1yg6

ClpP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–207 链 B； UniProt 15–207 链 C； UniProt 15–207 链 D； UniProt 15–207 链 E； UniProt 15–207 链 F； UniProt 15–207 链 G； UniProt 15–207 链 H； UniProt 15–207 链 I； UniProt 15–207 链 J； UniProt 15–207 链 K； UniProt 15–207 链 L； UniProt 15–207 链 M； UniProt 15–207 链 N； UniProt 15–207	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；mpd, mes, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YG6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TYF THE STRUCTURE OF CLPP AT 2.3 ANGSTROM RESOLUTION SUGGESTS A MODEL FOR ATP-DEPENDENT PROTEOLYSIS 提交 1997-10-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）链 B 15–207（193 aa）链 C 15–207（193 aa）链 D 15–207（193 aa）链 E 15–207（193 aa）链 F 15–207（193 aa）链 G 15–207（193 aa）链 H 15–207（193 aa）链 I 15–207（193 aa）链 J 15–207（193 aa）链 K 15–207（193 aa）链 L 15–207（193 aa）链 M 15–207（193 aa）链 N 15–207（193 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.292
2FZS Crystal structure of E. coli ClpP with a Peptide Chloromethyl Ketone Covalently Bound at the Active Site 提交 2006-02-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）链 B 15–207（193 aa）链 C 15–207（193 aa）链 D 15–207（193 aa）链 E 15–207（193 aa）链 F 15–207（193 aa）链 G 15–207（193 aa）链 H 15–207（193 aa）链 I 15–207（193 aa）链 J 15–207（193 aa）链 K 15–207（193 aa）链 L 15–207（193 aa）链 M 15–207（193 aa）链 N 15–207（193 aa）	未记录	CMQ N~2~-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-N-[(1S,2S)-2-HYDROXY-1-(4-HYDROXYBENZYL)PROPYL]-L-LEUCINAMIDE × 14 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 15 GOL GLYCEROL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；0.1M tri-sodium citrate, 0.15M ammonium acetate, 30% PEG 4000 , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.233
3HLN Crystal structure of ClpP A153C mutant with inter-heptamer disulfide bonds 提交 2009-05-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 B 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 C 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 D 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 E 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 F 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 G 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 H 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 I 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 J 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 K 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 L 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 M 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 N 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207	突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1 M 1,6-hexanediol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 10 mM CoCl2, 100 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
3HLN Crystal structure of ClpP A153C mutant with inter-heptamer disulfide bonds 提交 2009-05-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 1 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 2 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 O 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 P 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 Q 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 R 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 S 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 T 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 U 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 V 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 W 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 X 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 Y 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207 链 Z 15–207（193 aa）片段：UNP residues 15-207	突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C 突变：A153C	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1 M 1,6-hexanediol, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 10 mM CoCl2, 100 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
3MT6 Structure of ClpP from Escherichia coli in complex with ADEP1 提交 2010-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 O 1–207（207 aa）链 P 1–207（207 aa）链 Q 1–207（207 aa）链 R 1–207（207 aa）链 S 1–207（207 aa）链 T 1–207（207 aa）链 U 1–207（207 aa）链 V 1–207（207 aa）链 W 1–207（207 aa）链 X 1–207（207 aa）链 Y 1–207（207 aa）链 Z 1–207（207 aa）链 a 1–207（207 aa）链 b 1–207（207 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 27	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295.15 K；25-35% (v/v) MPD and 0.1 M sodium acetate at pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
3MT6 Structure of ClpP from Escherichia coli in complex with ADEP1 提交 2010-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 1–207（207 aa）链 B 1–207（207 aa）链 C 1–207（207 aa）链 D 1–207（207 aa）链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）链 G 1–207（207 aa）链 H 1–207（207 aa）链 I 1–207（207 aa）链 J 1–207（207 aa）链 K 1–207（207 aa）链 L 1–207（207 aa）链 M 1–207（207 aa）链 N 1–207（207 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 28	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295.15 K；25-35% (v/v) MPD and 0.1 M sodium acetate at pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
6NB1 Crystal structure of Escherichia coli ClpP protease complexed with small molecule activator, ACP1-06 提交 2018-12-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–207（207 aa）链 B 1–207（207 aa）链 C 1–207（207 aa）链 D 1–207（207 aa）链 E 1–207（207 aa）链 F 1–207（207 aa）链 G 1–207（207 aa）链 H 1–207（207 aa）链 I 1–207（207 aa）链 J 1–207（207 aa）链 K 1–207（207 aa）链 L 1–207（207 aa）链 M 1–207（207 aa）链 N 1–207（207 aa）	未记录	KHS N-{2-[(2-chlorophenyl)sulfanyl]ethyl}-2-methyl-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]sulfonyl}propanamide × 14 GOL GLYCEROL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；294 K；51-63% MPD 0.1 M sodium acetate pH 5.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6WR2 ClpP and ClpX IGF loop in ClpX-ClpP complex bound to ssrA tagged GFP 提交 2020-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 16–207（192 aa）链 I 16–207（192 aa）链 J 16–207（192 aa）链 K 16–207（192 aa）链 L 16–207（192 aa）链 M 16–207（192 aa）链 N 16–207（192 aa）链 h 16–207（192 aa）链 i 16–207（192 aa）链 j 16–207（192 aa）链 k 16–207（192 aa）链 l 16–207（192 aa）链 m 16–207（192 aa）链 n 16–207（192 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
6WRF ClpX-ClpP complex bound to GFP-ssrA, recognition complex 提交 2020-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 16–207（192 aa）链 I 16–207（192 aa）链 J 16–207（192 aa）链 K 16–207（192 aa）链 L 16–207（192 aa）链 M 16–207（192 aa）链 N 16–207（192 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
6WSG ClpX-ClpP complex bound to ssrA-tagged GFP, intermediate complex 提交 2020-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
7MK5 Crystal structure of Escherichia coli ClpP covalently inhibited by clipibicyclene 提交 2021-04-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 15–207（193 aa）链 B 15–207（193 aa）链 C 15–207（193 aa）链 D 15–207（193 aa）链 E 15–207（193 aa）链 F 15–207（193 aa）链 G 15–207（193 aa）链 H 15–207（193 aa）链 I 15–207（193 aa）链 J 15–207（193 aa）链 K 15–207（193 aa）链 L 15–207（193 aa）链 M 15–207（193 aa）链 N 15–207（193 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 25 ACT ACETATE ION × 6 ZGV 4-[(1E)-3-{[(2E,4E,6E,8S)-8-hydroxy-4-methyldeca-2,4,6-trienoyl]amino}-3-oxoprop-1-en-1-yl]azete-1(2H)-carboxylic acid × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium acetate, 30% MPD	分辨率 2.95 Å R-free 0.248
7MK5 Crystal structure of Escherichia coli ClpP covalently inhibited by clipibicyclene 提交 2021-04-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 O 15–207（193 aa）链 P 15–207（193 aa）链 Q 15–207（193 aa）链 R 15–207（193 aa）链 S 15–207（193 aa）链 T 15–207（193 aa）链 U 15–207（193 aa）链 V 15–207（193 aa）链 W 15–207（193 aa）链 X 15–207（193 aa）链 Y 15–207（193 aa）链 Z 15–207（193 aa）链 a 15–207（193 aa）链 b 15–207（193 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 25 ACT ACETATE ION × 4 ZGV 4-[(1E)-3-{[(2E,4E,6E,8S)-8-hydroxy-4-methyldeca-2,4,6-trienoyl]amino}-3-oxoprop-1-en-1-yl]azete-1(2H)-carboxylic acid × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；0.1 M sodium acetate, 30% MPD	分辨率 2.95 Å R-free 0.248
8E7V Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP from singly capped particles 提交 2022-08-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8E8Q Cryo-EM structure of substrate-free DNClpX.ClpP 提交 2022-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8E91 Cryo-EM structure of substrate-free ClpX.ClpP 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.57 Å
8ET3 Cryo-EM structure of a delivery complex containing the SspB adaptor, an ssrA-tagged substrate, and the AAA+ ClpXP protease 提交 2022-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8V9R Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Branched-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2023-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 p 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 r 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 s 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 t 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 u 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 v 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9C87 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Poised to Unfold a Linear-Degron DHFR-ssrA Substrate Bound with MTX 提交 2024-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 p 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 r 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 s 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 t 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 u 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 v 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MTX METHOTREXATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9C88 Cryo-EM Structure of a Proteolytic ClpXP AAA+ Machine Translocating a Portion of a Branched-Degron DHFR Substrate 提交 2024-06-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 h 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 i 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 j 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 k 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 l 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 m 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 n 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 p 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 r 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 s 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 t 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 u 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 v 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9PIO Cryo-EM structure of the ClpXP AAA+ protease bound to lambdaO-tagged Arc in a recognition complex 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 O 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 P 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 Q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 R 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 S 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 T 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 U 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
9PJD Cryo-EM structure of the ClpXP AAA+ protease bound to an unidentified portion of lambdaO-tagged Arc substrate within a translocation complex 提交 2025-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric	链 H 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 I 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 J 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 K 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 L 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 M 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 N 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 O 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 P 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 Q 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 R 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 S 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 T 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207 链 U 16–207（192 aa）片段：UNP residues 16-207	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 18 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 B； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 C； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 D； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 E； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 F； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 G； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 H； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 I； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 J； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 K； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 L； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 M； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207 作者链 N； PDB构建体 1–193； UniProt 15–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yg6
沉积日期 deposition_date	2005-01-04
结构标题 title	ClpP
关键词 keywords	Endopeptidase Clp, Caseinolytic protease, Protease Ti, Heat shock protein F21.5, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.01 Å
零角强度 I(0) i0	1272170000.00
分子量 molecular_weight	294040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	368320 Å³
包络体积 envelope_volume	536910 Å³
水化壳体积 shell_volume	100280 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.2 Å
壳层 Rg shell_rg	52.74 Å
包络 Rg envelope_rg	40.16 Å
形状 Rg shape_rg	43.04 Å
总 Rg total_rg	43.36 Å
总原子数 total_atoms	20587
残基数 n_residues	2618
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.9 Å
Rg (实空间) rg_real	43.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1273000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8459
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.226
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.613
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	498800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.236

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	21586.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	21540

ALVPMVIEQTSRGERSFDIYSRLLKERVIFLTGQVEDHMANLIVAQMLFLEAENPEKDIYLYINSPGGVITAGMSIYDTMQFIKPDVSTICMGQAASMGAFLLTAGAKGKRFCLPNSRVMIHQPLGGYQGQATDIEIHAREILKVKGRMNELMALHTGQSLEQIERDTERDRFLSAPEAVEYGLVDSILTHRN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	953

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1yg6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6i_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6j_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6k_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6l_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6m_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

结构域编号 domain_id	d1yg6n_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.1 — Clp protease, ClpP subunit

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1yg6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6J00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6M00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yg6N00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	192.500 Å
晶胞边长 b length_b	103.300 Å
晶胞边长 c length_c	159.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/yg/1yg6/1yg6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yg/1yg6/1yg6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yg/1yg6/1yg6.dat