9j1c

Structure of ConA/NAP-Man

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j1c
沉积日期 deposition_date	2024-08-04
最后修订 last_revision	2024-12-04
结构标题 title	Structure of ConA/NAP-Man
关键词 keywords	Complex, Lectin, Ligand, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.74 Å
零角强度 I(0) i0	331475000.00
分子量 molecular_weight	97006.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93676 Å³
包络体积 envelope_volume	160080 Å³
水化壳体积 shell_volume	43511 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.02 Å
包络 Rg envelope_rg	29.38 Å
形状 Rg shape_rg	29.68 Å
总 Rg total_rg	30.37 Å
总原子数 total_atoms	7344
残基数 n_residues	948
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	331500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9089
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.001
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.614
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.943

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Concanavalin-A
分子量 formula_weight	25622.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7344

ADTIVAVELDTYPNTDIGDPSYPHIGIDIKSVRSKKTAKWNMQNGKVGTAHIIYNSVDKRLSAVVSYPNADSATVSYDVDLDNVLPEWVRVGLSASTGLYKETNTILSWSFTSKLKSNSTHETNALHFMFNQFSKDQKDLILQGDATTGTDGNLELTRVSSNGSPQGSSVGRALFYAPVHIWESSAVVASFEATFTFLIKSPDSHPADGIAFFISNIDSSIPSGSTGRLLGLFPDAN

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	;~{N}2,~{N}6-bis[2-[2-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyethoxy]ethyl]naphthalene-2,6-dicarboxamide ;
分子量 formula_weight	714.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.379 Å
晶胞边长 b length_b	61.379 Å
晶胞边长 c length_c	233.175 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	61.380 Å
R 因子 r_factor	0.2149
R_work r_work	0.2113
R_free r_free	0.2822

fit	/app/data/saxs_computation/j1/9j1c/9j1c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/9j1c/9j1c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/9j1c/9j1c.dat

Structure of ConA/NAP-Man

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction