochrome b-c1 complex subunit 9

结构域编号 domain_id	1ntkK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

▶

晶胞边长 a length_a	153.785 Å
晶胞边长 b length_b	153.785 Å
晶胞边长 c length_c	592.498 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2342
R_work r_work	0.2331
R_free r_free	0.2705

Crystal Structure of Mitochondrial Cytochrome bc1 in Complex with Antimycin A1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein I, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex core protein 2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

cytochrome c1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 11 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 7.2 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 6.4 kDa protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体