1y1y

RNA Polymerase II-TFIIS-DNA/RNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II largest subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1733； UniProt 1–1733

DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P08518

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1224； UniProt 1–1224

DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P16370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318

DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20433

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20434

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20435

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P34087

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20436

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RPB8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

DNA-directed RNA polymerase II subunit 9

物种未注明

UniProt P27999

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10

物种未注明

UniProt P22139

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAB5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P38902

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P40422

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） Transcription elongation factor S-II × 1 （P07273）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPAB4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

Transcription elongation factor S-II

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P07273

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	5'-D(PTPAPCPGPCPCPT)-3' × 1 5'-R(PAPGPGP*C)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide × 1 （P20433） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide × 1 （P34087） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TFS2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–179； UniProt 131–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y1y
沉积日期 deposition_date	2004-11-19
结构标题 title	RNA Polymerase II-TFIIS-DNA/RNA complex
关键词 keywords	RNA Polymerase II, TFIIS, nucleic acids, transcription, readthrough, TRANSFERASE-TRANSCRIPTION-DNA-RNA HYBRID COMPLEX; TRANSFERASE/TRANSCRIPTION/DNA-RNA HYBRID
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y1y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y1y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y1y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.02 Å
Rg（电子密度）	51.69 Å
总 Rg	51.76 Å
原子数	11
残基数	11
排除体积	568480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1y1y__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(PTPAPCPGPCPCP*T)-3'
分子量 formula_weight	2073.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	4112

TACGCCT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(PAPGPGPC)-3'
分子量 formula_weight	1279.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AGGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II largest subunit
分子量 formula_weight	191821.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MVGQQYSSAPLRTVKEVQFGLFSPEEVRAISVAKIRFPETMDETQTRAKIGGLNDPRLGSIDRNLKCQTCQEGMNECPGHFGHIDLAKPVFHVGFIAKIKKVCECVCMHCGKLLLDEHNELMRQALAIKDSKKRFAAIWTLCKTKMVCETDVPSEDDPTQLVSRGGCGNTQPTIRKDGLKLVGSWKKDRATGDADEPELRVLSTEEILNIFKHISVKDFTSLGFNEVFSRPEWMILTCLPVPPPPVRPSISFNESQRGEDDLTFKLADILKANISLETLEHNGAPHHAIEEAESLLQFHVATYMDNDIAGQPQALQKSGRPVKSIRARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVISGDPNLELDQVGVPKSIAKTLTYPEVVTPYNIDRLTQLVRNGPNEHPGAKYVIRDSGDRIDLRYSKRAGDIQLQYGWKVERHIMDNDPVLFNRQPSLHKMSMMAHRVKVIPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNLHVPQSEETRAELSQLCAVPLQIVSPQSNKPCMGIVQDTLCGIRKLTLRDTFIELDQVLNMLYWVPDWDGVIPTPAIIKPKPLWSGKQILSVAIPNGIHLQRFDEGTTLLSPKDNGMLIIDGQIIFGVVEKKTVGSSNGGLIHVVTREKGPQVCAKLFGNIQKVVNFWLLHNGFSTGIGDTIADGPTMREITETIAEAKKKVLDVTKEAQANLLTAKHGMTLRESFEDNVVRFLNEARDKAGRLAEVNLKDLNNVKQMVMAGSKGSFINIAQMSACVGQQSVEGKRIAFGFVDRTLPHFSKDDYSPESKGFVENSYLRGLTPQEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKALEDIMVHYDNTTRNSLGNVIQFIYGEDGMDAAHIEKQSLDTIGGSDAAFEKRYRVDLLNTDHTLDPSLLESGSEILGDLKLQVLLDEEYKQLVKDRKFLREVFVDGEANWPLPVNIRRIIQNAQQTFHIDHTKPSDLTIKDIVLGVKDLQENLLVLRGKNEIIQNAQRDAVTLFCCLLRSRLATRRVLQEYRLTKQAFDWVLSNIEAQFLRSVVHPGEMVGVLAAQSIGEPATQMTLNTFHFAGVASKKVTSGVPRLKEILNVAKNMKTPSLTVYLEPGHAADQEQAKLIRSAIEHTTLKSVTIASEIYYDPDPRSTVIPEDEEIIQLHFSLLDEEAEQSFDQQSPWLLRLELDRAAMNDKDLTMGQVGERIKQTFKNDLFVIWSEDNDEKLIIRCRVVRPKSLDAETEAEEDHMLKKIENTMLENITLRGVENIERVVMMKYDRKVPSPTGEYVKEPEWVLETDGVNLSEVMTVPGIDPTRIYTNSFIDIMEVLGIEAGRAALYKEVYNVIASDGSYVNYRHMALLVDVMTTQGGLTSVTRHGFNRSNTGALMRCSFEETVEILFEAGASAELDDCRGVSENVILGQMAPIGTGAFDVMIDEESLVKYMPEQKITEIEDGQDGGVTPYSNESGLVNADLDVKDELMFSPLVDSGSNDAMAGGFTAYGGADYGEATSPFGAYGEAPTSPGFGVSSPGFSPTSPTYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPGYSPGSPAYSPKQDEQKHNENENSR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	138937.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSDLANSEKYYDEDPYGFEDESAPITAEDSWAVISAFFREKGLVSQQLDSFNQFVDYTLQDIICEDSTLILEQLAQHTTESDNISRKYEISFGKIYVTKPMVNESDGVTHALYPQEARLRNLTYSSGLFVDVKKRTYEAIDVPGRELKYELIAEESEDDSESGKVFIGRLPIMLRSKNCYLSEATESDLYKLKECPFDMGGYFIINGSEKVLIAQERSAGNIVQVFKKAAPSPISHVAEIRSALEKGSRFISTLQVKLYGREGSSARTIKATLPYIKQDIPIVIIFRALGIIPDGEILEHICYDVNDWQMLEMLKPCVEDGFVIQDRETALDFIGRRGTALGIKKEKRIQYAKDILQKEFLPHITQLEGFESRKAFFLGYMINRLLLCALDRKDQDDRDHFGKKRLDLAGPLLAQLFKTLFKKLTKDIFRYMQRTVEEAHDFNMKLAINAKTITSGLKYALATGNWGEQKKAMSSRAGVSQVLNRYTYSSTLSHLRRTNTPIGRDGKLAKPRQLHNTHWGLVCPAETPEGQACGLVKNLSLMSCISVGTDPMPIITFLSEWGMEPLEDYVPHQSPDATRVFVNGVWHGVHRNPARLMETLRTLRRKGDINPEVSMIRDIREKELKIFTDAGRVYRPLFIVEDDESLGHKELKVRKGHIAKLMATEYQDIEGGFEDVEEYTWSSLLNEGLVEYIDAEEEESILIAMQPEDLEPAEANEENDLDVDPAKRIRVSHHATTFTHCEIHPSMILGVAASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVFLTNYNVRMDTMANILYYPQKPLGTTRAMEYLKFRELPAGQNAIVAIACYSGYNQEDSMIMNQSSIDRGLFRSLFFRSYMDQEKKYGMSITETFEKPQRTNTLRMKHGTYDKLDDDGLIAPGVRVSGEDVIIGKTTPISPDEEELGQRTAYHSKRDASTPLRSTENGIVDQVLVTTNQDGLKFVKVRVRTTKIPQIGDKFASRHGQKGTIGITYRREDMPFTAEGIVPDLIINPHAIPSRMTVAHLIECLLSKVAALSGNEGDASPFTDITVEGISKLLREHGYQSRGFEVMYNGHTGKKLMAQIFFGPTYYQRLRHMVDDKIHARARGPMQVLTRQPVEGRSRDGGLRFGEMERDCMIAHGAASFLKERLMEASDAFRVHICGICGLMTVIAKLNHNQFECKGCDNKIDIYQIHIPYAAKLLFQELMAMNITPRLYTDRSRDF

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	35330.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSEEGPQVKIREASKDNVDFILSNVDLAMANSLRRVMIAEIPTLAIDSVEVETNTTVLADEFIAHRLGLIPLQSMDIEQLEYSRDCFCEDHCDKCSVVLTLQAFGESESTTNVYSKDLVIVSNLMGRNIGHPIIQDKEGNGVLICKLRKGQELKLTCVAKKGIAKEHAKWGPAAAIEFEYDPWNKLKHTDYWYEQDSAKEWPQSKNCEYEDPPNEGDPFDYKAQADTFYMNVESVGSIPVDQVVVRGIDTLQKKVASILLALTQMDQDKVNFASGDNNTASNMLGSNEDVMMTGAEQDPYSNASQMGNTGSGGYDNAW

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	25451.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MNVSTSTFQTRRRRLKKVEEEENAATLQLGQEFQLKQINHQGEEEELIALNLSEARLVIKEALVERRRAFKRSQKKHKKKHLKHENANDETTAVEDEDDDLDEDDVNADDDDFMHSETREKELESIDVLLEQTTGGNNKDLKNTMQYLTNFSRFRDQETVGAVIQLLKSTGLHPFEVAQLGSLACDTADEAKTLIPSLNNKISDDELERILKELSNLETLY

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	25117.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDQENERNISRLWRAFRTVKEMVKDRGYFITQEEVELPLEDFKAKYCDSMGRPQRKMMSFQANPTEESISKFPDMGSLWVEFCDEPSVGVKTMKTFVIHIQEKNFQTGIFVYQNNITPSAMKLVPSIPPATIETFNEAALVVNITHHELVPKHIRLSSDEKRELLKRYRLKESQLPRIQRADPVALYLGLKRGEVVKIIRKSETSGRYASYRICM

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	17931.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSDYEEAFNDGNENFEDFDVEHFSDEETYEEKPQFKDGETTDANGKTIVTGGNGPEDFQQHEQIRRKTLKEKAIPKDQRATTPYMTKYERARILGTRALQISMNAPVFVDLEGETDPLRIAMKELAEKKIPLVIRRYLPDGSFEDWSVEELIVDL

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	19081.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MFFIKDLSLNITLHPSFFGPRMKQYLKTKLLEEVEGSCTGKFGYILCVLDYDNIDIQRGRILPTDGSAEFNVKYRAVVFKPFKGEVVDGTVVSCSQHGFEVQVGPMKVFVTKHLMPQDLTFNAGSNPPSYQSSEDVITIKSRIRVKIEGCISQVSSIHAIGSIKEDYLGAI

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	16525.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSNTLFDDIFQVSEVDPGRYNKVCRIEAASTTQDQCKLTLDINVELFPVAAQDSLTVTIASSLNLEDTPANDSSATRSWRPPQAGDRSLADDYDYVMYGTAYKFEEVSKDLIAVYYSFGGLLMRLEGNYRNLNNLKQENAYLLIRR

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II subunit 9
分子量 formula_weight	14308.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTTFRFCRDCNNMLYPREDKENNRLLFECRTCSYVEEAGSPLVYRHELITNIGETAGVVQDIGSDPTLPRSDRECPKCHSRENVFFQSQQRRKDTSMVLFFVCLSCSHIFTSDQKNKRTQFS

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10
分子量 formula_weight	8290.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MIVPVRCFSCGKVVGDKWESYLNLLQEDELDEGTALSRLGLKRYCCRRMILTHVDLIEKFLRYNPLEKRD

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	13633.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNAPDRFELFLLGEGESKLKIDPDTKAPNAVVITFEKEDHTLGNLIRAELLNDRKVLFAAYKVEHPFFARFKLRIQTTEGYDPKDALKNACNSIINKLGALKTNFETEWNLQTLAADDAF

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	7730.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSREGFQIPTNLDAAAAGTSQARTATLKYICAECSSKLSLSRTDAVRCKDCGHRILLKARTKRLVQFEAR

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Transcription elongation factor S-II
分子量 formula_weight	20271.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

PRNSKNDGVDTAIYHHKLRDQVLKALYDVLAKESEHPPQSILHTAKAIESEMNKVNNCDTNEAAYKARYRIIYSNVISKNNPDLKHKIANGDITPEFLATCDAKDLAPAPLKQKIEEIAKQNLYNAQGATIERSVTDRFTCGKCKEKKVSYYQLQTRSADEPLTTFCTCEACGNRWKFS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_id	d1y1ya_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1ye_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yi_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yj_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yk_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1yl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1y1ys_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

▶

晶胞边长 a length_a	220.200 Å
晶胞边长 b length_b	395.700 Å
晶胞边长 c length_c	282.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2810
R_free r_free	—

RNA Polymerase II-TFIIS-DNA/RNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II largest subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II 19 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II subunit 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体