SAXSdb — 1nxd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

concanavalin A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	AZIDE ION × 3 MANGANESE (II) ION × 2 SODIUM ION × 1 GLYCEROL × 8 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	AZIDE ION × 5 MANGANESE (II) ION × 2 SODIUM ION × 1 GLYCEROL × 6 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	AZIDE ION × 4 MANGANESE (II) ION × 2 SODIUM ION × 1 GLYCEROL × 5 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	AZIDE ION × 4 MANGANESE (II) ION × 2 SODIUM ION × 1 GLYCEROL × 6 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	AZIDE ION × 16 MANGANESE (II) ION × 8 SODIUM ION × 4 GLYCEROL × 28 water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	AZIDE ION × 16 MANGANESE (II) ION × 8 SODIUM ION × 4 GLYCEROL × 22 water × 4	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AZIDE ION × 8 MANGANESE (II) ION × 4 SODIUM ION × 2 GLYCEROL × 14 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AZIDE ION × 8 MANGANESE (II) ION × 4 SODIUM ION × 2 GLYCEROL × 11 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CONA_CANEN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–118； UniProt 164–281 作者链 1； PDB构建体 119–237； UniProt 30–148 作者链 2； PDB构建体 1–118； UniProt 164–281 作者链 2； PDB构建体 119–237； UniProt 30–148 作者链 3； PDB构建体 1–118； UniProt 164–281 作者链 3； PDB构建体 119–237； UniProt 30–148 作者链 4； PDB构建体 1–118； UniProt 164–281 作者链 4； PDB构建体 119–237； UniProt 30–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nxd
沉积日期 deposition_date	2003-02-10
结构标题 title	Crystal structure of MnMn Concanavalin A
关键词 keywords	Lectin, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nxd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nxd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.43 Å
Rg（电子密度）	17.12 Å
总 Rg	18.13 Å
原子数	1869
残基数	237
排除体积	33023 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nxd__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nxd__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1nxd__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1nxd__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1nxd__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1nxd__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1nxd__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1nxd__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	concanavalin A
分子量 formula_weight	25622.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4
原子数 atom_count	8210

ADTIVAVELDTYPNTDIGDPSYPHIGIDIKSVRSKKTAKWNMQNGKVGTAHIIYNSVDKRLSAVVSYPNADSATVSYDVDLDNVLPEWVRVGLSASTGLYKETNTILSWSFTSKLKSNSTHETNALHFMFNQFSKDQKDLILQGDATTGTDGNLELTRVSSNGSPQGSSVGRALFYAPVHIWESSAVVASFEATFTFLIKSPDSHPADGIAFFISNIDSSIPSGSTGRLLGLFPDAN

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	25

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	764

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1nxd1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1nxd2_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1nxd3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d1nxd4_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1nxd100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1nxd200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1nxd300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	1nxd400
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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晶胞边长 a length_a	101.300 Å
晶胞边长 b length_b	118.000 Å
晶胞边长 c length_c	249.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2010

Crystal structure of MnMn Concanavalin A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

concanavalin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nxd__assembly_1__model_1

1nxd__assembly_1__model_1 | I(q)

1nxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of MnMn Concanavalin A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

concanavalin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nxd__assembly_1__model_1

1nxd__assembly_1__model_1 | I(q)

1nxd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)