1nu7

Staphylocoagulase-Thrombin Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin light chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Staphylocoagulase × 1 （Q846V4） N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 MERCURY (II) ION × 2 IMIDAZOLE × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Staphylocoagulase × 1 （Q846V4） N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 MERCURY (II) ION × 2 IMIDAZOLE × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–28； UniProt 332–359 作者链 E； PDB构建体 1–28； UniProt 332–359 作者链 B； PDB构建体 1–259； UniProt 364–622 作者链 F； PDB构建体 1–259； UniProt 364–622

Staphylocoagulase

Staphylococcus aureus

UniProt Q846V4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thrombin light chain × 1 （P00734） Thrombin heavy chain × 1 （P00734） N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 MERCURY (II) ION × 2 IMIDAZOLE × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thrombin light chain × 1 （P00734） Thrombin heavy chain × 1 （P00734） N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 MERCURY (II) ION × 2 IMIDAZOLE × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q846V4_STAAU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–282； UniProt 1–281 作者链 H； PDB构建体 2–282； UniProt 1–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nu7
沉积日期 deposition_date	2003-01-31
结构标题 title	Staphylocoagulase-Thrombin Complex
关键词 keywords	Thrombin non-proteolytic Activator, hydrolase-hydrolase inhibitor complex, protein binding; hydrolase/hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nu7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nu7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nu7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.08 Å
Rg（电子密度）	26.27 Å
总 Rg	26.97 Å
原子数	4708
残基数	568
排除体积	83582 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nu7__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nu7__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thrombin light chain
分子量 formula_weight	3261.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	10160

GEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thrombin heavy chain
分子量 formula_weight	29780.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISMLEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVLQVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDQFGE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Staphylocoagulase
分子量 formula_weight	33344.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MIVTKDYSKESRVNENSKYGTLISDWYLKGRLTSLESQFINALGILETYHYGEKEYKDAKDKLMTRILGEDQYLLERKKVQYEEYKKLYKKYKEENPTSKVKMKTFDQYTIEDLTMREYNELTESLKSAVKDFEKDVEIIENQHHDLKPFTDEMEEKATARVDDLANKAYSVYFAFVRDTQHKTEALELKAKVDLVLGDEDKPHRISNERIEKEMIKDLESIIEDFFIETGLNKPDNITSYDSSKHHYKNHSEGFEALVKETREAVTNANDSWKTKTVKKYG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(sulfanylacetyl)-D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide
分子量 formula_weight	528.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	748

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1nu7.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1nu7.2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1nu7d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.6 — Staphylocoagulase
家族 Family family	a.8.6.1 — Staphylocoagulase

结构域编号 domain_id	d1nu7d2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.6 — Staphylocoagulase
家族 Family family	a.8.6.1 — Staphylocoagulase

结构域编号 domain_id	d1nu7h1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.6 — Staphylocoagulase
家族 Family family	a.8.6.1 — Staphylocoagulase

结构域编号 domain_id	d1nu7h2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.6 — Staphylocoagulase
家族 Family family	a.8.6.1 — Staphylocoagulase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1nu7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1nu7B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1nu7D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 — Staphylcoagulase, helix bundle domain 1

结构域编号 domain_id	1nu7D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	760 — Staphylcoagulase, helix bundle, domain 2

结构域编号 domain_id	1nu7F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1nu7F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1nu7H01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 — Staphylcoagulase, helix bundle domain 1

结构域编号 domain_id	1nu7H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	760 — Staphylcoagulase, helix bundle, domain 2

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晶胞边长 a length_a	180.170 Å
晶胞边长 b length_b	102.000 Å
晶胞边长 c length_c	135.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	130.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	14.990 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2490

Staphylocoagulase-Thrombin Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Staphylocoagulase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nu7__assembly_1__model_1

1nu7__assembly_1__model_1 | I(q)

1nu7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Staphylocoagulase-Thrombin Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Staphylocoagulase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nu7__assembly_1__model_1

1nu7__assembly_1__model_1 | I(q)

1nu7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)