SAXSdb — 1o4x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

transcription factor Oct-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(TPGPTPCPTPTPTPGPTPCPAPTPGPCPTPAPAPTPG)-3' × 1 5'-D(CPAPTPTPAPGPCPAPTPGPAPCPAPAPAPGPAPCPA)-3' × 1 Transcription factor SOX-2 × 1 （P48431）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PO2F1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–167； UniProt 303–465

Transcription factor SOX-2

Homo sapiens

UniProt P48431

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	5'-D(TPGPTPCPTPTPTPGPTPCPAPTPGPCPTPAPAPTPG)-3' × 1 5'-D(CPAPTPTPAPGPCPAPTPGPAPCPAPAPAPGPAPCPA)-3' × 1 transcription factor Oct-1 × 1 （P14859）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–88； UniProt 39–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1o4x
沉积日期 deposition_date	2003-07-17
结构标题 title	TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT
关键词 keywords	OCT1, POU, POUS, POUHD, SOX2, HMG-BOX, TRANSCRIPTION FACTORS, DNA, PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1o4x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1o4x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1o4x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.66 Å
Rg（电子密度）	23.46 Å
总 Rg	24.12 Å
原子数	4640
残基数	244
排除体积	41625 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1o4x__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPGPTPCPTPTPTPGPTPCPAPTPGPCPTPAPAPTP*G)-3'
分子量 formula_weight	5816.8 kDa
突变 mutation	C61A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4727

TGTCTTTGTCATGCTAATG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPAPTPTPAPGPCPAPTPGPAPCPAPAPAPGPAPCP*A)-3'
分子量 formula_weight	5830.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CATTAGCATGACAAAGACA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	transcription factor Oct-1
分子量 formula_weight	19081.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GSHMEEPSDLEELEQFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMAKLKPLLEKWLNDAENLSSDSSLSSPSALNSPGIEGLSERRKKRTSIETNIRVALEKSFLENQKPTSEEITMIADQLNMEKEVIRVWFCNRRQKEKRINPPSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transcription factor SOX-2
分子量 formula_weight	10717.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMPDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTKTLMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1o4xa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.1 — Homeodomain-like
家族 Family family	a.4.1.1 — Homeodomain

结构域编号 domain_id	d1o4xa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamily	a.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family family	a.35.1.1 — POU-specific domain

结构域编号 domain_id	d1o4xb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.21 — HMG-box
超家族 Superfamily superfamily	a.21.1 — HMG-box
家族 Family family	a.21.1.1 — HMG-box

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1o4xA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — lambda repressor-like DNA-binding domains

结构域编号 domain_id	1o4xA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	1o4xB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	30 — DNA Binding (I), subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — High mobility group box domain

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TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

transcription factor Oct-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcription factor SOX-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1o4x__assembly_1__model_1

1o4x__assembly_1__model_1 | I(q)

1o4x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)