1qav

Unexpected Modes of PDZ Domain Scaffolding Revealed by Structure of NNOS-Syntrophin Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-1 SYNTROPHIN (RESIDUES 77-171)

Mus musculus

UniProt Q61234

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 75–164 未记录 NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE (RESIDUES 1-130) × 1 (P29476) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;298 K;VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, PH 8.5, 298K, 25% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 100MM TRIS 分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNTA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–90; UniProt 75–164

NEURONAL NITRIC OXIDE SYNTHASE (RESIDUES 1-130)

Rattus norvegicus

UniProt P29476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 12–126 未记录 ALPHA-1 SYNTROPHIN (RESIDUES 77-171) × 1 (Q61234) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;298 K;VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, PH 8.5, 298K, 25% PEG4000, 0.2M SODIUM ACETATE, 100MM TRIS 分辨率 1.90 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、351 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOS1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–115; UniProt 12–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qav

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qav
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qav
沉积日期 deposition_date1999-03-30
结构标题 titleUnexpected Modes of PDZ Domain Scaffolding Revealed by Structure of NNOS-Syntrophin Complex
关键词 keywordsBETA-FINGER, HETERODIMER, membrane protein-oxidoreductase COMPLEX; membrane protein/oxidoreductase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.27
零角强度 I(0) i08045790.00
分子量 molecular_weight21340.0 kDa
排除体积 excluded_volume27066 ų
包络体积 envelope_volume32248 ų
水化壳体积 shell_volume15414 ų
包络直径 envelope_diameter62.1
壳层 Rg shell_rg23.38
包络 Rg envelope_rg18.52
形状 Rg shape_rg18.26
总 Rg total_rg19.16
总原子数 total_atoms1503
残基数 n_residues205
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.4
Rg (实空间) rg_real19.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real8.0460e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0240e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8046000.0000
解质量估计 total_estimate0.8890
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.7
偏度 Skewness skewness0.362
峰度 Kurtosis kurtosis-0.334
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1433000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1qava_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain
结构域编号 domain_idd1qavb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family familyb.36.1.1 — PDZ domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1qavA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain
结构域编号 domain_id1qavB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)