2adu

Human Methionine Aminopeptidase Complex with 4-Aryl-1,2,3-triazole Inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 110–478	片段：residues 110-478 突变：V347I	CO COBALT (II) ION × 2 R20 4-(3-METHYLPHENYL)-1H-1,2,3-TRIAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.4；274 K；100 MM CITRATE BUFFER, 30% BUTANOL, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 274 K, pH 5.40	分辨率 1.90 Å R-free 0.355

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ADU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B59 COMPLEX OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 COMPLEXED WITH OVALICIN 提交 1999-01-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 109–478（370 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 OVA 3,4-DIHYDROXY-2-METHOXY-4-METHYL-3-[2-METHYL-3-(3-METHYL-BUT-2-ENYL) -OXIRANYL]-CYCLOHEXANONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；15-30% T-BUTANOL, 50MM CITRATE BUFFER PH=5.2-5.4	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1B6A HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE 2 COMPLEXED WITH TNP-470 提交 1999-01-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 TN4 (1R,2S,3S,4R)-4-hydroxy-2-methoxy-4-methyl-3-[(2R,3R)-2-methyl-3-(3-methylbut-2-en-1-yl)oxiran-2-yl]cyclohexyl (chloroacetyl)carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.40	分辨率 1.60 Å R-free 0.216
1BN5 HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE 2 提交 1998-07-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
1BOA HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE 2 COMPLEXED WITH ANGIOGENESIS INHIBITOR FUMAGILLIN 提交 1998-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 FUG FUMAGILLIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 1.80 Å R-free 0.232
1KQ0 Human methionine aminopeptidase type II in complex with D-methionine 提交 2002-01-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MED D-METHIONINE × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；18-23% t-butanol in 70 mM sodium citrate buffer, pH 5.3 to 5.6, 3 mM DTT (DL-dithiothreitol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 277K, pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
1KQ9 Human methionine aminopeptidase type II in complex with L-methionine 提交 2002-01-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MET METHIONINE × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；18-23% t-butanol in 70 mM sodium citrate buffer, pH 5.3 to 5.6, 3 mM DTT (DL-dithiothreitol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 277K, pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
1QZY Human Methionine Aminopeptidase in complex with bengamide inhibitor LAF153 and cobalt 提交 2003-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 TDE (E)-(2R,3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXY-2-METHOXY-8,8-DIMETHYL-NON-6-ENOIC ACID ((3S,6R)-6-HYDROXY-2-OXO-AZEPAN-3-YL)-AMIDE × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
1R58 Crystal Structure of MetAP2 complexed with A357300 提交 2003-10-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）片段：residues 110-478	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 AO5 N'-((2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-5-(ISOPROPYLSULFANYL)PENTANOYL)-N-3-CHLOROBENZOYL HYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；isopropyl alcohol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.247
1R5G Crystal Structure of MetAP2 complexed with A311263 提交 2003-10-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）片段：residues 110-478	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 AO1 (2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-5-(ETHYLSULFANYL)PENTANOYL-((S)-(-)-(1-NAPHTHYL)ETHYL)AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；isopropanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
1R5H Crystal Structure of MetAP2 complexed with A320282 提交 2003-10-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）片段：residues 110-478	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 AO2 N'-(2S,3R)-3-AMINO-4-CYCLOHEXYL-2-HYDROXY-BUTANO-N-(4-METHYLPHENYL)HYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；isopropanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
1YW7 h-MetAP2 complexed with A444148 提交 2005-02-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 A41 5-METHYL-2-[(PHENYLSULFONYL)AMINO]BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å R-free 0.248
1YW8 h-MetAP2 complexed with A751277 提交 2005-02-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 A75 2-[(PHENYLSULFONYL)AMINO]-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALENE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.65 Å R-free 0.273
1YW9 h-MetAP2 complexed with A849519 提交 2005-02-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 A84 2-[({2-[(1Z)-3-(DIMETHYLAMINO)PROP-1-ENYL]-4-FLUOROPHENYL}SULFONYL)AMINO]-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALENE-1-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.64 Å R-free 0.246
2EA2 h-MetAP2 complexed with A773812 提交 2007-01-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）片段：residues 110-478	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 F77 3-ETHYL-6-{[(4-FLUOROPHENYL)SULFONYL]AMINO}-2-METHYLBENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20-30 % isopropanol, 0.1M Na citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
2EA4 h-MetAP2 complexed with A797859 提交 2007-01-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）片段：residues 110-478	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 F79 2-(2-AMINOETHOXY)-3-ETHYL-6-{[(4-FLUOROPHENYL)SULFONYL]AMINO}BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20-30 % isopropanol, 0.1M Na citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.35 Å R-free 0.272
2GA2 h-MetAP2 complexed with A193400 提交 2006-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 A19 5-BROMO-2-{[(4-CHLOROPHENYL)SULFONYL]AMINO}BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.251
2OAZ Human Methionine Aminopeptidase-2 Complexed with SB-587094 提交 2006-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–478（369 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 I96 N-(2-ISOPROPYLPHENYL)-3-[(2-THIENYLMETHYL)THIO]-1H-1,2,4-TRIAZOL-5-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.287
5CLS Structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with spiroepoxytriazole inhibitor (+)-31a 提交 2015-07-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）片段：UNP residues 108-478	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 2 52T (4R,7R)-7-hydroxy-1-(4-methoxybenzyl)-7-methyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-benzotriazol-4-yl propan-2-ylcarbamate × 1 CIT CITRIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；292 K；Na Citrate, Tert-butanol	分辨率 1.75 Å R-free 0.189
5D6E Structure of human methionine aminopeptidase 2 with covalent spiroepoxytriazole inhibitor (-)-31b 提交 2015-08-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）片段：UNP residues 108-478	未记录	94A (4R,7S)-7-hydroxy-1-(4-methoxybenzyl)-7-methyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-benzotriazol-4-yl propan-2-ylcarbamate × 1 CO COBALT (II) ION × 2 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；Na Citrate, Tert-butanol	分辨率 1.49 Å R-free 0.156
5D6F Structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with spiroepoxytriazole inhibitor (+)-31b 提交 2015-08-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	57R (4S,7R)-7-hydroxy-1-(4-methoxybenzyl)-7-methyl-4,5,6,7-tetrahydro-1H-benzotriazol-4-yl propan-2-ylcarbamate × 1 CO COBALT (II) ION × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；292 K；Na Citrate, Tert-butanol	分辨率 1.55 Å R-free 0.185
5JFR Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via Fragment Based Drug Discovery 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–455（369 aa）片段：UNP residues 87-455	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 6KP 7-fluoro-4-(5-methyl-3H-imidazo[4,5-b]pyridin-6-yl)-2,4-dihydropyrazolo[4,3-b]indole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；40% MPD, 0.1M Hepes pH 7.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.171
5JHU Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via FBDD 提交 2016-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–455（369 aa）片段：UNP residues 87-455	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 6KO [(2R)-1-([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)pyrrolidin-2-yl]methyl 2-methoxybenzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；277 K；30% MPD, 0.05M MES pH 5.9	分辨率 1.80 Å R-free 0.181
5JI6 Potent, Reversible MetAP2 Inhibitors via FBDD 提交 2016-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–455（369 aa）片段：UNP residues 87-455	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 6KN 4-(3-methylpyridin-4-yl)-6-(trifluoromethyl)-1H-indazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；293 K；24.% PEG MME 2000, 0.05M MES pH 5.9, 0.0175M Ammonium Sulfate	分辨率 2.15 Å R-free 0.230
5LYW CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX; WITH AN INHIBITOR 6-((R)-2-o-Tolyloxymethyl-pyrrolidin-1-yl)-9H-purine 提交 2016-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）片段：108-478	突变：none	7BH 6-[(2~{R})-2-[(2-methylphenoxy)methyl]pyrrolidin-1-yl]-7~{H}-purine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；24% methanol, 100 mM citrate	分辨率 1.69 Å R-free 0.193
5LYX CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX; WITH AN INHIBITOR 5-((R)-1-[1,2,4]Triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl-pyrrolidin-2-ylmethoxy)-isoquinoline 提交 2016-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）片段：108-478	突变：none	7BF 5-[[(2~{R})-1-([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)pyrrolidin-2-yl]methoxy]isoquinoline × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% methanol, 0.1 M citrate	分辨率 1.90 Å R-free 0.217
6QED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX; WITH AN INHIBITOR (S)-3-Hydroxy-2-oxo-1-(2-oxo-1,2,3,4-tetrahydro-quinolin-6-yl)-pyrrolidine-3-carboxylic acid 3-chloro-5-fluoro-benzylamide 提交 2019-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 HZK (3~{S})-~{N}-[(3-chloranyl-5-fluoranyl-phenyl)methyl]-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-oxidanylidene-3,4-dihydro-1~{H}-quinolin-6-yl)pyrrolidine-3-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% METHANOL, 0.1 M CITRATE, PH 6.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
6QEF CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR (S)-3-Hydroxy-2-oxo-1-phenyl-pyrrolidine-3-carboxylic acid 3-chloro-5-fluoro-benzylamide 提交 2019-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1 HZW (3~{S})-~{N}-[(3-chloranyl-5-fluoranyl-phenyl)methyl]-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-phenyl-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% METHANOL, 0.1 M CITRATE, PH 6.0	分辨率 1.79 Å R-free 0.195
6QEG CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR 2-Oxo-1-phenyl-pyrrolidine-3-carboxylic acid (2-thiophen-2-yl-ethyl)-amide 提交 2019-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 K4K (3~{S})-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-phenyl-~{N}-(2-thiophen-2-ylethyl)pyrrolidine-3-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% METHANOL, 0.1 M CITRATE, PH 6.0	分辨率 2.08 Å R-free 0.228
6QEH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR 5-Chloro-quinolin-8-ol 提交 2019-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 HZQ 5-chloranylquinolin-8-ol × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% METHANOL, 0.1 M CITRATE, PH 6.0,	分辨率 2.17 Å R-free 0.220
6QEI CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR 5,6-Difluoro-3-(2-isopropoxy-4-piperazin-1-yl-phenyl)-1H-indole-2-carboxylic acid amide 提交 2019-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 HZE 5,6-bis(fluoranyl)-3-(4-piperazin-1-yl-2-propan-2-yloxy-phenyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% METHANOL, 0.1 M CITRATE, PH 6.0,	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
6QEJ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR Thiophene-2-sulfonic acid (4-fluoro-benzyl)-(4H-[1,2,4]triazol-3-ylmethyl)-amide 提交 2019-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 HZT ~{N}-[(4-fluorophenyl)methyl]-~{N}-(1~{H}-1,2,4-triazol-5-ylmethyl)thiophene-2-sulfonamide × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；20% METHANOL, 0.1 M CITRATE, PH 6.0,	分辨率 1.62 Å R-free 0.184
7A12 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR GW557358X (COMPOUND 9) 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 9 QVK 5-chloranyl-3-phenyl-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；200mM potassium phosphate pH 7.4, 100mM MnCl2, 5mM dithiothreitol (DTT) and 25-50% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.00 Å R-free 0.198
7A13 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR GSK1978537A (COMPOUND 27) 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 7 QW5 5-chloranyl-3-(3-methoxyphenyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；200mM potassium phosphate pH 7.4, 100mM MnCl2, 5mM dithiothreitol (DTT) and 25-50% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD).	分辨率 2.04 Å R-free 0.197
7A14 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR GSK2218325A (COMPOUND 32) 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 7 QVB 5-chloranyl-6-fluoranyl-3-(2-propan-2-yloxyphenyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；200mM potassium phosphate pH 7.4, 100mM MnCl2, 5mM dithiothreitol (DTT) and 25-50% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.14 Å R-free 0.215
7A15 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR GSK2224863A (COMPOUND 42) 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 7 QV5 5-chloranyl-6-fluoranyl-3-(4-piperazin-1-yl-2-propan-2-yloxy-phenyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；200mM potassium phosphate pH 7.4, 100mM MnCl2, 5mM dithiothreitol (DTT) and 25-50% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.15 Å R-free 0.201
7A16 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR GSK2229238A (COMPOUND 43) 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–478（371 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 7 HZE 5,6-bis(fluoranyl)-3-(4-piperazin-1-yl-2-propan-2-yloxy-phenyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；200mM potassium phosphate pH 7.4, 100mM MnCl2, 5mM dithiothreitol (DTT) and 25-50% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
8ONY Human Methionine Aminopeptidase 2 at the 80S ribosome 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
8OXG Crystal structure of human methionine aminopeptidase-2 complexed with (3R,4S,5S,6R)-5-methoxy-4-[(2R,3R)-2-methyl-3-(3-methyl-2-buten-1-yl)-2-oxiranyl]-1-oxaspiro[2.5]oct-6-yl N-(trans-4-aminocyclohexyl)carbamate 提交 2023-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–478（371 aa）链 B 108–478（371 aa）	未记录	W5N [(1~{R},2~{S},3~{S},4~{R})-2-methoxy-4-methyl-3-[(2~{R},3~{S})-2-methyl-3-(3-methylbut-2-enyl)oxiran-2-yl]-4-oxidanyl-cyclohexyl] ~{N}-(4-azanylcyclohexyl)carbamate × 2 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.73 Å R-free 0.215
9FPZ Human NatA-MAP2 80S ribosome complex 提交 2024-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric	链 A 1–478（478 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–369； UniProt 110–478

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2adu
沉积日期 deposition_date	2005-07-20
结构标题 title	Human Methionine Aminopeptidase Complex with 4-Aryl-1,2,3-triazole Inhibitor
关键词 keywords	hydrolase, aminopeptidase, metal binding, protease; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.04 Å
零角强度 I(0) i0	28323200.00
分子量 molecular_weight	40054.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49791 Å³
包络体积 envelope_volume	56707 Å³
水化壳体积 shell_volume	23089 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.4 Å
壳层 Rg shell_rg	27.33 Å
包络 Rg envelope_rg	20.55 Å
形状 Rg shape_rg	20.03 Å
总 Rg total_rg	20.99 Å
总原子数 total_atoms	2801
残基数 n_residues	355
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8968
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.453
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9915000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methionine aminopeptidase 2
分子量 formula_weight	41370.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
突变 mutation	V347I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3107

KVQTDPPSVPICDLYPNGVFPKGQECEYPPTQDGRTAAWRTTSEEKKALDQASEEIWNDFREAAEAHRQVRKYVMSWIKPGMTMIEICEKLEDCSRKLIKENGLNAGLAFPTGCSLNNCAAHYTPNAGDTTVLQYDDICKIDFGTHISGRIIDCAFTVTFNPKYDTLLKAVKDATNTGIKCAGIDVRLCDVGEAIQEVMESYEVEIDGKTYQVKPIRNLNGHSIGQYRIHAGKTVPIIKGGEATRMEEGEVYAIETFGSTGKGVVHDDMECSHYMKNFDVGHVPIRLPRTKHLLNVINENFGTLAFCRRWLDRLGESKYLMALKNLCDLGIVDPYPPLCDIKGSYTAQFEHTILLRPTCKEVVSRGDDY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(3-METHYLPHENYL)-1H-1,2,3-TRIAZOLE
分子量 formula_weight	159.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	306

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2adua1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.25 — Methionine aminopeptidase, insert domain

结构域编号 domain_id	d2adua2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.127 — Creatinase/aminopeptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.127.1 — Creatinase/aminopeptidase
家族 Family family	d.127.1.1 — Creatinase/aminopeptidase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2aduA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

结构域编号 domain_id	2aduA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.819 Å
晶胞边长 b length_b	99.264 Å
晶胞边长 c length_c	101.282 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	99.000 Å
R 因子 r_factor	0.3350
R_work r_work	0.3350
R_free r_free	0.3550

fit	/app/data/saxs_computation/ad/2adu/2adu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ad/2adu/2adu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ad/2adu/2adu.dat