SAXSdb — 1tja

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baseplate structural protein Gp8

物种未注明

UniProt P19062

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Baseplate structural protein Gp9 × 18 （P10927） Baseplate structural protein Gp11 × 18 （P10929）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Baseplate structural protein Gp9 × 3 （P10927） Baseplate structural protein Gp11 × 3 （P10929）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Baseplate structural protein Gp9 × 3 （P10927） Baseplate structural protein Gp11 × 3 （P10929）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG08_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 B； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334

Baseplate structural protein Gp9

物种未注明

UniProt P10927

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Baseplate structural protein Gp8 × 12 （P19062） Baseplate structural protein Gp11 × 18 （P10929）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Baseplate structural protein Gp8 × 2 （P19062） Baseplate structural protein Gp11 × 3 （P10929）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Baseplate structural protein Gp8 × 2 （P19062） Baseplate structural protein Gp11 × 3 （P10929）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG09_BPT4
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 D； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288 作者链 E； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

Baseplate structural protein Gp11

物种未注明

UniProt P10929

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 48	Baseplate structural protein Gp8 × 12 （P19062） Baseplate structural protein Gp9 × 18 （P10927）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Baseplate structural protein Gp8 × 2 （P19062） Baseplate structural protein Gp9 × 3 （P10927）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Baseplate structural protein Gp8 × 2 （P19062） Baseplate structural protein Gp9 × 3 （P10927）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG11_BPT4
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 G； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219 作者链 H； PDB构建体 1–219； UniProt 1–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tja
沉积日期 deposition_date	2004-06-03
结构标题 title	Fitting of gp8, gp9, and gp11 into the cryo-EM reconstruction of the bacteriophage T4 contracted tail
关键词 keywords	fitting, docking, cryo-EM, gp8, gp9, gp11, circular symmetry, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tja__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tja__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tja__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	203.90 Å
总 Rg	203.90 Å
原子数	0
残基数	0
排除体积	1718900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tja__assembly_1__model_1`	48-MERIC （48）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1tja__assembly_2__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1tja__assembly_3__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Baseplate structural protein Gp8
分子量 formula_weight	38041.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2144

MNDSSVIYRAIVTSKFRTEKMLNFYNSIGSGPDKNTIFITFGRSEPWSSNENEVGFAPPYPTDSVLGVTDMWTHMMGTVKVLPSMLDAVIPRRDWGDTRYPDPYTFRINDIVVCNSAPYNATESGAGWLVYRCLDVPDTGMCSIASLTDKDECLKLGGKWTPSARSMTPPEGRGDAEGTIEPGDGYVWEYLFEIPPDVSINRCTNEYIVVPWPEELKEDPTRWGYEDNLTWQQDDFGLIYRVKANTIRFKAYLDSVYFPEAALPGNKGFRQISIITNPLEAKAHPNDPNVKAEKDYYDPEDLMRHSGEMIYMENRPPIIMAMDQTEEINILFTF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Baseplate structural protein Gp9
分子量 formula_weight	31024.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

MFIQEPKKLIDTGEIGNASTGDILFDGGNKINSDFNAIYNAFGDQRKMAVANGTGADGQIIHATGYYQKHSITEYATPVKVGTRHDIDTSTVGVKVIIERGELGDCVEFINSNGSISVTNPLTIQAIDSIKGVSGNLVVTSPYSKVTLRCISSDNSTSVWNYSIESMFGQKESPAEGTWNISTSGSVDIPLFHRTEYNMAKLLVTCQSVDGRKIKTAEINILVDTVNSEVISSEYAVMRVGNETEEDEIANIAFSIKENYVTATISSSTVGMRAAVKVIATQKIGVAQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Baseplate structural protein Gp11
分子量 formula_weight	23725.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H

MSLLNNKAGVISRLADFLGFRPKTGDIDVMNRQSVGSVTISQLAKGFYEPNIESAINDVHNFSIKDVGTIITNKTGVSPEGVSQTDYWAFSGTVTDDSLPPGSPITVLVFGLPVSATTGMTAIEFVAKVRVALQEAIASFTAINSYKDHPTDGSKLEVTYLDNQKHVLSTYSTYGITISQEIISESKPGYGTWNLLGAQTVTLDNQQTPTVFYHFERTA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1tjaa_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

结构域编号 domain_id	d1tjab_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

结构域编号 domain_id	d1tjac_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

结构域编号 domain_id	d1tjad_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

结构域编号 domain_id	d1tjae_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

结构域编号 domain_id	d1tjaf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

结构域编号 domain_id	d1tjag_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

结构域编号 domain_id	d1tjah_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamily	i.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family family	i.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction

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空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	16.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Back projection
颗粒数 num_particles	1965

Fitting of gp8, gp9, and gp11 into the cryo-EM reconstruction of the bacteriophage T4 contracted tail

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baseplate structural protein Gp8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Baseplate structural protein Gp9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Baseplate structural protein Gp11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tja__assembly_1__model_1

1tja__assembly_1__model_1 | I(q)

1tja__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Fitting of gp8, gp9, and gp11 into the cryo-EM reconstruction of the bacteriophage T4 contracted tail

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baseplate structural protein Gp8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Baseplate structural protein Gp9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Baseplate structural protein Gp11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tja__assembly_1__model_1

1tja__assembly_1__model_1 | I(q)

1tja__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)