1qku

WILD TYPE ESTROGEN NUCLEAR RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH ESTRADIOL

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ESTRADIOL RECEPTOR

HOMO SAPIENS

UniProt P03372

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 301–550 片段:LIGAND BINDING DOMAIN EST ESTRADIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.00 分辨率 3.20 Å R-free 0.275
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 301–550 链 C; UniProt 301–550 片段:LIGAND BINDING DOMAIN EST ESTRADIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;pH 7.00 分辨率 3.20 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 434 个其他 PDB 条目、521 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ESR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–250; UniProt 301–550 作者链 B; PDB构建体 1–250; UniProt 301–550 作者链 C; PDB构建体 1–250; UniProt 301–550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qku

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qku
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qku
沉积日期 deposition_date1999-08-05
结构标题 titleWILD TYPE ESTROGEN NUCLEAR RECEPTOR LIGAND BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH ESTRADIOL
关键词 keywordsNUCLEAR RECEPTOR, AGONISM, ANTAGONISM, ESTRADIOL RECEPTOR, STEROID, STRUCTURAL PROTEOMICS IN EUROPE, SPINE, STRUCTURAL GENOMICS; NUCLEAR RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.95
零角强度 I(0) i0107538000.00
分子量 molecular_weight85727.0 kDa
排除体积 excluded_volume108670 ų
包络体积 envelope_volume136010 ų
水化壳体积 shell_volume35234 ų
包络直径 envelope_diameter114.2
壳层 Rg shell_rg38.69
包络 Rg envelope_rg33.61
形状 Rg shape_rg33.95
总 Rg total_rg34.35
总原子数 total_atoms6000
残基数 n_residues744
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.3
Rg (实空间) rg_real34.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.06
I(0) (实空间) i0_real1.0750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal107500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8314
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.4
偏度 Skewness skewness0.423
峰度 Kurtosis kurtosis-0.690
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25760000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.747

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1qkua_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd1qkub_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
结构域编号 domain_idd1qkuc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1qkuA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id1qkuB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id1qkuC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)