1s2h

The Mad2 spindle checkpoint protein possesses two distinct natively folded states

Method: SOLUTION NMR Dmax: 66.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2A

Homo sapiens

UniProt Q13257

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–205 突变:R133A 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.8;303 K;离子强度(mmCIF原始值)0.3M KCl;压力 ambient NMR样品组成:0.8mM Mad2 protein U-15N,13C,2H | 90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT NMR样品组成:0.8mM Mad2 protein U-15N | 90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT NMR样品组成:0.8mM Mad2 protein U-15N,13C | 90% H2O, 10% D2O; 50mM phosphate buffer; 0.3M KCl; 1mM DTT 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MD2L1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–206; UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1s2h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1s2h
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1s2h
沉积日期 deposition_date2004-01-08
结构标题 titleThe Mad2 spindle checkpoint protein possesses two distinct natively folded states
关键词 keywordsMad2, spindle checkpoint protein, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.78
零角强度 I(0) i09492420.00
分子量 molecular_weight23418.0 kDa
排除体积 excluded_volume29689 ų
包络体积 envelope_volume36396 ų
水化壳体积 shell_volume17173 ų
包络直径 envelope_diameter67.9
壳层 Rg shell_rg23.94
包络 Rg envelope_rg18.48
形状 Rg shape_rg17.74
总 Rg total_rg18.96
总原子数 total_atoms3320
残基数 n_residues205
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.3
Rg (实空间) rg_real19.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real9.4920e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9492000.0000
解质量估计 total_estimate0.7778
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.276
峰度 Kurtosis kurtosis-0.199
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2029000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.707; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1s2ha_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.135 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
超家族 Superfamily superfamilyd.135.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2
家族 Family familyd.135.1.1 — The spindle assembly checkpoint protein mad2

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1s2hA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology900 — Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HORMA domain

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)