2c7c

FITTED COORDINATES FOR GROEL-ATP7-GROES CRYO-EM COMPLEX (EMD-1180)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 196.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60 KDA CHAPERONIN

ESCHERICHIA COLI

UniProt P0A6F5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 21 PDB 声明:21-meric(21) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–547 链 B; UniProt 1–547 链 C; UniProt 1–547 链 D; UniProt 1–547 链 E; UniProt 1–547 链 F; UniProt 1–547 链 G; UniProt 1–547 链 H; UniProt 1–547 链 I; UniProt 1–547 链 J; UniProt 1–547 链 K; UniProt 1–547 链 L; UniProt 1–547 链 M; UniProt 1–547 链 N; UniProt 1–547 未记录 10 KDA CHAPERONIN MOLECULE: GROES, PROTEIN CPN10, GROES PROTEIN × 7 (P0A6F9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:12.5MM HEPES, 5MM KCL, 5MM MGCL2;pH 7.5;12.5MM HEPES, 5MM KCL, 5MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE 分辨率 7.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 81 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CH60_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 B; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 C; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 D; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 E; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 F; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 G; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 H; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 I; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 J; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 K; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 L; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 M; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547 作者链 N; PDB构建体 1–547; UniProt 1–547

10 KDA CHAPERONIN MOLECULE: GROES, PROTEIN CPN10, GROES PROTEIN

ESCHERICHIA COLI

UniProt P0A6F9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 21 PDB 声明:21-meric(21) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–97 链 P; UniProt 1–97 链 Q; UniProt 1–97 链 R; UniProt 1–97 链 S; UniProt 1–97 链 T; UniProt 1–97 链 U; UniProt 1–97 未记录 60 KDA CHAPERONIN × 14 (P0A6F5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:12.5MM HEPES, 5MM KCL, 5MM MGCL2;pH 7.5;12.5MM HEPES, 5MM KCL, 5MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE 分辨率 7.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CH10_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 P; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 Q; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 R; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 S; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 T; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97 作者链 U; PDB构建体 1–97; UniProt 1–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2c7c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2c7c
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2c7c
沉积日期 deposition_date2005-11-22
结构标题 titleFITTED COORDINATES FOR GROEL-ATP7-GROES CRYO-EM COMPLEX (EMD-1180)
关键词 keywordsATP-BINDING, CHAPERONE, ATOMIC STRUCTURE FITTING, CELL CYCLE, CELL DIVISION, CHAPERONIN, NUCLEOTIDE-BINDING, PHOSPHORYLATION; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier68.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron68.14
零角强度 I(0) i09188300000.00
分子量 molecular_weight826840.0 kDa
排除体积 excluded_volume1042100 ų
包络体积 envelope_volume1828000 ų
水化壳体积 shell_volume216270 ų
包络直径 envelope_diameter214.0
壳层 Rg shell_rg77.55
包络 Rg envelope_rg64.34
形状 Rg shape_rg68.17
总 Rg total_rg68.17
总原子数 total_atoms57946
残基数 n_residues7987
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax196.5
Rg (实空间) rg_real68.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90
I(0) (实空间) i0_real9.1880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8710e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9206000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8268
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary94.0
偏度 Skewness skewness0.142
峰度 Kurtosis kurtosis-0.267
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha2984000000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.907; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.086

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd2c7co1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.1 — GroES
结构域编号 domain_idd2c7cp1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.1 — GroES
结构域编号 domain_idd2c7cq1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.1 — GroES
结构域编号 domain_idd2c7cr1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.1 — GroES
结构域编号 domain_idd2c7cs1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.1 — GroES
结构域编号 domain_idd2c7ct1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.1 — GroES
结构域编号 domain_idd2c7cu1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamilyb.35.1 — GroES-like
家族 Family familyb.35.1.1 — GroES

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)