2gyk

Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 154.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E9 immunity protein

Escherichia coli K12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–86	突变：D51A	Colicin-E9 × 1 （P09883） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–86	突变：D51A	Colicin-E9 × 1 （P09883） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GYK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXI CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 提交 1998-10-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；24%(W/V)PEG 4K, 0.1MM SODIUM-ACETATE, PH5.3	分辨率 2.05 Å R-free 0.315
1E0H Inhibitor Protein Im9 bound to its partner E9 DNase 提交 2000-03-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；295 K；压力 1 NMR样品组成 10% WATER/90% D2O	分辨率未提供
1EMV CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 (1.7 ANGSTROMS) 提交 2000-03-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1FR2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN WITH A MUTANT IMMUNITY PROTEIN IM9(E41A) 提交 2000-09-07	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：E41A	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, , pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
1IMP COLICIN E9 IMMUNITY PROTEIN IM9, NMR, 21 STRUCTURES 提交 1996-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1IMQ COLICIN E9 IMMUNITY PROTEIN IM9, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-05-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2GZE Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y55A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y55A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
2GZF Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y54F) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y54F	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.222
2GZG Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (Y55F) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：Y55F	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2GZI Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (V34A) 提交 2006-05-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：V34A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	实验环境不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	突变：D51A	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2K5X Chemical shift structure of COLICIN E9 DNASE domain with its cognate immunity protein IM9 提交 2008-07-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
2VLN N75A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
2VLO K97A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
2VLP R54A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
2VLQ F86A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	突变：H545A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GJN Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；292 K；30% PEG40, pH10.5, Microbatch under oil, temperature 292K	分辨率 2.48 Å R-free 0.276
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–86（86 aa）	突变：H545A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
3GKL Following evolutionary paths to high affinity and selectivity protein-protein interactions using Colicin7 and Immunity proteins 提交 2009-03-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：H545A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；292 K；30% PEG 400, 0.1 CHES pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM9_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 E； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Colicin-E9

Escherichia coli K12

UniProt P09883

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 450–582	片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	Colicin-E9 immunity protein × 1 （P13479） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 450–582	片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	Colicin-E9 immunity protein × 1 （P13479） ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2GYK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BXI CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 提交 1998-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 449–582（134 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-581	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.3；24%(W/V)PEG 4K, 0.1MM SODIUM-ACETATE, PH5.3	分辨率 2.05 Å R-free 0.315
1EMV CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 (1.7 ANGSTROMS) 提交 2000-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.260
1FR2 CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN WITH A MUTANT IMMUNITY PROTEIN IM9(E41A) 提交 2000-09-07	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, , pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1FSJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E9 DNASE DOMAIN 提交 2000-09-11	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF E9 COLICIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；285 K；30% (w/v) PEG 5000, 0.1M sodium-acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1V13 CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTANT HIS103ALA OF THE COLICIN E9 DNASE DOMAIN IN COMPLEX WITH ZN+2 (2.0 ANGSTROMS) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 450–582（133 aa）链 B 450–582（133 aa）	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.80	分辨率 2.00 Å R-free 0.307
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V14 Crystal Structure of the Colicin E9, mutant His103Ala, in complex with Mg+2 and dsDNA (resolution 2.9A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.90 Å R-free 0.306
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
1V15 CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) 提交 2004-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 450–582（133 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.50	分辨率 2.40 Å R-free 0.329
2GZE Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y55A) 提交 2006-05-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：Colicin E9,C-terminal Domain,DNase Domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
2GZF Crystal structure of the E9 DNase domain with a mutant immunity protein IM9 (Y54F) 提交 2006-05-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：Colicin E9,C-terminal Domain,DNase Domain	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, VAPOUR DIFFUSSION,SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.222
2GZG Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (Y55F) 提交 2006-05-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.204
2GZI Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (V34A) 提交 2006-05-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2GZJ Crystal Structure of the E9 DNase Domain with a Mutant Immunity Protein IM9 (D51A) 提交 2006-05-11	构建体不同实验环境不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 450–582（133 aa）片段：COLICIN E9,C-TERMINAL DOMAIN,DNASE DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；277 K；24% (W/V) PEG 4K, 100mM SODIUM ACETATE BUFFER pH 5.3, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 32–47（16 aa）片段：T-DOMAIN, RESIDUES 32-47	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2K5X Chemical shift structure of COLICIN E9 DNASE domain with its cognate immunity protein IM9 提交 2008-07-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：UNP residues 450-582	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K	分辨率未提供
2VLN N75A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
2VLO K97A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.228
2VLP R54A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
2VLQ F86A mutant of E9 DNase domain in complex with Im9 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）片段：DNASE DOMAIN, RESIDUES 450-582	突变：YES	MLA MALONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 2.9 M AMMONIUM SULPHATE AND 100 MM BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
2WPT The crystal structure of Im2 in complex with colicin E9 DNase 提交 2009-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 450–582（133 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 2 NO3 NITRATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 1.78 Å R-free 0.223
3O0E Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1 提交 2010-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 N 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 P 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.01 Å R-free 0.302
3O0E Crystal structure of OmpF in complex with colicin peptide OBS1 提交 2010-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 O 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18 链 Q 2–18（17 aa）片段：UNP Residues 2-18	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 293K	分辨率 3.01 Å R-free 0.302
4JML Crystal structure of the TolB(P201C)-ColicinE9 TBE peptide(A33C) complex. 提交 2013-03-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 32–47（16 aa）片段：T-domain, Residues 32-47	突变：A33C	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；80mM calcium chloride, 24% PEG 5000MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5EW5 Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9 提交 2015-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–582（582 aa）	突变：Y324C, L447C, D448A, K449M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；1.3M sodium malonate, PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
7NST ColicinE9 partial translocation complex 提交 2021-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–314（314 aa）	突变：A33C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 3.70 Å
7NSU ColicinE9 intact translocation complex 提交 2021-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–582（582 aa）	突变：A33C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of diluted translocon preparation were applied on freshly glow discharged grids coated with graphene oxide (as described in https://doi.org/10.1038/s41594-019-0355-2); after 30sec waiting grids were blotted for 8-10 using -10 force and plunge frozen in liquid ethane	分辨率 4.70 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA9_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–134； UniProt 450–582 作者链 F； PDB构建体 1–134； UniProt 450–582

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gyk
沉积日期 deposition_date	2006-05-09
结构标题 title	Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A)
关键词 keywords	PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, 4-HELIX BUNDLE, DNASE DOMAIN, HNH-MOTIF, antibiotic-antibiotic inhibitor COMPLEX; antibiotic/antibiotic inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.18 Å
零角强度 I(0) i0	37043600.00
分子量 molecular_weight	48135.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59409 Å³
包络体积 envelope_volume	91986 Å³
水化壳体积 shell_volume	16380 Å³
包络直径 envelope_diameter	156.1 Å
壳层 Rg shell_rg	51.11 Å
包络 Rg envelope_rg	45.82 Å
形状 Rg shape_rg	48.20 Å
总 Rg total_rg	48.26 Å
总原子数 total_atoms	3385
残基数 n_residues	428
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.8 Å
Rg (实空间) rg_real	48.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5525
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.215
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	920700.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.001; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.003; Smooth: 0.178

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Colicin-E9 immunity protein
分子量 formula_weight	9548.5 kDa
突变 mutation	D51A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	4109

MELKHSISDYTEAEFLQLVTTICNADTSSEEELVKLVTHFEEMTEHPSGSALIYYPKEGDDDSPSGIVNTVKQWRAANGKSGFKQG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-E9
分子量 formula_weight	15120.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MESKRNKPGKATGKGKPVGDKWLDDAGKDSGAPIPDRIADKLRDKEFKSFDDFRKAVWEEVSKDPELSKNLNPSNKSSVSKGYSPFTPKNQQVGGRKVYELHHDKPISQGGEVYDMDNIRVTTPKRHIDIHRGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	686

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2gyka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

结构域编号 domain_id	d2gykb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

结构域编号 domain_id	d2gyke_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.2 — Colicin E immunity proteins
家族 Family family	a.28.2.1 — Colicin E immunity proteins

结构域编号 domain_id	d2gykf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.4 — His-Me finger endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.4.1 — His-Me finger endonucleases
家族 Family family	d.4.1.1 — HNH-motif

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2gykA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

结构域编号 domain_id	2gykB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

结构域编号 domain_id	2gykE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Colicin E immunity protein

结构域编号 domain_id	2gykF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	540 — Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin/pyocin, DNase domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	44.903 Å
晶胞边长 b length_b	88.248 Å
晶胞边长 c length_c	52.235 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.860 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/gy/2gyk/2gyk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gy/2gyk/2gyk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gy/2gyk/2gyk.dat

Crystal structure of the complex of the Colicin E9 DNase domain with a mutant immunity protein, IMME9 (D51A)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin-E9 immunity protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-E9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)