2fi3

Crystal structure of a BPTI variant (Cys14->Ser, Cys38->Ser) in complex with trypsin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cationic trypsin

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 4 (P00974) NA SODIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 8 SO4 SULFATE ION × 32 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 2 (P00974) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
7 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–243 未记录 Pancreatic trypsin inhibitor × 1 (P00974) NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、764 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–216; UniProt 21–243

Pancreatic trypsin inhibitor

Bos taurus

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 突变:C14S, C38S Cationic trypsin × 1 (P00760) NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 突变:C14S, C38S Cationic trypsin × 4 (P00760) NA SODIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 8 SO4 SULFATE ION × 32 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 突变:C14S, C38S Cationic trypsin × 2 (P00760) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 突变:C14S, C38S Cationic trypsin × 2 (P00760) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 突变:C14S, C38S Cationic trypsin × 2 (P00760) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
6 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 突变:C14S, C38S Cationic trypsin × 2 (P00760) NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 16 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218
7 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 突变:C14S, C38S Cationic trypsin × 1 (P00760) NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.02% sodium azide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 1.58 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、259 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2fi3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2fi3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2fi3
沉积日期 deposition_date2005-12-27
结构标题 titleCrystal structure of a BPTI variant (Cys14->Ser, Cys38->Ser) in complex with trypsin
关键词 keywordsPROTEASE-INHIBITOR COMPLEX, hydrolase-hydrolase inhibitor COMPLEX; hydrolase/hydrolase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.85
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.66
零角强度 I(0) i018991700.00
分子量 molecular_weight30943.0 kDa
排除体积 excluded_volume37817 ų
包络体积 envelope_volume43467 ų
水化壳体积 shell_volume19487 ų
包络直径 envelope_diameter66.1
壳层 Rg shell_rg25.12
包络 Rg envelope_rg19.17
形状 Rg shape_rg18.58
总 Rg total_rg19.74
总原子数 total_atoms2143
残基数 n_residues278
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.4
Rg (实空间) rg_real19.78
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real1.8990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.79
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18990000.0000
解质量估计 total_estimate0.6606
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.5
偏度 Skewness skewness0.298
峰度 Kurtosis kurtosis-0.277
角度范围 angular_range— – 0.4000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4693000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2fi3e_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd2fi3i1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2fi3E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2fi3E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id2fi3I00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)