SAXSdb — 2jdy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL

PSEUDOMONAS AERUGINOSA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	methyl alpha-D-mannopyranoside × 4 CALCIUM ION × 8 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9HYN5_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115 作者链 B； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115 作者链 C； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115 作者链 D； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jdy
沉积日期 deposition_date	2007-01-12
结构标题 title	Mutant (G24N) of Pseudomonas aeruginosa lectin II (PA-IIL) complexed with methyl-b-D-mannoyranoside
关键词 keywords	LECTIN, GLYCOMIMETIC, CYSTIC FIBROSIS; LECTIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2jdy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2jdy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2jdy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.61 Å
Rg（电子密度）	21.09 Å
总 Rg	22.03 Å
原子数	3384
残基数	456
排除体积	59448 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2jdy__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL
分子量 formula_weight	11923.0 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3919

MATQGVFTLPANTRFGVTAFANSSNTQTVNVLVNNETAATFSGQSTNNAVIGTQVLNSGSSGKVQVQVSVNGRPSDLVSAQVILTNELNFALVGSEDGTDNDYNDAVVVINWPLG

来源 Source

来源生物 organism	PSEUDOMONAS AERUGINOSA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	methyl alpha-D-mannopyranoside
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	445

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2jdya_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.115 — Calcium-mediated lectin
超家族 Superfamily superfamily	b.115.1 — Calcium-mediated lectin
家族 Family family	b.115.1.1 — Calcium-mediated lectin

结构域编号 domain_id	d2jdyb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.115 — Calcium-mediated lectin
超家族 Superfamily superfamily	b.115.1 — Calcium-mediated lectin
家族 Family family	b.115.1.1 — Calcium-mediated lectin

结构域编号 domain_id	d2jdyc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.115 — Calcium-mediated lectin
超家族 Superfamily superfamily	b.115.1 — Calcium-mediated lectin
家族 Family family	b.115.1.1 — Calcium-mediated lectin

结构域编号 domain_id	d2jdyd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.115 — Calcium-mediated lectin
超家族 Superfamily superfamily	b.115.1 — Calcium-mediated lectin
家族 Family family	b.115.1.1 — Calcium-mediated lectin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2jdyA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 — Calcium-mediated lectin

结构域编号 domain_id	2jdyB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 — Calcium-mediated lectin

结构域编号 domain_id	2jdyC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 — Calcium-mediated lectin

结构域编号 domain_id	2jdyD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 — Calcium-mediated lectin

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晶胞边长 a length_a	50.383 Å
晶胞边长 b length_b	80.085 Å
晶胞边长 c length_c	52.493 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.450 Å
R 因子 r_factor	0.1430
R_work r_work	0.1420
R_free r_free	0.1730

Mutant (G24N) of Pseudomonas aeruginosa lectin II (PA-IIL) complexed with methyl-b-D-mannoyranoside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2jdy__assembly_1__model_1

2jdy__assembly_1__model_1 | I(q)

2jdy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (5)

Mutant (G24N) of Pseudomonas aeruginosa lectin II (PA-IIL) complexed with methyl-b-D-mannoyranoside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2jdy__assembly_1__model_1

2jdy__assembly_1__model_1 | I(q)

2jdy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (5)