SAXSdb — 1w80

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 2 ALPHA 2 SUBUNIT

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 695–938	片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 695-938	SYNAPTOJANIN 1 × 1 （O43426） SYNAPTOJANIN 1 × 1 （O43426） BEN BENZAMIDINE × 1 CO3 CARBONATE ION × 3 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULFATE, 3% ISOPROPANOL, 0.05M SODIUM CITRATE, pH 6.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1W80	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B9K ALPHA-ADAPTIN APPENDAGE DOMAIN, FROM CLATHRIN ADAPTOR AP2 提交 1999-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 701–938（238 aa）片段：APPENDAGE DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；20% PEG 4000, 10% ISOPROPANOL, 100MM NA CITRATE PH 6.0, 10MM DTT, 6MG/ML PROTEIN	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
1KY6 AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE IN COMPLEX WITH EPSIN DPW PEPTIDE 提交 2002-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 701–938（238 aa）片段：C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
1KY7 THE AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE IN COMPLEX WITH AMPHIPHYSIN FXDXF 提交 2002-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 701–938（238 aa）片段：C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.252
1KYD AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE IN COMPLEX WITH EPSIN DPW PEPTIDE 提交 2002-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 701–938（238 aa）片段：C-TERMINAL APPENDAGE (EAR), RESIDUES 701-938	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
1KYF AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE IN COMPLEX WITH EPS15 DPF PEPTIDE 提交 2002-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 701–938（238 aa）片段：C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.22 Å R-free 0.211
1KYU AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE IN COMPLEX WITH EPS15 DPF PEPTIDE 提交 2002-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 701–938（238 aa）片段：C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
1QTP CRYSTAL STRUCTURE OF THE AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE 提交 1999-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 692–938（247 aa）片段：C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938	突变：SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED PROTEIN 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；1.5 M MAGNESIUM SULFATE, 100 MM MES, 10MM SPERMINE TETRA-HCL, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
1QTS CRYSTAL STRUCTURE OF THE AP-2 CLATHRIN ADAPTOR ALPHA-APPENDAGE 提交 1999-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 692–938（247 aa）片段：C-TERMINAL APPENDAGE (EAR) RESIDUES 701-938	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；1.3 M AMMONIUM SULFATE, 80 MM HEPES, 8% DIOXANE, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.209
2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–271（271 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620 链 A 272–620（349 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620	未记录	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 2.98 Å R-free 0.260
2JKR AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with Dileucine peptide RM(phosphoS)QIKRLLSE 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 1–271（271 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620 链 L 272–620（349 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620	未记录	SO4 SULFATE ION × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 2.98 Å R-free 0.260
2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–271（271 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620 链 A 272–620（349 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620	未记录	SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 3.40 Å R-free 0.256
2JKT AP2 CLATHRIN ADAPTOR CORE with CD4 Dileucine peptide RM(phosphoS) EIKRLLSE Q to E mutant 提交 2008-08-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 L 1–271（271 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620 链 L 272–620（349 aa）片段：ALPHA CHAIN, RESIDUES 1-620	未记录	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.7-2.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH6 .5 AND 5MM DTT FROM A MIXTURE OF 10MG/ML AP2 CORE AND 7MG/ML PEPTIDE. CRYOPROTECTED WITH 1.8-2.3M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 17% GLYCEROL AND 7MG/ ML CD4 DILEUCINE PEPTIDE	分辨率 3.40 Å R-free 0.256
2VJ0 Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, in complex with an FXDNF peptide from amphiphysin1 and a WVXF peptide from synaptojanin P170 提交 2007-12-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 693–938（246 aa）片段：APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 693-938	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 3% ISOPROPANOL AND 0.05M SODIUM CITRATE PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.208
7OHI FCHO1-peptide-AP2 alpha ear complex 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 695–938（244 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；1.6M Magnesium sulfate heptahydrate 0.1M MES pH 6.5. The crystal were subsequently cryo-protected with ~20% glycerol final.	分辨率 1.41 Å R-free 0.215
7RW8 AP2 bound to heparin in the closed conformation 提交 2021-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.50 Å
7RW9 AP2 bound to heparin in the bowl conformation 提交 2021-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.90 Å
7RWA AP2 bound to heparin and Tgn38 tyrosine cargo peptide 提交 2021-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–620（620 aa）链 a 1–620（620 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 4.70 Å
7RWB AP2 bound to the APA domain of SGIP in the presence of heparin 提交 2021-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–620（620 aa）链 a 1–620（620 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.90 Å
7RWC AP2 bound to the APA domain of SGIP and heparin; partial signal subtraction and symmetry expansion 提交 2021-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot force -10, 4 second blot, 4 uL sample	分辨率 3.80 Å
8T1O AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; composite map 提交 2023-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Two applications of sample.	分辨率 3.30 Å
9PPP Structure of Alpha Appendage of AP2 bound to the extended FxDxF motif derived of CCDC32 提交 2025-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 695–938（244 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM SPG pH 8.0, 25% PEG 1500	分辨率 2.10 Å R-free 0.205
9PPP Structure of Alpha Appendage of AP2 bound to the extended FxDxF motif derived of CCDC32 提交 2025-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 695–938（244 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM SPG pH 8.0, 25% PEG 1500	分辨率 2.10 Å R-free 0.205
9PUE Structure of Alpha Appendage of AP2 bound to the FxDxF motif derived of CCDC32 提交 2025-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 695–938（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；40% isopropanol, 100 mM imidazole pH 6.5, 15% PEG 8000	分辨率 1.91 Å R-free 0.230
9PWA Closed AP-2 clathrin adaptor complex in solution 提交 2025-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.55 Å
9PWB Structure of AP-2 bound to the dileucine motif of CCDC32; combined map 提交 2025-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 9–620（612 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.64 Å
9PWC Composite structure of AP-2 bound to the dileucine motif and WxxPhi motif of CCDC32 提交 2025-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–620（620 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.00 Å

共 23 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A2A2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–250； UniProt 695–938

SYNAPTOJANIN 1

物种未注明

UniProt O43426

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1479–1490 链 Q； UniProt 1460–1471	片段：PEPTIDE CONTAINING WVXF MOTIF, RESIDUES 1479-1490 片段：PEPTIDE CONTAINING FXDXF MOTIF, RESIDUES 1460-1471	ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 2 ALPHA 2 SUBUNIT × 1 （P17427） BEN BENZAMIDINE × 1 CO3 CARBONATE ION × 3 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULFATE, 3% ISOPROPANOL, 0.05M SODIUM CITRATE, pH 6.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1W80	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DNR Solution structure of RNA binding domain in Synaptojanin 1 提交 2006-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 894–971（78 aa）片段：RNA recognition motif	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.11mM 13C-15N PROTEIN, 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2VJ0 Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, in complex with an FXDNF peptide from amphiphysin1 and a WVXF peptide from synaptojanin P170 提交 2007-12-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 1479–1490（12 aa）片段：PEPTIDE CONTAINING WVXF MOTIF, RESIDUES 1479-1490	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 3% ISOPROPANOL AND 0.05M SODIUM CITRATE PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.208
7A0V Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 in complex with a nanobody 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 528–873（346 aa）链 C 528–873（346 aa）链 E 528–873（346 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；15% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5, 10% 2-propanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 528–873（346 aa）	未记录	IP9 (2R)-3-{[(R)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane -1,2-diyl dioctanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol	分辨率 2.73 Å R-free 0.257
7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 529–873（345 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol	分辨率 2.73 Å R-free 0.257
7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 529–873（345 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol	分辨率 2.73 Å R-free 0.257

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYJ1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–12； UniProt 1479–1490 作者链 Q； PDB构建体 1–12； UniProt 1460–1471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w80
沉积日期 deposition_date	2004-09-14
结构标题 title	Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, bound to 2 peptides from Synaptojanin170
关键词 keywords	;ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS, ENDOCYTOSIS, ALPHA-ADAPTIN APPENDAGE, ADAPTOR COMPLEX, AP2, SYNAPTOJANIN, EXOCYTOSIS, LIPID-BINDING, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS complex ;; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.62 Å
零角强度 I(0) i0	16103100.00
分子量 molecular_weight	30284.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37953 Å³
包络体积 envelope_volume	44887 Å³
水化壳体积 shell_volume	18893 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.32 Å
包络 Rg envelope_rg	20.89 Å
形状 Rg shape_rg	20.64 Å
总 Rg total_rg	21.38 Å
总原子数 total_atoms	2130
残基数 n_residues	264
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8645
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.457
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.223
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3734000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.775; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.989

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 2 ALPHA 2 SUBUNIT
分子量 formula_weight	28048.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2439

GSPGILAPLAPGSEDNFARFVCKNNGVLFENQLLQIGLKSEFRQNLGRMFIFYGNKTSTQFLNFTPTLICADDLQTNLNLQTKPVDPTVDGGAQVQQVINIECISDFTEAPVLNIQFRYGGTFQNVSVKLPITLNKFFQPTEMASQDFFQRWKQLSNPQQEVQNIFKAKHPMDTEITKAKIIGFGSALLEEVDPNPANFVGAGIIHTKTTQIGCLLRLEPNLQAQMYRLTLRTSKDTVSQRLCELLSEQF

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SYNAPTOJANIN 1
分子量 formula_weight	1465.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.36
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

NPKGWVTFEEEE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SYNAPTOJANIN 1
分子量 formula_weight	1342.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.36
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

LDGFKDSFDLQG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DITHIANE DIOL
分子量 formula_weight	152.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	277

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1w80a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.10 — Clathrin adaptor appendage domain
家族 Family family	b.1.10.1 — Alpha-adaptin ear subdomain-like

结构域编号 domain_id	d1w80a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.105 — Subdomain of clathrin and coatomer appendage domain
超家族 Superfamily superfamily	d.105.1 — Subdomain of clathrin and coatomer appendage domain
家族 Family family	d.105.1.1 — Clathrin adaptor appendage, alpha and beta chain-specific domain

结构域编号 domain_id	d1w80a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1w80A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 — Gamma-adaptin ear (GAE) domain

结构域编号 domain_id	1w80A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TATA-Binding Protein

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	146.599 Å
晶胞边长 b length_b	67.322 Å
晶胞边长 c length_c	39.721 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	72.550 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.2240

fit	/app/data/saxs_computation/w8/1w80/1w80.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w8/1w80/1w80.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w8/1w80/1w80.dat

Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, bound to 2 peptides from Synaptojanin170

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 2 ALPHA 2 SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SYNAPTOJANIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)